PDB-3eus: The crystal structure of the DNA binding protein from Silicibacte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3eus

タイトル

The crystal structure of the DNA binding protein from Silicibacter pomeroyi

要素

DNA-binding protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / PSI2 / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / DNA-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Silicibacter pomeroyi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Zhang, R. / Li, H. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the DNA binding protein from Silicibacter pomeroyi
著者: Zhang, R. / Li, H. / Freeman, L. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年10月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3eus.cif.gz	44.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3eus.ent.gz	32.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3eus.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/3eus ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/3eus	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1od6-d 5j8h-d 6c2m-3 6os4-d 5qhu-d 3rff-d 6c2m-1 4e1a-d 3zxc-d 3sud-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC88631

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5)

登録構造単位

A: DNA-binding protein

B: DNA-binding protein

19.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.164, 60.641, 68.506
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

This protein existed as dimer. The deposited MolA/MolB represent the dimer in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	DNA-binding protein 分子量: 9699.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Silicibacter pomeroyi (バクテリア) 株: DSS-3 / 遺伝子: GI:56696110, SPO1217 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5LU41
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.8 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 20% W/V PEG1000, 0.1M phosphate-citrate, 0.2M Li2SO4, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月13日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: 0.9794 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→45.41 Å / Num. all: 15276 / Num. obs: 15172 / % possible obs: 99.32 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.4 % / B_iso Wilson estimate: 18 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 34.9
反射シェル	解像度: 1.8→1.847 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.734 / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Num. unique all: 1168 / % possible all: 95.29

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→45.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 6.947 / SU ML: 0.098 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25375	800	5 %	RANDOM
R_work	0.20099	-	-	-
obs	0.20351	15172	99.32 %	-
all	-	15276	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.854 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.21 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1282	0	0	88	1370

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	1303
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	915
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.581	1.966	1758
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.017	3	2209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.913	5	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.521	22.812	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.297	15	242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.041	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	204
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	272
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.988	1.5	812
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.283	1.5	326
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.765	2	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.006	3	491
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.904	4.5	456

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.357	56	-
R_work	0.332	1057	-
obs	-	1113	95.29 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 6.212 Å / Origin y: 40.995 Å / Origin z: 11.745 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0136 Å²	0.012 Å²	0.0395 Å²	-	0.0749 Å²	0.0506 Å²	-	-	0.1375 Å²
L	2.0648 °²	0.7965 °²	0.3248 °²	-	3.554 °²	0.29 °²	-	-	2.172 °²
S	-0.0089 Å °	0.0479 Å °	0.1163 Å °	0.0392 Å °	0.0966 Å °	0.1924 Å °	0.0093 Å °	0.0718 Å °	-0.0876 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	41 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	1	B	6 - 40
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	41 - 82

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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