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- PDB-3eup: The crystal structure of the transcriptional regulator, TetR fami... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eup
タイトルThe crystal structure of the transcriptional regulator, TetR family from Cytophaga hutchinsonii
要素Transcriptional regulator, TetR family
キーワードTranscription regulator / Transcriptional regulator / TetR family / Structural genomics / PSI2 / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator, TetR family
類似検索 - 構成要素
生物種Cytophaga hutchinsonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Zhang, R. / Bigelow, L. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the transcriptional regulator, TetR family from Cytophaga hutchinsonii
著者: Zhang, R. / Bigelow, L. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, TetR family
B: Transcriptional regulator, TetR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2024
ポリマ－45,0102
非ポリマー1922
水4,702261
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area18300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.595, 53.400, 178.005
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細This protein existed as dimer. The deposited MolA/MolB represent the dimer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, TetR family


分子量: 22504.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cytophaga hutchinsonii (バクテリア)
株: ATCC 33406 / 遺伝子: CHU_2862, envR, gi:110639243 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q11R54
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG4000, 0.1M MES, 0.2M MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月3日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→89.09 Å / Num. all: 29006 / Num. obs: 28745 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 31.62
反射 シェル解像度: 2→2.046 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 2.76 / Num. unique all: 2208 / % possible all: 94.47

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
REFMAC5.5.0054精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.99→89.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 8.067 / SU ML: 0.104 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.161
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22937 1531 5.1 %RANDOM
Rwork0.18227 ---
obs0.18463 28745 99.1 %-
all-29006 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.411 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.88 Å20 Å20 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3----1.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→89.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3116 0 10 261 3387
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0223174
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022116
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6311.9654290
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96335205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2085401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.8825128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.48415577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7731512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2503
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023479
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02609
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8151.51997
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2341.5820
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.54523214
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.17831177
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6844.51076
LS精密化 シェル解像度: 1.994→2.046 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 99 -
Rwork0.229 1987 -
obs-2086 94.47 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.277 Å / Origin y: 25.947 Å / Origin z: 20.337 Å
111213212223313233
T0.0768 Å2-0.0291 Å2-0.0194 Å2-0.0903 Å20.0133 Å2--0.0106 Å2
L1.0848 °2-0.1674 °20.1187 °2-0.564 °2-0.1017 °2--1.0524 °2
S-0.0536 Å °0.0995 Å °0.083 Å °-0.1154 Å °0.037 Å °0.0297 Å °0.0264 Å °0.0071 Å °0.0166 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 50
2X-RAY DIFFRACTION1A51 - 100
3X-RAY DIFFRACTION1A101 - 150
4X-RAY DIFFRACTION1A151 - 201
5X-RAY DIFFRACTION1B2 - 50
6X-RAY DIFFRACTION1B51 - 100
7X-RAY DIFFRACTION1B101 - 150
8X-RAY DIFFRACTION1B151 - 201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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