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万見
- PDB-3eto: 2 Angstrom Xray structure of the NOTCH1 Negative Regulatory Regio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eto
タイトル2 Angstrom Xray structure of the NOTCH1 Negative Regulatory Region (NRR)
要素Neurogenic locus notch homolog protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / alpha-beta sandwich / HD domain / LNR repeat / calcium-binding / SEA domain / autoinhibition / Activator / T-ALL / leukemia / oncogene / ANK repeat / Developmental protein / Differentiation / EGF-like domain / Glycoprotein / Membrane / Metal-binding / Notch signaling pathway / Nucleus / Phosphoprotein / Receptor / Transcription / Transcription regulation / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective LFNG causes SCDO3 / coronary sinus valve morphogenesis / cardiac right atrium morphogenesis / cardiac right ventricle formation / growth involved in heart morphogenesis / Notch signaling pathway involved in regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell differentiation in spinal cord / venous endothelial cell differentiation / retinal cone cell differentiation / arterial endothelial cell differentiation ...Defective LFNG causes SCDO3 / coronary sinus valve morphogenesis / cardiac right atrium morphogenesis / cardiac right ventricle formation / growth involved in heart morphogenesis / Notch signaling pathway involved in regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell differentiation in spinal cord / venous endothelial cell differentiation / retinal cone cell differentiation / arterial endothelial cell differentiation / epithelial cell fate commitment / negative regulation of pro-B cell differentiation / Pre-NOTCH Processing in the Endoplasmic Reticulum / negative regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / mitral valve formation / cell migration involved in endocardial cushion formation / negative regulation of photoreceptor cell differentiation / negative regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / regulation of somitogenesis / endocardium morphogenesis / foregut morphogenesis / distal tubule development / inhibition of neuroepithelial cell differentiation / MAML1-RBP-Jkappa- ICN1 complex / regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / cardiac chamber formation / auditory receptor cell fate commitment / positive regulation of aorta morphogenesis / negative regulation of endothelial cell chemotaxis / atrioventricular node development / positive regulation of transcription of Notch receptor target / neuroendocrine cell differentiation / cellular response to tumor cell / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / collecting duct development / compartment pattern specification / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / regulation of extracellular matrix assembly / T-helper 17 type immune response / endocardial cell differentiation / chemical synaptic transmission, postsynaptic / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / cardiac ventricle morphogenesis / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / mesenchymal cell development / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / epidermal cell fate specification / negative regulation of myotube differentiation / coronary vein morphogenesis / cardiac left ventricle morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / left/right axis specification / negative regulation of catalytic activity / glomerular mesangial cell development / somatic stem cell division / negative regulation of cell adhesion molecule production / endocardium development / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / positive regulation of endothelial cell differentiation / interleukin-17-mediated signaling pathway / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / Pre-NOTCH Processing in Golgi / cardiac epithelial to mesenchymal transition / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / neuronal stem cell population maintenance / negative regulation of collagen biosynthetic process / cardiac muscle cell myoblast differentiation / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / tissue regeneration / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of astrocyte differentiation / pulmonary valve morphogenesis / regulation of stem cell proliferation / heart trabecula morphogenesis / luteolysis / calcium-ion regulated exocytosis / prostate gland epithelium morphogenesis / negative regulation of biomineral tissue development / endoderm development / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / negative regulation of myoblast differentiation / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / positive regulation of BMP signaling pathway / tube formation / positive regulation of keratinocyte differentiation / transcription regulator activator activity / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / negative regulation of stem cell differentiation / astrocyte differentiation / inflammatory response to antigenic stimulus / cardiac muscle tissue morphogenesis / sprouting angiogenesis
類似検索 - 分子機能
GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #320 / Alpha-Beta Plaits - #3310 / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / : / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein ...GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #320 / Alpha-Beta Plaits - #3310 / Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / : / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD / NODP / Notch-like domain superfamily / LNR domain / LNR (Lin-12/Notch) repeat profile. / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / : / Calcium-binding EGF domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Ankyrin repeat / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neurogenic locus notch homolog protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gordon, W.R. / Blacklow, S.C.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2009
タイトル: Structure of the Notch1-negative regulatory region: implications for normal activation and pathogenic signaling in T-ALL.
著者: Gordon, W.R. / Roy, M. / Vardar-Ulu, D. / Garfinkel, M. / Mansour, M.R. / Aster, J.C. / Blacklow, S.C.
履歴
登録2008年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurogenic locus notch homolog protein 1
B: Neurogenic locus notch homolog protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,54117
ポリマ－53,5852
非ポリマー95615
水4,882271
1
A: Neurogenic locus notch homolog protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3179
ポリマ－26,7931
非ポリマー5248
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Neurogenic locus notch homolog protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2258
ポリマ－26,7931
非ポリマー4327
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.927, 91.759, 59.844
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARG4AA1569 - 1720124 - 228
21ARGARG4BB1569 - 1720124 - 228
12ASNASN5AA1470 - 156825 - 123
22ASNASN5BB1470 - 156825 - 123

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要素

#1: タンパク質 Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch 1 / hN1 / Translocation-associated notch protein TAN-1


分子量: 26792.709 Da / 分子数: 2
断片: NOTCH1 Negative Regulatory Region, residues 1447-1734
由来タイプ: 組換発現
詳細: This construct contains an N-terminal His6 tag, followed by a TEV protease cleavage site. TEV cleavage results in a non-native Gly at the N-terminus. The construct encodes Glu1447 to Gln1734 ...詳細: This construct contains an N-terminal His6 tag, followed by a TEV protease cleavage site. TEV cleavage results in a non-native Gly at the N-terminus. The construct encodes Glu1447 to Gln1734 and has been engineered to remove the unstructured loop containing the furin cleavage site; residues 1623-1669 removed.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOTCH1, TAN1 / プラスミド: Novagen pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta pLysS / 参照: UniProt: P46531
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THIS CONSTRUCT CONTAINS AN N-TERMINAL HIS6 TAG, FOLLOWED BY A TEV PROTEASE CLEAVAGE SITE. TEV ...THIS CONSTRUCT CONTAINS AN N-TERMINAL HIS6 TAG, FOLLOWED BY A TEV PROTEASE CLEAVAGE SITE. TEV CLEAVAGE RESULTS IN A NON-NATIVE GLY AT THE N-TERMINUS. THE CONSTRUCT ENCODES GLU1447 TO GLN1734 AND HAS BEEN ENGINEERED TO REMOVE THE UNSTRUCTURED LOOP CONTAINING THE FURIN CLEAVAGE SITE. RESIDUES 1623-1669 WERE REMOVED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.1M Sodium acetate pH 4.0, 1.0-1.5M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 54862 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 33.7 Å2 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.202 / % possible all: 60.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0066精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2OO4

2oo4


解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 3.336 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25185 2761 5 %RANDOM
Rwork0.21108 ---
obs0.21313 52098 93.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.644 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.82 Å20 Å2-0.49 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3---1.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3563 0 50 271 3884
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0213700
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4711.934974
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0575460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.78325.258194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.615553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.281516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212898
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9831.52300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.80323654
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.57631400
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9324.51320
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A1219medium positional0.220.5
A373loose positional0.375
B1219medium thermal1.862
B373loose thermal2.0710
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 118 -
Rwork0.249 2340 -
obs--57.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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