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万見
- PDB-3etc: 2.1 A structure of acyl-adenylate synthetase from Methanosarcina ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3etc
タイトル2.1 A structure of acyl-adenylate synthetase from Methanosarcina acetivorans containing a link between Lys256 and Cys298
要素AMP-binding protein
キーワードLIGASE / Adenylate-forming Acyl-CoA synthetase Ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid ligase activity / CoA-ligase activity / fatty-acyl-CoA synthase activity / acyl-CoA metabolic process / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
: / ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily ...: / ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMYL GROUP / NITRATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / AMP-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina acetivorans (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Shah, M.B. / Gulick, A.M. / Smith, K.S. / Ingram-Smith, C.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: The 2.1 A crystal structure of an acyl-CoA synthetase from Methanosarcina acetivorans reveals an alternate acyl-binding pocket for small branched acyl substrates.
著者: Shah, M.B. / Ingram-Smith, C. / Cooper, L.L. / Qu, J. / Meng, Y. / Smith, K.S. / Gulick, A.M.
履歴
登録2008年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMP-binding protein
B: AMP-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,98123
ポリマ－132,4622
非ポリマー2,51921
水7,728429
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7370 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area39830 Å2
手法PISA
2
A: AMP-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,81913
ポリマ－66,2311
非ポリマー1,58812
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: AMP-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,16210
ポリマ－66,2311
非ポリマー9319
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.699, 96.371, 141.543
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 AMP-binding protein


分子量: 66230.867 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 4-560 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina acetivorans (古細菌)
遺伝子: MA_2912, Methanosarcina Acetivorans / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RosettaBlue (DE3)
参照: UniProt: Q8TLW1, 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの

-
非ポリマー , 8種, 450分子

#2: 化合物 ChemComp-FOR / FORMYL GROUP / ホルムアルデヒド


分子量: 30.026 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#8: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 80 % PEG 400, 100 mM MgNO3, 50 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9879, 0.97894, 0.97928, 0.95665
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月16日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.98791
20.978941
30.979281
40.956651
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. all: 72853 / Num. obs: 72781 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 28.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SnB位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→29.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 7.432 / SU ML: 0.101 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20653 3703 5 %RANDOM
Rwork0.17517 ---
obs0.17676 70094 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.336 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å20 Å20 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8396 0 163 429 8988
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0228814
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1681.96611954
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.80451075
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.97324.473389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.983151372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6031526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026684
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.24121
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.25939
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2549
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0170.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1530.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1810.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5611.55477
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.90928581
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.35933879
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1414.53368
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 284 -
Rwork0.199 5104 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.91660.0016-0.03141.1092-0.11351.68250.0344-0.0334-0.0824-0.0110.02570.03760.17550.0248-0.0601-0.04180.0104-0.0232-0.0588-0.0039-0.124440.42639.60977.956
26.17070.6576-0.14945.6567-0.22614.2576-0.0137-0.58840.00450.694-0.0197-0.7291-0.30290.40290.0334-0.01760.005-0.15390.0166-0.0619-0.03157.01155.33596.061
30.83310.1205-0.02411.06010.29821.02920.03910.01880.04530.074-0.01230.0951-0.03680.0064-0.02670.00250.01330.0124-0.09960.0195-0.106613.00768.76100.015
44.19621.176-0.11026.28850.31445.1560.05660.40930.5401-0.3180.0227-0.0959-0.25210.1582-0.0793-0.0628-0.00150.0894-0.06160.0797-0.040629.75583.83381.41
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 452
2X-RAY DIFFRACTION2A453 - 536
3X-RAY DIFFRACTION3B3 - 452
4X-RAY DIFFRACTION4B453 - 539

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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