PDB-3esq: Crystal Structure of Calcium-bound D,D-heptose 1.7-bisphosphate p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3esq

タイトル

Crystal Structure of Calcium-bound D,D-heptose 1.7-bisphosphate phosphatase from E. Coli

要素

D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase

キーワード

HYDROLASE / Carbohydrate metabolism / Lipopolysaccharide biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase / D-glycero-beta-D-manno-heptose 1,7-bisphosphate 7-phosphatase activity / ADP-L-glycero-beta-D-manno-heptose biosynthetic process / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / magnesium ion binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Sugiman-Marangos, S.N. / Junop, M.S.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of D,D-heptose 1.7-bisphosphate phosphatase from E. Coli.
著者: Taylor, P. / Sugiman-Marangos, S.N. / Zhang, K. / DeLeon, G. / Wright, G.D. / Junop, M.S.

履歴

登録	2008年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年4月11日	Group: Other
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3esq.cif.gz	95.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3esq.ent.gz	72.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3esq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3esq_validation.pdf.gz	412.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3esq_full_validation.pdf.gz	413.8 KB	表示
XML形式データ	3esq_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	3esq_validation.cif.gz	16 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/3esq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/3esq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3esrC 2gmwS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3l8f-d 2gmw-1 2wl1-d 2gmw-2 2wv5-2 3l1v-1 3l8e-1 3l8g-d 3l1u-1 3nzd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase

ヘテロ分子

23.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.904, 50.585, 52.638
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-383- HOH

#1: タンパク質	D,D-heptose 1,7-bisphosphate phosphatase / D-glycero-D-manno-heptose 1 / 7-bisphosphate phosphatase 分子量: 23490.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b0200, gmhB, JW0196, yaeD / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P63228, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.08 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Tris, 0.005M DTT, 0.025M sodium chloride, 0.005M calcium chloride, 11% glycerol , pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年9月8日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Blue confocal optics mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→40.62 Å / Num. obs: 18244 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.64 % / B_iso Wilson estimate: 26.075 Å² / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.36 % / R_merge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1894 / % possible all: 80

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.2.0019	精密化
CrystalClear		データ削減
CrystalClear		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry 2gmw

2gmw

解像度: 1.7→40.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 7.884 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25844	944	5.2 %	RANDOM
R_work	0.20045	-	-	-
obs	0.2032	17299	94.15 %	-
all	-	17299	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.588 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.22 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→40.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1423	0	2	192	1617

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1454
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.504	1.947	1973
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.729	5	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.501	24.714	70
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.846	15	242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.815	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	218
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	696
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	999
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	152
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.133	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.248	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.225	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.885	1.5	905
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.376	2	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.502	3	549
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.622	4.5	516
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.408	58	-
R_work	0.328	1051	-
obs	-	-	79.1 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7228	0.0647	0.5689	1.8849	-1.0368	3.2314	0.0509	0.0219	-0.3055	0.1449	0.0191	0.0287	-0.1588	0.1512	-0.07	0.0601	-0.0173	0.0205	0.0351	-0.0223	0.0744	20.243	9.777	15.472
2	1.8429	0.2012	-0.7507	1.2136	-1.8795	3.5687	0.1222	-0.0672	-0.0877	0.2809	0.0196	0.1501	-0.4696	0.0445	-0.1418	0.1483	-0.0139	0.0522	0.0017	0.0085	-0.0095	15.504	13.229	22.049
3	9.5947	1.2618	-0.5762	13.5716	1.2042	8.0553	0.0101	0.1202	0.1416	0.0011	0.0502	-0.2241	-0.183	0.3853	-0.0603	0.0724	-0.0729	0.0003	0.0219	0.0047	-0.0373	23.909	21.156	14.396
4	0.0634	-0.075	0.2108	0.3099	0.3911	2.5583	0.1793	0.0757	0.0441	0.2185	0.2629	0.4396	-0.4285	-0.325	-0.4422	0.0858	0.0051	0.0384	0.0576	0.0757	0.0054	8.054	11.293	24.039
5	1.9479	-2.5446	0.7834	3.4535	0.3966	15.879	-0.0772	-0.2586	-0.063	0.1022	0.2443	0.0406	-0.4684	-0.5062	-0.1671	0.0145	0.0682	0.0924	0.1117	0.1013	0.0362	2.902	8.079	31.389
6	3.5839	-5.6564	2.432	23.3503	-8.3175	5.5456	-0.0867	-0.142	-0.2198	0.3327	0.274	0.9366	-0.3093	-0.1314	-0.1873	0.0063	0.0291	0.0712	0.0123	0.0484	0.1344	2.119	13.29	15.644
7	4.2307	0.0877	-1.9483	8.3164	6.2027	13.3506	0.0698	0.713	0.3604	-0.4022	0.1328	0.2888	-0.5617	-0.4536	-0.2026	0.0003	0.0488	-0.0077	0.0863	0.1021	0.1014	3.519	17.339	5.516
8	4.1522	0.9796	0.1095	2.8692	0.0508	1.2565	-0.0317	0.3196	-0.7554	0.0787	0.0793	0.3037	-0.0169	-0.033	-0.0476	-0.0021	-0.0098	0.0177	0.0317	-0.0373	0.1986	8.644	3.352	9.749
9	31.041	-6.4942	-2.9132	22.557	-6.7967	2.8609	0.2728	-1.0087	-0.9631	-0.0553	0.0317	-0.5939	0.0045	0.3487	-0.3045	0.0498	-0.0378	0.0218	-0.0218	-0.0232	0.2115	10.969	-7.029	11.371
10	3.5958	4.7594	0.368	7.3295	-0.7411	1.5024	-0.2644	0.7171	-0.4972	-0.5285	0.3113	-0.0304	-0.0221	0.0417	-0.0469	0.0005	-0.0035	0.0273	0.1332	-0.1542	0.0927	16.242	4.676	1.317
11	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0.0099	0.0729	0.0432	0.027	0.0794	-0.0122	3.3189	9.5951	25.4224
12	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0.0159	-0.0315	0.0043	-0.0304	0.0173	0.0946	14.2566	2.832	17.4673
13	0.8704	0.4645	-0.1134	0.7112	-0.1967	0.8087	0.0013	0.0562	-0.0634	0.0382	0.0489	-0.0223	-0.0943	0.0411	-0.0501	-0.0074	0.0152	0.0075	-0.0255	0.0098	-0.0291	14.8523	9.0612	15.3024

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	24 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	63 - 95
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	96 - 105
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	106 - 118
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	119 - 130
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	131 - 143
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	144 - 151
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	152 - 178
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	179 - 187
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	188 - 205
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	212
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	213
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	214 - 405

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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