PDB-3es2: Structure of the C-terminal phosphatase domain of P. aeruginonsa RssB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3es2

タイトル

Structure of the C-terminal phosphatase domain of P. aeruginonsa RssB

要素

Probable two-component response regulator

キーワード

SIGNALING PROTEIN / adaptor phosphatase / UNKNOWN FUNCTION

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Levchenko, I. / Grant, R.A. / Sauer, R.T. / Baker, T.A.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of RSSB, a clpx adaptor protein that regulates sigma s
著者: Levchenko, I. / Grant, R.A. / Sauer, R.T. / Baker, T.A.

履歴

登録	2008年10月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3es2.cif.gz	181.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3es2.ent.gz	146.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3es2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3es2_validation.pdf.gz	441.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3es2_full_validation.pdf.gz	463.5 KB	表示
XML形式データ	3es2_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	3es2_validation.cif.gz	26.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/3es2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/3es2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5aq8-d 5o2c-d 2rg9-d 3v3k-1 3v3k-7 4buf-d 1xiw-2 3w34-d 3w8r-d 6h5s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (6) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable two-component response regulator

B: Probable two-component response regulator

56.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.211, 70.211, 92.924
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and backbone and resi 149-184
2	1	chain B and backbone and resi 149-184
1	2	chain A and backbone and resi 190-197
2	2	chain B and backbone and resi 190-197
1	3	chain A and backbone and resi 204-235
2	3	chain B and backbone and resi 204-235
1	4	chain A and backbone and resi 249-258
2	4	chain B and backbone and resi 249-258
1	5	chain A and backbone and resi 266-274
2	5	chain B and backbone and resi 266-274
1	6	chain A and backbone and resi 280-293
2	6	chain B and backbone and resi 280-293
1	7	chain A and backbone and resi 301-306
2	7	chain B and backbone and resi 301-306
1	8	chain A and backbone and resi 320-327
2	8	chain B and backbone and resi 320-327
1	9	chain A and backbone and resi 330-334
2	9	chain B and backbone and resi 330-334
1	10	chain A and backbone and resi 348-362
2	10	chain B and backbone and resi 348-362
1	11	chain A and backbone and resi 382-390
2	11	chain B and backbone and resi 382-390

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	ASN	ASN	A	A	145 - 392	6 - 253
2	1	GLU	GLU	SER	SER	B	B	144 - 390	5 - 251
1	2	LEU	LEU	ASN	ASN	A	A	145 - 392	6 - 253
2	2	GLU	GLU	SER	SER	B	B	144 - 390	5 - 251
1	3	LEU	LEU	ASN	ASN	A	A	145 - 392	6 - 253
2	3	GLU	GLU	SER	SER	B	B	144 - 390	5 - 251
1	4	LEU	LEU	ASN	ASN	A	A	145 - 392	6 - 253
2	4	GLU	GLU	SER	SER	B	B	144 - 390	5 - 251
1	5	LEU	LEU	ASN	ASN	A	A	145 - 392	6 - 253
2	5	GLU	GLU	SER	SER	B	B	144 - 390	5 - 251
1	6	LEU	LEU	ASN	ASN	A	A	145 - 392	6 - 253
2	6	GLU	GLU	SER	SER	B	B	144 - 390	5 - 251
1	7	LEU	LEU	ASN	ASN	A	A	145 - 392	6 - 253
2	7	GLU	GLU	SER	SER	B	B	144 - 390	5 - 251
1	8	LEU	LEU	ASN	ASN	A	A	145 - 392	6 - 253
2	8	GLU	GLU	SER	SER	B	B	144 - 390	5 - 251
1	9	LEU	LEU	ASN	ASN	A	A	145 - 392	6 - 253
2	9	GLU	GLU	SER	SER	B	B	144 - 390	5 - 251
1	10	LEU	LEU	ASN	ASN	A	A	145 - 392	6 - 253
2	10	GLU	GLU	SER	SER	B	B	144 - 390	5 - 251
1	11	LEU	LEU	ASN	ASN	A	A	145 - 392	6 - 253
2	11	GLU	GLU	SER	SER	B	B	144 - 390	5 - 251

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11

#1: タンパク質	Probable two-component response regulator 分子量: 28152.180 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 140-394, c-terminal phosphatase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA2798 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I045
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.63 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.0 M Lithium Sulfate, 0.1 M MES, cryo-protected with 25% glycerol in well solution, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月5日 / 詳細: crystal monochrometer

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	crystal monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	crystal monochromator	MAD	M	x-ray	1

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Operator: k,h,-l / Fraction: 0.506

反射

解像度: 2.95→13.95 Å / Num. all: 19831 / Num. obs: 19831 / % possible obs: 92.61 % / 冗長度: 4.3 % / R_sym value: 0.078

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

解像度: 2.95→13.95 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.654 / σ(F): 1.96 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.296	984	4.96 %
R_work	0.257	-	-
obs	0.259	19831	92.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 76.999 Å² / k_sol: 0.233 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 242.9 Å² / B_iso mean: 120.242 Å² / B_iso min: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.035 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	4.035 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-36.007 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→13.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3247	0	0	0	3247

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3297
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.756	4467
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	533
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	572
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.447	1143

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	144	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	144	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.012
2	1	A	32	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	32	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
3	1	A	128	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	B	128	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.03
4	1	A	40	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	B	40	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
5	1	A	36	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	B	36	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.031
6	1	A	56	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
6	2	B	56	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
7	1	A	24	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
7	2	B	24	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.082
8	1	A	32	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
8	2	B	32	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.117
9	1	A	20	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
9	2	B	20	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.08
10	1	A	60	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
10	2	B	60	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
11	1	A	36	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
11	2	B	36	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.04

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 98 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.95-3.055	0.39	81	0.344	1120	1201
3.055-3.176	0.349	85	0.352	1569	1654
3.176-3.318	0.344	118	0.345	1904	2022
3.318-3.491	0.343	94	0.329	2042	2136
3.491-3.706	0.365	110	0.325	2030	2140
3.706-3.986	0.287	122	0.298	1980	2102
3.986-4.375	0.289	102	0.274	2058	2160
4.375-4.983	0.23	82	0.225	2024	2106
4.983-6.186	0.267	74	0.237	2102	2176
6.186-13.95	0.29	90	0.196	2044	2134

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6476	1.4692	-0.3637	0.5719	-0.5801	0.4068	-0.0168	0.8483	-0.8627	-1.1204	-0.8102	-0.4297	-1.0046	-0.3256	0	1.4429	0.0358	0.2135	1.2974	-0.2702	1.2426	-22.8759	50.2367	9.8676
2	3.0174	-3.0589	1.8383	6.6944	6.8653	5.9325	0.4393	-0.2101	0.4624	-0.486	0.069	-0.299	0.0262	0.5495	-0	1.1747	0.0862	0.0031	0.9806	0.0025	0.9277	-23.7884	28.2182	1.2427
3	5.2949	-1.3599	0.5799	4.1157	3.0963	2.0564	-0.0228	1.1575	0.2001	-0.8686	-0.0567	0.3232	-0.1653	-1.076	-0	1.1723	0.0208	0.0129	1.2766	0.0801	0.9546	-33.4027	29.8552	-5.8062
4	0.2157	1.0707	0.6431	0.4093	0.2872	0.3066	0.9907	-1.5565	-2.2165	0.3621	0.5078	2.8383	0.428	-3.1029	0.0004	1.2833	0.5103	-0.2411	1.9211	0.1376	1.364	-31.8708	46.4287	20.3276
5	7.886	-2.7639	3.0802	4.8337	-2.7316	5.8641	0.5221	-0.2466	-0.3076	-0.0085	0.204	0.5554	0.2508	0.2757	-0	0.8784	0.01	-0.0717	0.8592	-0.0169	0.9606	-12.0595	35.712	29.1085
6	1.9999	-0.3062	3.9467	3.2362	-0.303	2.264	-1.0112	0.123	0.2797	1.0634	0.6771	-0.1007	-1.9683	0.2847	-0	1.7964	0.3148	-0.0505	0.9448	0.0569	1.1232	-10.5383	44.8988	38.3274

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resi 140-168
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resi 169-310
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resi 311-392
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resi 140-168
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and resi 169-310
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resi 311-392

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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