[日本語] English
- PDB-3erx: High-resolution structure of Paracoccus pantotrophus pseudoazurin -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3erx
タイトルHigh-resolution structure of Paracoccus pantotrophus pseudoazurin
要素Pseudoazurin
キーワードELECTRON TRANSPORT / pseudoazurin / copper protein / Paracoccus / high-resolution / Metal-binding / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Pseudoazurin / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like ...Pseudoazurin / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Pseudoazurin
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus pantotrophus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Najmudin, S. / Pauleta, S.R. / Moura, I. / Romao, M.J.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / : 2010
タイトル: The 1.4 A resolution structure of Paracoccus pantotrophus pseudoazurin.
著者: Najmudin, S. / Pauleta, S.R. / Moura, I. / Romao, M.J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / : 2004
タイトル: Paracoccus pantotrophus pseudoazurin is an electron donor to cytochrome c peroxidase
著者: Pauleta, S.R. / Guerlesquin, F. / Goodhew, C.F. / Devreese, B. / Van Beeumen, J. / Pereira, A.S. / Moura, I. / Pettigrew, G.W.
履歴
登録2008年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pseudoazurin
B: Pseudoazurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1327
ポリマ-26,7162
非ポリマー4155
8,737485
1
A: Pseudoazurin
B: Pseudoazurin
ヘテロ分子

A: Pseudoazurin
B: Pseudoazurin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,26314
ポリマ-53,4334
非ポリマー83110
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area5390 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area20490 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area11340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.823, 56.993, 67.982
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Pseudoazurin


分子量: 13358.231 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23 to 145 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus pantotrophus (バクテリア)
: LMD 52.44 / 遺伝子: pazS / プラスミド: pGEM-T & pET 21-d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P80401
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Cu
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 485 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3.0 M ammonium sulphate and 50 mM potassium phosphate at pH 7.0,, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月9日
放射モノクロメーター: toroidal mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→54.88 Å / Num. all: 73293 / Num. obs: 73293 / % possible obs: 79.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 13.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.25→1.32 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 4172 / Rsym value: 0.28 / % possible all: 31.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ADW
解像度: 1.25→54.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 1.135 / SU ML: 0.028 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20584 3689 5 %RANDOM
Rwork0.18832 ---
all0.1892 73293 --
obs0.1892 69604 79.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å20 Å2-0.19 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.19 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.053 Å0.053 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→54.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1868 0 17 485 2370
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222022
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1981.9892749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.865275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.26225.85482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.73115387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.434156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021508
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.21021
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.21355
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1160.2392
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0230.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1760.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1530.233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5161.51318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.81122075
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3783776
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1174.5658
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 84 -
Rwork0.32 1685 -
obs-1685 26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.16490.05280.761713.20251.89450.76010.0255-0.0562-0.0536-0.1103-0.02140.20450.00020.0703-0.00410.03480.0027-0.00960.01590.01780.0233-10.753726.989723.8387
21.53620.5057-4.15260.1728-1.319111.5870.0552-0.02160.09260.0707-0.10210.0689-0.3242-0.01020.04690.05410.0126-0.01450.0170.01670.0289-12.432340.467731.1559
31.70780.48430.26890.3480.49060.8573-0.0245-0.01210.0256-0.0131-0.00930.0493-0.07350.02270.03380.0507-0.0079-0.0060.01960.01690.0144-8.01936.952230.6565
41.7834-2.6578-0.64373.98350.97480.243-0.0043-0.1461-0.1931-0.05170.03740.2852-0.04480.0641-0.03310.03580.0105-0.00090.02390.03620.0508-5.896223.021731.093
53.9169-5.94642.327911.8128-6.85446.37160.22140.1582-0.0532-0.0283-0.15660.04210.18230.2464-0.06480.0260.0293-0.0430.00190.00770.0444-5.285517.70422.8557
61.8801-1.496-0.77555.88880.1840.35980.0916-0.0082-0.0705-0.2073-0.07910.0467-0.09770.0491-0.01250.0470.0108-0.02240.02650.00920.0092-10.485731.310620.9102
74.1468-1.9861.0351.8322-0.38020.46930.02470.10780.1573-0.0618-0.0479-0.0547-0.110.13420.02320.0252-0.0087-0.00590.04570.03340.0029-3.910937.121321.195
81.2315-1.638-1.2847.02272.72321.55160.0943-0.0607-0.0495-0.118-0.1447-0.3084-0.0650.1670.0503-0.01680.0168-0.01390.05230.02440.04869.100727.083825.261
99.7306-14.1887.347820.7243-10.90496.53180.41030.39590.2294-0.6124-0.6449-0.42220.34220.36250.23460.01330.04610.01740.05150.03110.00986.935124.228518.641
108.8695-2.7886-0.74881.23410.18830.06950.09410.58260.3494-0.1149-0.14930.037-0.00190.2120.05530.02460.0031-0.00830.10180.0489-0.0021-2.591436.674314.0588
110.6993-0.04650.76074.1770.52550.9071-0.00080.1604-0.03040.01690.06390.0257-0.02810.1503-0.06310.02020.019-0.00840.04220.02150.0154-7.159431.520915.1117
1214.8648-7.95123.87344.2574-2.09791.16670.11820.4082-0.3466-0.0424-0.17880.13490.03940.01580.06060.00140.0435-0.03020.0098-0.01260.08910.406818.209120.6768
131.0298-0.8306-0.08713.6528-0.6040.22870.01750.0624-0.10490.0478-0.00480.0453-0.08940.1671-0.01270.01280.0052-0.01110.04720.01170.0221.904427.939725.9431
141.31750.96520.46241.16980.74230.9781-0.15130.06620.1180.10290.1069-0.0302-0.08730.07410.04440.022-0.0258-0.0230.03980.02250.0316-0.315339.755127.2082
152.14750.2158-0.69359.61611.69630.549-0.0984-0.1978-0.18540.05430.0622-0.0568-0.0550.07550.03620.01190.02340.00070.02450.03910.0527-0.458519.412130.508
165.4145-1.47330.282813.1337-0.03791.3537-0.1193-0.3591-0.22910.19180.40090.0570.25780.25-0.28160.0090.081-0.04070.05650.00870.02278.07919.361233.4455
174.1565-5.95474.105312.8765-4.65634.4-0.09350.13010.06640.33960.1342-0.6865-0.05320.151-0.0407-0.03520.0171-0.0330.0758-0.02170.038510.193429.160134.8295
188.9097-1.5604-0.59072.6329-1.3581.7545-0.1119-0.23770.13650.07010.11270.0378-0.20370.1451-0.00080.0241-0.0382-0.01940.0427-0.00850.00473.856839.644534.2765
191.921-0.8855-0.04232.7129-1.88962.1426-0.1019-0.1925-0.01820.20590.1285-0.0686-0.12410.1512-0.02660.0259-0.0041-0.02370.0606-0.00050.00412.157834.300636.5162
201.85270.82410.1462.01921.53261.31490.0088-0.1745-0.11840.0547-0.0541-0.06330.03360.04870.04530.02510.0203-0.00820.04120.04010.0218-1.368624.364537.5231
210.3179-0.93750.05282.934-0.020.11740.0398-0.0526-0.0115-0.1102-0.0232-0.0054-0.0137-0.053-0.01670.0521-0.0154-0.02550.02020.00190.0251-21.204829.485438.3191
223.4288-0.7918-3.27390.9646-0.44464.96990.13940.0653-0.0774-0.20270.059-0.04010.25790.0209-0.19840.0725-0.01490.0161-0.0103-0.00780.0359-11.90119.361635.4288
231.6291.02240.82172.2822-0.85511.5599-0.03760-0.0171-0.08650.0668-0.03070.0186-0.0116-0.02920.0467-0.0107-0.0080.01330.00770.0192-15.277625.078940.2436
240.5217-1.4123-0.78274.39121.12582.911-0.01420.025-0.0359-0.0949-0.0924-0.0088-0.20540.09220.10660.0606-0.0224-0.02290.0127-0.00850.0113-14.675939.933442.2358
253.375.64471.862712.82381.77631.56550.0136-0.22240.09470.0552-0.07810.0977-0.0604-0.17570.06450.0478-0.0064-0.00860.0243-0.03320.0028-23.632239.448743.5113
260.79750.79061.85193.9762.37044.3899-0.0769-0.041-0.0233-0.150.08220.1341-0.11510.0687-0.00530.0221-0.0373-0.0160.02450.00930.0291-24.185724.547539.4287
271.16110.93521.81732.39061.79652.91190.0893-0.2005-0.12120.0272-0.02140.07740.0826-0.2035-0.06790.0379-0.0443-0.01250.04410.03080.0084-22.352822.223347.1524
280.2109-1.6003-0.400112.71931.87483.10870.1902-0.2749-0.04820.3812-0.23790.327-0.01290.03510.04780.0596-0.0435-0.01190.0703-0.0088-0.0351-15.432832.881657.4064
297.279510.256.049720.32199.90885.3560.1655-0.36510.30320.4228-0.46350.62820.0906-0.32370.2980.0572-0.04370.01850.0528-0.034-0.0278-21.777235.65957.156
308.99215.865510.00716.4929.809915.56170.3257-0.5239-0.14630.1801-0.31360.26860.4239-0.5464-0.01210.0199-0.07110.00540.06590.0194-0.0119-27.687521.915449.2244
312.3335-0.63880.94947.38423.2952.13920.0649-0.3049-0.03220.214-0.03160.15120.0156-0.2319-0.03330.0357-0.0580.00220.05980.002-0.0092-29.307827.855645.5123
324.02583.83144.95914.17835.20996.5606-0.0394-0.14680.0388-0.1503-0.0729-0.0055-0.1843-0.26250.11230.0652-0.0009-0.0150.0231-0.0292-0.0133-22.015941.120450.2004
330.35320.15790.38933.79390.11880.430.0264-0.1872-0.0203-0.018-0.06660.0427-0.03410.01360.04020.0565-0.016-0.00450.0352-0.00480-15.721233.186650.673
341.7874-1.5794-0.69531.61031.20441.89240.2533-0.0873-0.21890.2162-0.09530.02990.2149-0.0702-0.15810.0856-0.0389-0.04720.01050.04450.0332-15.542118.518948.9723
350.28990.93050.29866.21670.70230.379-0.0292-0.0853-0.03760.04180.0556-0.0544-0.0454-0.0183-0.02640.0634-0.0118-0.00860.0223-0.00010.0018-13.900132.937646.2848
363.4832-1.91082.59691.8941-0.15128.9419-0.0434-0.02560.1375-0.02020.3276-0.1296-0.36040.5526-0.28420.0468-0.0561-0.0090.0377-0.0710.0091-9.844343.608151.1972
373.1795-6.29842.713316.0871-3.31014.7585-0.0041-0.09580.16210.25280.1299-0.4205-0.04870.2114-0.12590.0098-0.0106-0.03060.0276-0.02370.0214-4.530134.830554.6052
380.1983-1.5057-0.499813.35356.91656.33590.0207-0.08950.04980.22340.1757-0.24550.14990.3297-0.19640.04910.0058-0.02370.04920.0219-0.0003-6.101122.360954.4708
392.08350.6301-0.06460.1909-0.04622.48190.0246-0.0536-0.05950.0075-0.0109-0.18990.14410.0553-0.01360.05680.0044-0.01690.02210.01220.0073-6.084623.955747.4416
401.2059-0.77440.27444.3053-0.88932.0859-0.01280.03590.07650.1044-0.0422-0.1399-0.00670.14890.05510.0376-0.0309-0.01260.02490.0030.009-6.335.542643.6111
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2A8 - 12
3X-RAY DIFFRACTION3A13 - 19
4X-RAY DIFFRACTION4A20 - 25
5X-RAY DIFFRACTION5A26 - 31
6X-RAY DIFFRACTION6A32 - 36
7X-RAY DIFFRACTION7A37 - 45
8X-RAY DIFFRACTION8A46 - 50
9X-RAY DIFFRACTION9A51 - 56
10X-RAY DIFFRACTION10A57 - 60
11X-RAY DIFFRACTION11A61 - 65
12X-RAY DIFFRACTION12A66 - 71
13X-RAY DIFFRACTION13A72 - 78
14X-RAY DIFFRACTION14A79 - 88
15X-RAY DIFFRACTION15A89 - 94
16X-RAY DIFFRACTION16A95 - 100
17X-RAY DIFFRACTION17A101 - 106
18X-RAY DIFFRACTION18A107 - 111
19X-RAY DIFFRACTION19A112 - 116
20X-RAY DIFFRACTION20A117 - 123
21X-RAY DIFFRACTION21B1 - 9
22X-RAY DIFFRACTION22B10 - 15
23X-RAY DIFFRACTION23B16 - 21
24X-RAY DIFFRACTION24B22 - 26
25X-RAY DIFFRACTION25B27 - 32
26X-RAY DIFFRACTION26B33 - 37
27X-RAY DIFFRACTION27B38 - 45
28X-RAY DIFFRACTION28B46 - 50
29X-RAY DIFFRACTION29B51 - 56
30X-RAY DIFFRACTION30B57 - 61
31X-RAY DIFFRACTION31B62 - 65
32X-RAY DIFFRACTION32B66 - 71
33X-RAY DIFFRACTION33B72 - 77
34X-RAY DIFFRACTION34B78 - 85
35X-RAY DIFFRACTION35B86 - 92
36X-RAY DIFFRACTION36B93 - 98
37X-RAY DIFFRACTION37B99 - 104
38X-RAY DIFFRACTION38B105 - 109
39X-RAY DIFFRACTION39B110 - 116
40X-RAY DIFFRACTION40B117 - 123

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る