PDB-3erc: Crystal structure of the heterodimeric vaccinia virus mRNA polyad...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3erc

タイトル

Crystal structure of the heterodimeric vaccinia virus mRNA polyadenylate polymerase with three fragments of RNA and 3'-deoxy ATP

要素

(RNA/DNA chimera (5'- ...) x 3
Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase
Poly(A) polymerase catalytic subunit

キーワード

Transcription / Transferase/DNA / RNA / Polyadenylate polymerase / translocation / single tranded RNA poly(A) polymerase / RNA protein complex / processivity / heterodimer / nucleotidyltransferase / poxvirus / Methyltransferase / mRNA capping / mRNA processing / S-adenosyl-L-methionine / Transferase / RNA COMPLEX / Transferase-DNA

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of mRNA 3'-end processing / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / mRNA processing / methyltransferase cap1 / methylation / methyltransferase cap1 activity / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

vaccinia virus WR (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.21 Å

データ登録者

Li, C. / Li, H. / Zhou, S. / Poulos, T.L. / Gershon, P.D.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Polymerase Translocation with Respect to Single-Stranded Nucleic Acid: Looping or Wrapping of Primer around a Poly(A) Polymerase
著者: Li, C. / Li, H. / Zhou, S. / Sun, E. / Yoshizawa, J. / Poulos, T.L. / Gershon, P.D.

履歴

登録	2008年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.0	2024年10月16日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3erc.cif.gz	293.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3erc.ent.gz	236.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3erc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/3erc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/3erc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3er8C 3er9C 2ga9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ga9-d 2gaf-d 3er8-1 3er9-d 3er8-2 2ddh-d 3tdl-d 6aq4-d 3a73-1 3jry-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (2) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase

B: Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase

C: Poly(A) polymerase catalytic subunit

D: Poly(A) polymerase catalytic subunit

E: RNA/DNA chimera (5'-D(CP*)R(UP*UP*)D(CP*C)-3')

F: RNA/DNA chimera (5'-D(CP*)R(UP*UP*)D(CP*C)-3')

G: RNA/DNA chimera (5'-D(CP*)R(UP*UP*)-D(C)-3')

I: RNA/DNA chimera (5'-D(CP*CP*)R(UP*UP*)D(C)-3')

ヘテロ分子

188 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase

D: Poly(A) polymerase catalytic subunit

E: RNA/DNA chimera (5'-D(CP*)R(UP*UP*)D(CP*C)-3')

I: RNA/DNA chimera (5'-D(CP*CP*)R(UP*UP*)D(C)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase

C: Poly(A) polymerase catalytic subunit

F: RNA/DNA chimera (5'-D(CP*)R(UP*UP*)D(CP*C)-3')

G: RNA/DNA chimera (5'-D(CP*)R(UP*UP*)-D(C)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.925, 77.153, 108.030
Angle α, β, γ (deg.)	89.52, 73.45, 63.76
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase / E.C.2.1.1.57 / Poly(A) polymerase regulatory subunit / Poly(A) polymerase small subunit / PAP-S / VP39 分子量: 34588.961 Da / 分子数: 2 / 変異: R140A,K142A,R143A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) vaccinia virus WR (ウイルス) / 株: Western Reserve / WR / 遺伝子: PAPS, VACWR095, F9 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLyS / 参照: UniProt: P07617, methyltransferase cap1
#2: タンパク質	Poly(A) polymerase catalytic subunit / E.C.2.7.7.19 / Poly(A) polymerase large subunit / PAP-L / VP55 分子量: 55574.125 Da / 分子数: 2 / 変異: L36S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) vaccinia virus WR (ウイルス) / 株: Western Reserve / WR / 遺伝子: PAPL, VACWR057, E1L / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLyS / 参照: UniProt: P23371, polynucleotide adenylyltransferase

#1: タンパク質

Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase / E.C.2.1.1.57 / Poly(A) polymerase regulatory subunit / Poly(A) polymerase small subunit / PAP-S / VP39

分子量: 34588.961 Da / 分子数: 2 / 変異: R140A,K142A,R143A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

vaccinia virus WR (ウイルス) / 株: Western Reserve / WR / 遺伝子: PAPS, VACWR095, F9 / プラスミド: pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLyS / 参照: UniProt: P07617, methyltransferase cap1

#2: タンパク質

Poly(A) polymerase catalytic subunit / E.C.2.7.7.19 / Poly(A) polymerase large subunit / PAP-L / VP55

分子量: 55574.125 Da / 分子数: 2 / 変異: L36S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

vaccinia virus WR (ウイルス) / 株: Western Reserve / WR / 遺伝子: PAPL, VACWR057, E1L / プラスミド: pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLyS / 参照: UniProt: P23371, polynucleotide adenylyltransferase

-
RNA/DNA chimera (5'- ... , 3種, 4分子 EFGI

#3: RNA鎖	RNA/DNA chimera (5'-D(CP)R(UPUP)D(CPC)-3') 分子量: 1434.920 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: RNA鎖	RNA/DNA chimera (5'-D(CP)R(UPUP)-D(C)-3') 分子量: 1145.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成
#5: RNA鎖	RNA/DNA chimera (5'-D(CPCP)R(UPUP)D(C)-3') 分子量: 1434.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 4種, 9分子

#6: 化合物	ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP 分子量: 324.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₉P
#7: 化合物	ChemComp-3AT / 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CORDYCEPIN TRIPHOSPHATE / 3′-dATP 分子量: 491.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃
#8: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.97 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: Proteins(4-5mg.ml) in 10mM Tris-HCl, pH8.7, 75 mM NaCl, 0.5 mM DTT, mixed with equal volume buffer which composed of 10mM Tris-HCl, pH 8.7, 15-20% PEG 4000, 5% glycerol, 0.5 mM DTT. Room ...

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	Tris-HCl	1	1
2	NaCl	1	1
3	DTT	1	1
4	PEG 4000	1	1
5	glycerol	1	1
6	Tris-HCl	1	2
7	DTT	1	2
8	PEG 4000	1	2
9	glycerol	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9767 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月27日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9767 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.21→50 Å / Num. obs: 30209 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.107 / R_sym value: 0.107 / Net I/σ(I): 12.67
反射シェル	解像度: 3.21→3.41 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / R_sym value: 0.427 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
CNS	1.2	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2GA9

2ga9

解像度: 3.21→38.55 Å / R_factor R_free error: 0.008 / Data cutoff high absF: 866011.55 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Residues 27-32, 142-144 in chains A & B and residues 1-11, 118-129, 150-160 in chains C & D are disordered and not included in the model.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.309	1453	4.9 %	RANDOM
R_work	0.245	-	-	-
all	0.2451	29455	-	-
obs	0.2451	29455	93.8 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: BULK FLAT MODEL / B_sol: 46.3876 Å² / k_sol: 0.3 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 85 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.62 Å²	3.2 Å²	-6.83 Å²
2-	-	-14.63 Å²	2.66 Å²
3-	-	-	14.01 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.6 Å	0.47 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.73 Å	0.68 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.21→38.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12018	357	104	1	12480

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.012
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.4
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	21.8
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.97
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	10.36	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	16.07	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	11.11	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	16.34	2.5

LS精密化シェル

解像度: 3.21→3.41 Å / R_factor R_free error: 0.026 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4	239	4.9 %
R_work	0.36	4632	-
obs	-	-	93.4 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	&_1_TOPOLOGY_INFILE_1
X-RAY DIFFRACTION	2	dna-rna_rep_1.par	&_1_TOPOLOGY_INFILE_2
X-RAY DIFFRACTION	3	water_rep.param	&_1_TOPOLOGY_INFILE_3
X-RAY DIFFRACTION	4	atp.par	&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION	5	calcium2.par	&_1_TOPOLOGY_INFILE_5

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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