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- PDB-3era: RECOMBINANT ERABUTOXIN A (S8T MUTANT) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3era
タイトルRECOMBINANT ERABUTOXIN A (S8T MUTANT)
要素ERABUTOXIN A
キーワードNEUROTOXIN / SNAKE NEUROTOXIN / VENOM / POSTSYNAPTIC NEUROTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / : / Snake toxin cobra-type / Snake three-finger toxin / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Erabutoxin a
類似検索 - 構成要素
生物種Laticauda semifasciata (エラブウミヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / MOLECULAR / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Gaucher, J.F. / Menez, R. / Arnoux, B. / Menez, A. / Ducruix, A.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2000
タイトル: High resolution x-ray analysis of two mutants of a curaremimetic snake toxin
著者: Gaucher, J.F. / Menez, R. / Arnoux, B. / Menez, A. / Ducruix, A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995
タイトル: Genetic Engineering of Snake Toxins. The Functional Site of Erabutoxin A, as Delineated by Site-Directed Mutagenesis, Includes Variant Residues
著者: Tremeau, O. / Lemaire, C. / Drevet, P. / Pinkasfeld, S. / Ducancel, F. / Boulain, J.C. / Menez, A.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993
タイトル: Genetic Engineering of Snake Toxins. Role of Invariant Residues in the Structural and Functional Properties of a Curaremimetic Toxin, as Probed by Site-Directed Mutagenesis
著者: Pillet, L. / Tremeau, O. / Ducancel, F. / Drevet, P. / Zinn-Justin, S. / Pinkasfeld, S. / Boulain, J.C. / Menez, A.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1992
タイトル: Structure Determination of a Dimeric Form of Erabutoxin-B, Crystallized from Thiocyanate Solution
著者: Saludjian, P. / Prange, T. / Navaza, J. / Menez, R. / Guilloteau, J.P. / Ries-Kautt, M. / Ducruix, A.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: The Crystal Structure of Erabutoxin a at 2.0-A Resolution
著者: Corfield, P.W. / Lee, T.J. / Low, B.W.
#5: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1988
タイトル: Refinement at 1.4 A Resolution of a Model of Erabutoxin B: Treatment of Ordered Solvent and Discrete Disorder
著者: Smith, J.L. / Corfield, P.W.R. / Hendrickson, W.A. / Low, B.W.
履歴
登録1997年6月25日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / software ...database_2 / software / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ERABUTOXIN A
B: ERABUTOXIN A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9105
ポリマ－13,7352
非ポリマー1743
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.418, 53.013, 40.467
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99975, -0.00367, 0.02204), (0.01952, 0.33621, 0.94158), (-0.01087, 0.94178, -0.33606)
ベクター: 47.12906, 25.64156, -36.72058)

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要素

#1: タンパク質 ERABUTOXIN A


分子量: 6867.741 Da / 分子数: 2 / 変異: S8T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Laticauda semifasciata (エラブウミヘビ)
プラスミド: PEZZ 18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB 101 / 参照: UniProt: P60775
#2: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: CRYSTALLIZATION WERE PERFORMED AT 291K BY THE HANGING DROP METHOD. DROPS OF 2 MICROLITRE OF 0.007M PROTEIN AND 2 MICROLITRE OF RESERVOIR WERE EQUILIBRATED AGAINST 0.32M NASCN, 0.05M NAOAC ...詳細: CRYSTALLIZATION WERE PERFORMED AT 291K BY THE HANGING DROP METHOD. DROPS OF 2 MICROLITRE OF 0.007M PROTEIN AND 2 MICROLITRE OF RESERVOIR WERE EQUILIBRATED AGAINST 0.32M NASCN, 0.05M NAOAC BUFFER SOLUTION (PH 4.5), vapor diffusion - hanging drop
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17 mMtoxin1drop
2210 mM1reservoirNaSCN
350 mM1reservoirNaOAc

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データ収集

回折平均測定温度: 278 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.901
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年7月1日 / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.901 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→13.9 Å / Num. obs: 13459 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 12.6 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.29 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. obs: 13852 / % possible obs: 97.8 % / Num. measured all: 46741 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.3 % / Rmerge(I) obs: 0.205 / Mean I/σ(I) obs: 3.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
ROTAVATAAGROVATAデータ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: MOLECULAR
開始モデル: STRUCTURE OF RECOMBINANT ERABUTOXIN A (S8G MUTANT)

解像度: 1.7→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: AT THE END OF REFINEMENT RFREE DATA SET WAS COMBINED WITH OTHER DATA FOR THE LAST STEP OF REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 1243 9.9 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.179 12566 96.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 15.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.18 Å
Luzzati d res low-10 Å
Luzzati sigma a-0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数958 0 9 116 1083
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.59
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.95
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.29
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 125 9.1 %
Rwork0.24 1248 -
obs--97.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM11.WATTOPH11.WAT
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.95
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.29
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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