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万見
- PDB-3equ: Crystal structure of penicillin-binding protein 2 from Neisseria ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3equ
タイトルCrystal structure of penicillin-binding protein 2 from Neisseria gonorrhoeae
要素Penicillin-binding protein 2
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Penicillin-binding protein / Class B transpeptidase / Cell division / Cell inner membrane / Cell membrane / Cell shape / Cell wall biogenesis/degradation / Peptidoglycan synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic ...peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-Lactamase - #330 / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain ...Beta-Lactamase - #330 / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Penicillin-binding protein 2a (Domain 2) / Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-Lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Powell, A.J. / Deacon, A.M. / Nicholas, R.A. / Davies, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structures of Penicillin-binding Protein 2 from Penicillin-susceptible and -resistant Strains of Neisseria gonorrhoeae Reveal an Unexpectedly Subtle Mechanism for Antibiotic Resistance.
著者: Powell, A.J. / Tomberg, J. / Deacon, A.M. / Nicholas, R.A. / Davies, C.
履歴
登録2008年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein 2
B: Penicillin-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,03321
ポリマ－119,2162
非ポリマー1,81719
水2,630146
1
A: Penicillin-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,56511
ポリマ－59,6081
非ポリマー95710
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Penicillin-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,46910
ポリマ－59,6081
非ポリマー8619
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.4, 138.6, 228.0
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein 2 / PBP-2


分子量: 59607.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 株: FA19 / 遺伝子: penA / プラスミド: pMAL-C2KV/H6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): GW6011
参照: UniProt: P08149, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.66 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2.2 M ammonium sulphate, 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月20日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→87 Å / Num. all: 73860 / Num. obs: 73860 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 43.2 Å2 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0 / Num. unique all: 3081 / Rsym value: 0.349 / % possible all: 52.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.4→66.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 10.749 / SU ML: 0.126 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 3467 5.1 %RANDOM
Rwork0.209 ---
all0.211 68535 --
obs0.211 68535 94.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.52 Å20 Å20 Å2
2--1.25 Å20 Å2
3---1.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→66.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6516 0 97 146 6759
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0226724
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.451.9879119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.35848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.723.46289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.515.0271107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.71557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21010
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025049
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.22939
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.24543
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2375
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1730.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1620.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8621.54336
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.18526796
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.09732636
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2184.52323
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 192 -
Rwork0.228 3377 -
obs-3569 70 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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