PDB-3eq5: Crystal structure of fragment 137 to 238 of the human Ski-like protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3eq5

タイトル

Crystal structure of fragment 137 to 238 of the human Ski-like protein

要素

Ski-like protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / SKIL / SKI-LIKE PROTEIN / SNO / RECEPTOR SIGNALLING / TGF-BETA / Structural Genomics / SGC Stockholm / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

muscle structure development / lymphocyte homeostasis / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / lens fiber cell differentiation / response to growth factor / blastocyst formation / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of axonogenesis / SMAD binding / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Tresaugues, L. / Wisniewska, M. / Andersson, J. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of fragment 137 to 238 of the human Ski-like protein.
著者: Tresaugues, L. / Wisniewska, M. / Andersson, J. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / ...

履歴

登録	2008年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3eq5.cif.gz	235.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3eq5.ent.gz	190.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3eq5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/3eq5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/3eq5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1sbxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6hyf-2 6i6y-d 1eow-d 2w5m-2 4j64-d 5yt6-3 1kf4-d 3rsd-d 6yo1-1 4g8y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ski-like protein

B: Ski-like protein

C: Ski-like protein

D: Ski-like protein

E: Ski-like protein

F: Ski-like protein

G: Ski-like protein

H: Ski-like protein

I: Ski-like protein

J: Ski-like protein

K: Ski-like protein

L: Ski-like protein

168 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Ski-like protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ski-like protein

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3

C: Ski-like protein

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4

D: Ski-like protein

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5

E: Ski-like protein

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6

F: Ski-like protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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7

G: Ski-like protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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8

H: Ski-like protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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9

I: Ski-like protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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10

J: Ski-like protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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11

K: Ski-like protein

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12

L: Ski-like protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	210.820, 70.120, 116.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.95, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Ski-like protein / Ski-related protein / Ski-related oncogene 分子量: 14000.952 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP Residues 137-238 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKIL / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) R3 pRARE / 参照: UniProt: P12757
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Ski-like protein / Ski-related protein / Ski-related oncogene

分子量: 14000.952 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP Residues 137-238 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKIL / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) R3 pRARE / 参照: UniProt: P12757

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.02 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Ammonium nitrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97623 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月25日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→19.83 Å / Num. all: 61694 / Num. obs: 60345 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.074 / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 2.45→2.51 Å / 冗長度: 2.63 % / R_merge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / Num. unique all: 4488 / R_sym value: 0.597 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0035	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SBX

1sbx

解像度: 2.45→19.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 25.769 / SU ML: 0.244 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.402 / ESU R Free: 0.276 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27428	3018	5 %	RANDOM
R_work	0.23239	-	-	-
obs	0.23449	57326	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 3.018 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.52 Å²	0 Å²	-0.15 Å²
2-	-	-0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→19.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8968	0	0	343	9311

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	9224
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6219
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.808	1.998	12552
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.278	3	15324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.233	5	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.031	24.422	389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.034	15	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.689	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.044	0.2	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	10106
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1714
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.078	1.5	5837
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.021	1.5	2338
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.162	2	9539
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.318	3	3387
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.499	4.5	2997
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.513 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.382	222	-
R_work	0.344	4203	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7406	-0.2835	0.3936	6.7737	0.6225	3.8529	0.367	0.1915	-0.0094	-0.4017	-0.1209	-0.3164	0.6774	0.755	-0.2461	0.2338	0.1987	0.0859	0.5678	0.0041	0.4015	-1.171	-28.222	47.791
2	0.5391	-2.1291	1.3152	11.4893	-7.3006	4.6599	0.4539	0.0613	-0.5379	-1.5729	0.3348	1.4496	1.0138	-0.2131	-0.7888	0.6495	0.0803	-0.2389	0.6377	-0.0994	0.8984	-11.076	-38.456	43.284
3	1.4461	-0.2212	0.653	1.9944	-2.3042	2.9836	0.3594	0.2362	-0.141	-0.3481	-0.296	0.0543	0.5213	0.2163	-0.0634	0.1749	0.1016	0.075	0.4907	-0.012	0.3465	-5.172	-27.546	44.76
4	4.2281	-0.5844	3.248	6.7444	-0.3694	10.2418	0.3253	0.1155	0.2995	-0.5023	-0.3177	0.1042	-0.0151	0.0875	-0.0076	0.1977	0.1463	0.1599	0.561	0.0177	0.3355	-7.595	-18.024	20.81
5	1.3944	-0.2092	-0.0047	5.0774	2.6192	2.3804	0.1633	0.27	-0.1749	-0.5684	0.0384	-0.5123	0.4018	0.3647	-0.2016	0.5477	0.183	0.1232	0.7094	0.044	0.408	-0.118	-24.733	23.113
6	1.8109	0.5805	1.2615	2.5405	1.8647	8.1728	0.2964	0.2163	-0.3627	-0.3517	0.0932	-0.3463	0.7916	0.027	-0.3897	0.3221	0.133	0.1269	0.6419	0.0735	0.4041	-4.531	-25.649	21.03
7	7.8754	0.1568	-9.3113	10.5527	-9.2747	19.3266	-0.2669	-0.3557	-0.6181	-0.3688	-0.5981	-0.4854	0.2546	1.0153	0.865	0.474	0.0072	-0.0083	0.5757	-0.0175	0.5938	-27.414	-1.063	16.683
8	3.4121	-0.4969	0.5761	1.6823	1.3376	3.9335	-0.03	-0.2566	0.3241	0.0879	-0.0312	-0.0234	-0.3766	-0.0601	0.0612	0.3645	0.0662	-0.0241	0.6255	0.0216	0.5876	-33.733	8.23	15.317
9	1.0661	0.0248	0.9482	1.8147	1.0914	2.0503	-0.0822	-0.1248	0.0592	0.218	-0.0881	0.0797	-0.1719	-0.2846	0.1704	0.3261	0.0785	-0.024	0.6031	0.0161	0.5611	-34.571	5.548	16.67
10	11.8269	-8.1308	-2.4326	24.1901	4.5509	8.5275	0.4226	0.5258	0.1979	-1.5528	-0.0167	-0.5129	-0.5116	0.0144	-0.406	0.4872	-0.0049	-0.1666	0.6686	0.0926	0.44	-47.935	2.057	-7.892
11	4.6551	-1.3297	-0.6134	2.5657	1.3462	5.4645	-0.0607	-0.3082	-0.2237	0.0884	-0.029	0.2889	0.427	-0.6212	0.0897	0.2926	0.0406	-0.0421	0.8107	0.0197	0.6454	-51.896	-3.579	2.342
12	4.9425	-1.8432	1.2413	1.3555	-1.2689	1.4472	-0.2425	-0.3799	-0.1304	0.095	0.168	0.1121	0.0767	-0.2637	0.0745	0.3219	0.0884	-0.0242	0.7331	-0.1007	0.5515	-47.445	-2.531	-0.531
13	13.1156	2.2797	4.8689	49.9502	-3.8257	32.0426	-0.9888	-0.2288	-0.0435	0.7925	-0.9641	-3.9026	-0.1615	1.5015	1.9529	0.8566	-0.3222	-0.1154	1.0492	0.0443	0.6953	-57.979	-30.805	29.433
14	1.6035	1.3133	0.1312	10.6412	9.7803	9.9283	0.2958	-0.3016	0.3649	0.095	-0.5244	0.3871	-0.0327	-0.1005	0.2286	0.7953	-0.4466	-0.3676	0.9875	0.1787	1.0196	-63.796	-21.129	35.486
15	0.1031	-0.4488	-1.0235	2.6152	5.9876	13.8183	-0.0138	-0.1483	0.1358	0.4965	0.1543	0.0149	1.2498	-0.0369	-0.1405	0.7537	-0.7974	-0.2316	1.6859	0.1213	1.3273	-68.492	-22.702	46.233
16	3.2004	-0.293	-0.0296	1.0427	1.8533	3.5372	0.2561	-0.2084	0.0441	0.111	-0.2946	0.1981	0.2132	-0.4748	0.0385	0.6282	-0.4136	-0.1718	0.7726	0.0532	0.8278	-61.605	-23.329	38.334
17	6.6456	-3.8365	-0.6915	5.6738	0.4511	3.7471	-0.0218	0.2145	-0.265	-0.2972	-0.1266	-0.0429	0.2857	0.1237	0.1484	0.2754	0.0696	0.1039	0.7268	0.0213	0.436	-13.157	-15.611	-0.298
18	2.4914	-0.8888	2.4829	2.055	-2.0107	3.3713	0.2677	-0.4069	-0.2082	-0.3259	0.0358	0.6423	0.512	-0.4538	-0.3035	0.4965	0.1071	0.0772	0.827	-0.0422	0.6545	-16.442	-24.898	0.506
19	10.1668	1.4023	-3.7419	0.5116	1.1611	10.3388	0.1662	0.2143	0.5853	-0.1402	0.0166	0.0949	-0.7314	0.0163	-0.1829	0.4224	0.1686	-0.0042	0.6386	0.0698	0.4819	-14.562	-3.616	-3.824
20	3.9897	-2.7901	0.0861	5.7377	3.1265	5.9719	-0.1169	-0.5055	0.6618	-0.1913	0.1427	-0.2667	0.3636	0.1209	-0.0258	0.4681	-0.4005	0.0247	0.9569	-0.086	0.7048	-41.235	-10.667	48.931
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23	7.8972	5.7911	-0.6622	16.1313	-6.507	12.9525	0.6189	0.2046	-0.698	0.6694	-1.3757	-1.3153	0.3293	2.0179	0.7568	0.5165	-0.2213	-0.058	0.9647	-0.0036	0.5018	-19.841	-39.558	47.519
24	6.6122	-2.7359	2.9533	7.5769	-3.3853	3.6393	-0.2666	0.0685	0.0278	0.1166	0.1072	0.1147	-0.5583	0.4846	0.1594	0.4572	-0.3153	-0.0253	0.8219	0.0705	0.4748	-31.856	-35.132	46.213
25	3.6137	0.5288	3.0592	4.9422	-1.0215	5.9639	-0.1299	0.2625	-0.1882	-0.2227	0.4403	0.6565	-0.0669	-0.1712	-0.3105	0.2912	-0.1124	0.0101	0.6129	0.0017	0.5672	-29.808	-39.072	49.494
26	12.2648	-0.0732	2.1579	9.1014	2.1681	0.9261	-0.3085	-0.822	1.2714	0.5525	-0.0445	0.2585	-0.0344	-0.2157	0.353	0.6321	0.2268	-0.1358	0.6671	-0.0853	0.7181	-18.888	11.799	37.859
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28	7.6795	-2.8451	-6.2285	4.6699	2.9981	11.2281	-0.0992	-0.3813	0.4234	-0.2617	0.1055	-0.2425	-0.43	0.6778	-0.0064	0.1202	0.0144	0.1183	0.4458	0.0247	0.3953	-7.259	3.689	35.788
29	4.9324	0.8799	3.9866	10.0582	2.3612	8.2198	-0.297	-0.0648	0.4153	0.4521	0.0684	-1.3065	-0.3475	0.3261	0.2287	0.0876	0.0189	0.0178	0.5645	0.081	0.6162	6.791	0.027	51.766
30	13.3966	0.2443	6.3734	0.8473	1.5453	5.7227	-0.6054	2.2605	0.8879	0.3441	0.2968	-0.2986	0.2947	1.8989	0.3086	0.2286	-0.0745	-0.0448	1.1097	0.5098	1.3141	15.451	3.168	47.493
31	12.045	11.2043	-3.5062	20.7904	-0.724	9.7851	-0.2524	-0.2811	0.7347	-0.2184	0.115	0.9631	0.0813	-1.0892	0.1374	0.0357	0.0238	0.0873	0.5398	0.0224	0.4052	-4.864	-3.379	50.847
32	1.4339	2.9364	0.2215	11.4951	-0.8264	1.4213	-0.0853	0.6475	0.2132	-0.3763	-0.0917	-0.5753	-0.0405	0.8557	0.1771	0.6561	0.2222	-0.0477	1.2191	0.2181	0.6446	-21.088	2.223	-26.734
33	0.9339	-0.3226	-0.4429	0.9905	-2.3018	7.2441	0.0844	0.306	0.547	0.0144	-0.3412	-0.2631	-0.3826	0.4107	0.2568	0.6012	0.1477	-0.194	0.9177	0.1695	0.9509	-24.854	7.026	-20.13
34	11.2341	-4.6507	-0.5814	2.6396	2.5239	9.1868	-0.3154	0.0749	-0.589	0.3142	-0.0026	0.0968	1.6413	0.1386	0.318	0.8434	0.1584	0.1407	0.8004	0.0011	0.7263	-28.957	-9.646	-14.646
35	5.4909	3.3837	-0.1582	3.8902	-1.2621	10.9243	-0.2856	0.7888	0.1085	-0.3049	0.1783	-0.472	0.3025	1.0033	0.1073	0.5705	0.0618	-0.187	0.7779	0.0254	0.7708	-33.963	-40.255	16.212
36	1.3865	-0.0651	1.8047	0.03	-0.1234	9.7117	0.0919	0.3616	0.0482	0.1116	-0.0427	-0.0696	-0.5	0.628	-0.0492	0.5753	-0.2239	-0.1557	0.7637	0.0627	0.7057	-40.141	-30.451	17.361
37	6.948	1.9324	2.4222	3.6047	1.9788	1.4303	0.4877	-0.0662	-0.4055	0.4093	-0.2217	-0.3301	0.2291	0.056	-0.2659	0.5574	-0.2512	-0.2321	0.8569	0.0727	0.6486	-39.894	-34.96	24.262

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	135 - 179
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	180 - 197
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	198 - 236
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	141 - 172
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	173 - 209
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	210 - 237
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	141 - 152
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	153 - 205
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	206 - 237
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	141 - 152
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	153 - 200
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	201 - 236
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	142 - 146
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	147 - 179
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	180 - 200
16	X-RAY DIFFRACTION	16	E	201 - 236
17	X-RAY DIFFRACTION	17	F	141 - 190
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	191 - 223
19	X-RAY DIFFRACTION	19	F	224 - 238
20	X-RAY DIFFRACTION	20	G	141 - 171
21	X-RAY DIFFRACTION	21	G	172 - 199
22	X-RAY DIFFRACTION	22	G	200 - 235
23	X-RAY DIFFRACTION	23	H	142 - 154
24	X-RAY DIFFRACTION	24	H	155 - 193
25	X-RAY DIFFRACTION	25	H	194 - 237
26	X-RAY DIFFRACTION	26	I	144 - 164
27	X-RAY DIFFRACTION	27	I	165 - 220
28	X-RAY DIFFRACTION	28	I	221 - 237
29	X-RAY DIFFRACTION	29	J	143 - 189
30	X-RAY DIFFRACTION	30	J	190 - 223
31	X-RAY DIFFRACTION	31	J	224 - 238
32	X-RAY DIFFRACTION	32	K	143 - 172
33	X-RAY DIFFRACTION	33	K	173 - 227
34	X-RAY DIFFRACTION	34	K	228 - 238
35	X-RAY DIFFRACTION	35	L	144 - 164
36	X-RAY DIFFRACTION	36	L	165 - 213
37	X-RAY DIFFRACTION	37	L	214 - 237

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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