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- PDB-3eq1: The Crystal Structure of Human Porphobilinogen Deaminase at 2.8A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eq1
タイトルThe Crystal Structure of Human Porphobilinogen Deaminase at 2.8A resolution
要素Porphobilinogen deaminase
キーワードTRANSFERASE / ALPHA AND BETA PROTEIN / Alternative splicing / Cytoplasm / Disease mutation / Heme biosynthesis / Porphyrin biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxymethylbilane synthase / hydroxymethylbilane synthase activity / heme B biosynthetic process / heme O biosynthetic process / heme A biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / Heme biosynthesis / heme biosynthetic process / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain / Porphobilinogen deaminase / Porphobilinogen deaminase, N-terminal / Porphobilinogen deaminase, C-terminal / Porphobilinogen deaminase, dipyrromethane cofactor binding site / Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain superfamily / Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain / Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain / Porphobilinogen deaminase cofactor-binding site. / Double Stranded RNA Binding Domain ...Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain / Porphobilinogen deaminase / Porphobilinogen deaminase, N-terminal / Porphobilinogen deaminase, C-terminal / Porphobilinogen deaminase, dipyrromethane cofactor binding site / Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain superfamily / Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain / Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain / Porphobilinogen deaminase cofactor-binding site. / Double Stranded RNA Binding Domain / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DPM / Porphobilinogen deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kolstoe, S.E. / Gill, R. / Mohammed, F. / Wood, S.P.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2009
タイトル: Structure of human porphobilinogen deaminase at 2.8 A: the molecular basis of acute intermittent porphyria
著者: Gill, R. / Kolstoe, S.E. / Mohammed, F. / Al D-Bass, A. / Mosely, J.E. / Sarwar, M. / Cooper, J.B. / Wood, S.P. / Shoolingin-Jordan, P.M.
履歴
登録2008年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Porphobilinogen deaminase
B: Porphobilinogen deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,22111
ポリマ－78,7082
非ポリマー1,5139
水00
1
A: Porphobilinogen deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0635
ポリマ－39,3541
非ポリマー7094
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Porphobilinogen deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1596
ポリマ－39,3541
非ポリマー8055
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.083, 104.435, 109.732
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 20:55 or resseq 88:299 or resseq 312:355 )
21chain B and (resseq 20:55 or resseq 88:299 or resseq...
12chain A 400
22chain B 401

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111VALVALALAALAAA20 - 5520 - 55
121ASNASNILEILEAA88 - 29988 - 299
131ASPASPARGARGAA312 - 355312 - 355
211VALVALALAALABB20 - 5520 - 55
221ASNASNILEILEBB88 - 29988 - 299
231ASPASPARGARGBB312 - 355312 - 355
241VALVALALAALABB20 - 5520 - 55
251ASNASNILEILEBB88 - 29988 - 299
261ASPASPARGARGBB312 - 355312 - 355
112DPMDPMDPMDPMAC400
212DPMDPMDPMDPMBG401

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Porphobilinogen deaminase / PBG-D / Pre-uroporphyrinogen synthase / Hydroxymethylbilane synthase / HMBS


分子量: 39353.945 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 19-356 / 変異: R167Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08397, hydroxymethylbilane synthase
#2: 化合物 ChemComp-DPM / 3-[5-{[3-(2-carboxyethyl)-4-(carboxymethyl)-5-methyl-1H-pyrrol-2-yl]methyl}-4-(carboxymethyl)-1H-pyrrol-3-yl]propanoic acid / DIPYRROMETHANE COFACTOR


分子量: 420.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N2O8
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.6M ammonium sulphate, 1.2M lithium sulphate, 5% (v/v) ethylene glycol, 50mM sodium citrate, 50mM DTT, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 1999年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→46.8 Å / Num. obs: 25917 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.657 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.657 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア
名称分類
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PDA

1pda


解像度: 2.8→43.901 Å / FOM work R set: 0.695 / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 1711 7.72 %
Rwork0.2592 --
obs0.2615 22175 94.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.596 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 1 Å2 / Biso mean: 64.176 Å2 / Biso min: 0 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--35.621 Å20 Å2-0 Å2
2--60.932 Å20 Å2
3----25.311 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→43.901 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4830 0 95 0 4925
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034998
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6586768
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044776
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002876
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8791860
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2241X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2241X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.019
21A30X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B30X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.014
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8001-2.88250.41831370.35391701X-RAY DIFFRACTION96
2.8825-2.97550.38221510.3381694X-RAY DIFFRACTION95
2.9755-3.08180.37151390.31121723X-RAY DIFFRACTION96
3.0818-3.20520.38281460.29931684X-RAY DIFFRACTION95
3.2052-3.3510.34011390.29351708X-RAY DIFFRACTION95
3.351-3.52760.31361370.27481704X-RAY DIFFRACTION94
3.5276-3.74850.27851370.2461706X-RAY DIFFRACTION95
3.7485-4.03780.271440.23931703X-RAY DIFFRACTION94
4.0378-4.44380.22731450.21471703X-RAY DIFFRACTION94
4.4438-5.0860.23111450.20371708X-RAY DIFFRACTION93
5.086-6.40460.25641410.24531707X-RAY DIFFRACTION92
6.4046-43.90680.2691500.2331723X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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