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万見
- PDB-3ept: Structure of the rebeccamycin biosynthetic enzyme RebC with reduc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ept
タイトルStructure of the rebeccamycin biosynthetic enzyme RebC with reduced flavin
要素RebC
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavin / Monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / FAD binding / methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Glutaredoxin - #120 / Aromatic-ring hydroxylase, C-terminal / : / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich ...Glutaredoxin - #120 / Aromatic-ring hydroxylase, C-terminal / : / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Glutaredoxin / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / Putative FAD-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Lechevalieria aerocolonigenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / RIGID BODY / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Ryan, K.S. / Drennan, C.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: The FAD cofactor of RebC shifts to an IN conformation upon flavin reduction
著者: Ryan, K.S. / Chakraborty, S. / Howard-Jones, A.R. / Walsh, C.T. / Ballou, D.P. / Drennan, C.L.
履歴
登録2008年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RebC
B: RebC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,4535
ポリマ－119,8552
非ポリマー1,5983
水1,17165
1
A: RebC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7383
ポリマ－59,9281
非ポリマー8112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RebC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7152
ポリマ－59,9281
非ポリマー7881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.261, 78.223, 123.063
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 RebC / Putative monooxygenase / Putative FAD-monooxygenase


分子量: 59927.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lechevalieria aerocolonigenes (バクテリア)
遺伝子: rbmD, rebC / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8KI25
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH2


分子量: 787.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.02 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.4
詳細: 1.5 microliters of RebC (9 mg/mL in 150 mM NaCl, 10% glycerol, 25 mM HEPES pH 7.5) were incubated with 0.35 microliters of guanidine-HCl for 30 seconds, followed by addition of 1.5 ...詳細: 1.5 microliters of RebC (9 mg/mL in 150 mM NaCl, 10% glycerol, 25 mM HEPES pH 7.5) were incubated with 0.35 microliters of guanidine-HCl for 30 seconds, followed by addition of 1.5 microliters of precipitant solution (19% PEG-8000, 0.1 M HEPES pH 7.4), without mixing, at room temperature and sealed over a precipitant well solution. Immediately after set up, crystal trays were placed on a gel shaker and then, after 12 hours, transferred to a storage space in vibration-isolation. Reduced-RebC was generated by incubating a RebC crystal in a cryogenic solution (19% PEG-8000, 0.1 M HEPES pH 7.4, 20% glycerol) and adding an amount of solid sodium dithionite that is in slight excess of the point at which the crystal became completely clear, indicating that all FAD was reduced. The crystal was then flash-frozen in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9797
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月22日
詳細: FLAT COLLIMATING MIRROR, DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR, TOROID FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.97→40 Å / Num. obs: 22485 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.149
反射 シェル解像度: 2.97→3.08 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.27 / % possible all: 50.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: RIGID BODY
開始モデル: PDB ENTRY 2R0G

2r0g


解像度: 2.97→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 1140 -RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.225 21868 88.4 %-
all-24731 --
溶媒の処理Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.299767 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.287 Å20 Å20.108 Å2
2---12.425 Å20 Å2
3---3.137 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.97→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7913 0 107 65 8085
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.34
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.191.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.5452
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0832
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.4852.5
LS精密化 シェル解像度: 2.97→3.02 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.4695 35
Rwork0.3587 -
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2fad-1N4v.par
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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