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万見
- PDB-3epp: Crystal structure of mRNA cap guanine-N7 methyltransferase (RNMT)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3epp
タイトルCrystal structure of mRNA cap guanine-N7 methyltransferase (RNMT) in complex with sinefungin
要素mRNA cap guanine-N7 methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / mRNA cap guanine-N7 methyltransferase / RNMT / sinefungin / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / mRNA capping / mRNA processing / Nucleus / Phosphoprotein / RNA-binding / S-adenosyl-L-methionine
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA cap methyltransferase RNMT:RAMAC complex / mRNA capping enzyme complex / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / mRNA Capping / 7-methylguanosine mRNA capping / cellular response to leukemia inhibitory factor / fibrillar center / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity ...mRNA cap methyltransferase RNMT:RAMAC complex / mRNA capping enzyme complex / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / mRNA Capping / 7-methylguanosine mRNA capping / cellular response to leukemia inhibitory factor / fibrillar center / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / receptor complex / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
mRNA cap guanine-N7 methyltransferase, eukaryotes / mRNA cap guanine-N7 methyltransferase / mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase domain / mRNA (guanine-N(7))-methyltransferase domain / mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase (EC 2.1.1.56) domain profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SINEFUNGIN / mRNA cap guanine-N7 methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Amaya, M.F. / Zeng, H. / Loppnau, P. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Botchkarev, A. / Min, J. / Plotnikov, A.N. ...Amaya, M.F. / Zeng, H. / Loppnau, P. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Botchkarev, A. / Min, J. / Plotnikov, A.N. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of mRNA cap guanine-N7 methyltransferase (RNMT) in complex with sinefungin.
著者: Zeng, H. / Amaya, M.F. / Loppnau, P. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Botchkarev, A. / Min, J. / Plotnikov, A.N. / Wu, H.
履歴
登録2008年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase
B: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3094
ポリマ－73,5462
非ポリマー7632
水2,972165
1
A: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1552
ポリマ－36,7731
非ポリマー3811
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1552
ポリマ－36,7731
非ポリマー3811
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.515, 73.650, 147.518
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 mRNA cap guanine-N7 methyltransferase / mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase / RG7MT1 / mRNA cap methyltransferase / hcm1p / hCMT1 / hMet


分子量: 36773.211 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 165-476 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNMT, KIAA0398 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a
参照: UniProt: O43148, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン


分子量: 381.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N7O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M KSCN, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月30日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 24532 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 1.633 / Net I/σ(I): 15.874
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.494.60.3923811.89196
2.49-2.594.80.32823741.851196.2
2.59-2.74.80.27423901.778196.4
2.7-2.854.80.21124161.818196.7
2.85-3.024.90.15924121.857197.5
3.02-3.264.90.12424481.643197.6
3.26-3.584.90.08824891.504198.5
3.58-4.14.90.07224831.363198.2
4.1-5.174.90.06725201.316198.4
5.17-404.70.06726191.381196.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.41→38.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 18.68 / SU ML: 0.238 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.501 / ESU R Free: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3 1260 5.1 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.231 24501 96.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 97.88 Å2 / Biso mean: 31.856 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.29 Å20 Å20 Å2
2--3.87 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→38.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4192 0 54 165 4411
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224336
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5641.9775839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6425524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.92624.503191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.68215744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3751515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2634
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023230
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.21931
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22924
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1970.2219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.5720.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6541.52766
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.06724210
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.82531876
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6214.51629
LS精密化 シェル解像度: 2.41→2.48 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 72 -
Rwork0.256 1610 -
all-1682 -
obs--91.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.43240.6339-0.77051.3249-0.64911.6139-0.0168-0.28620.1354-0.0342-0.0146-0.0562-0.13850.05410.03140.1047-0.0566-0.0041-0.2342-0.0038-0.1213.5668.89735.293
21.35090.1484-0.7280.4428-0.32551.9430.0039-0.0452-0.0532-0.00410.05110.05760.0347-0.1159-0.0550.06660.0147-0.0169-0.2414-0.0102-0.1286-6.534-2.89835.239
33.8368-1.5446-1.62542.50320.17481.86970.08050.09830.1048-0.28380.0153-0.3835-0.0466-0.0233-0.09580.1186-0.01440.0169-0.2835-0.0156-0.154714.393-6.30117.138
41.27290.11190.38351.07360.57082.0099-0.11810.20310.111-0.0770.0996-0.0551-0.22310.12010.01850.11650.0010.0212-0.26570.0133-0.15157.1654.77824.938
51.2742-0.26480.62350.31130.37461.2972-0.09550.23940.02940.01570.0203-0.0372-0.04090.15330.07520.0558-0.0233-0.0059-0.13550.0304-0.08982.051-4.787-21.571
61.68510.51470.56741.15670.57321.6361-0.0436-0.16560.0623-0.01650.0664-0.0313-0.1725-0.0422-0.02270.0812-0.01470.0002-0.23250.011-0.1707-1.365-0.331-7.907
72.8855-0.2051-0.19570.8260.55942.5303-0.0144-0.02820.0495-0.06960.14490.0114-0.38240.2252-0.13050.048-0.02-0.0163-0.18480.0085-0.22082.534-0.0150.354
86.69641.6066-2.59211.1968-1.57542.124-0.0348-0.1759-0.50950.0368-0.1444-0.16040.10670.17140.17920.04390.0357-0.032-0.2521-0.0249-0.087416.136-6.637-11.37
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 36
2X-RAY DIFFRACTION2A37 - 151
3X-RAY DIFFRACTION3A152 - 190
4X-RAY DIFFRACTION4A191 - 313
5X-RAY DIFFRACTION5B5 - 83
6X-RAY DIFFRACTION6B88 - 183
7X-RAY DIFFRACTION7B184 - 231
8X-RAY DIFFRACTION8B232 - 313

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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