PDB-3epp: Crystal structure of mRNA cap guanine-N7 methyltransferase (RNMT)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3epp

タイトル

Crystal structure of mRNA cap guanine-N7 methyltransferase (RNMT) in complex with sinefungin

要素

mRNA cap guanine-N7 methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / mRNA cap guanine-N7 methyltransferase / RNMT / sinefungin /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) /

Structural Genomics Consortium / SGC / mRNA capping /

mRNA processing (転写後修飾) /

Nucleus (Nucleus) /

Phosphoprotein / RNA-binding /

S-adenosyl-L-methionine (S-アデノシルメチオニン)

機能・相同性

機能・相同性情報

: /

mRNA capping enzyme complex / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / mRNA Capping / 7-methylguanosine mRNA capping / cellular response to leukemia inhibitory factor /

核小体 / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.41 Å

データ登録者

Amaya, M.F. / Zeng, H. / Loppnau, P. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Botchkarev, A. / Min, J. / Plotnikov, A.N. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of mRNA cap guanine-N7 methyltransferase (RNMT) in complex with sinefungin.
著者: Zeng, H. / Amaya, M.F. / Loppnau, P. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Botchkarev, A. / Min, J. / Plotnikov, A.N. / Wu, H.

履歴

登録	2008年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3epp.cif.gz	123.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3epp.ent.gz	94 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3epp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/3epp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/3epp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bgv
類似構造データ	4px9-2 6i4a-d 1ywk-5 3up0-1 2go4-1 1rc6-2 6m88-d 1ri3-d 4px9-1 3ks6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (1)

登録構造単位

A: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase

B: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase

ヘテロ分子

74.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
37.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: mRNA cap guanine-N7 methyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
37.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.515, 73.650, 147.518
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	mRNA cap guanine-N7 methyltransferase / mRNA (guanine-N(7)-)-methyltransferase / RG7MT1 / mRNA cap methyltransferase / hcm1p / hCMT1 / hMet 分子量: 36773.211 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 165-476 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNMT, KIAA0398 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5a 参照: UniProt: O43148, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SFG / SINEFUNGIN / ADENOSYL-ORNITHINE / シネフンギン分子量: 381.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₇O₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.08 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M KSCN, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月30日 / 詳細: Mirrors

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 24532 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.094 / Χ²: 1.633 / Net I/σ(I): 15.874

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.4-2.49	4.6	0.39	2381	1.89	1	96
2.49-2.59	4.8	0.328	2374	1.851	1	96.2
2.59-2.7	4.8	0.274	2390	1.778	1	96.4
2.7-2.85	4.8	0.211	2416	1.818	1	96.7
2.85-3.02	4.9	0.159	2412	1.857	1	97.5
3.02-3.26	4.9	0.124	2448	1.643	1	97.6
3.26-3.58	4.9	0.088	2489	1.504	1	98.5
3.58-4.1	4.9	0.072	2483	1.363	1	98.2
4.1-5.17	4.9	0.067	2520	1.316	1	98.4
5.17-40	4.7	0.067	2619	1.381	1	96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.41→38.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.909 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.848 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 18.68 / SU ML: 0.238 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.501 / ESU R Free: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3	1260	5.1 %	RANDOM
R_work	0.228	-	-	-
obs	0.231	24501	96.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 97.88 Å² / B_iso mean: 31.856 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.29 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.87 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.41→38.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4192	0	54	165	4411

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	4336
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.564	1.977	5839
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.642	5	524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.926	24.503	191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.682	15	744
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.375	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	634
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3230
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1931
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	2924
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	219
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.183	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.572	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.654	1.5	2766
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.067	2	4210
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.825	3	1876
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.621	4.5	1629

LS精密化シェル

解像度: 2.41→2.48 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	72	-
R_work	0.256	1610	-
all	-	1682	-
obs	-	-	91.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4324	0.6339	-0.7705	1.3249	-0.6491	1.6139	-0.0168	-0.2862	0.1354	-0.0342	-0.0146	-0.0562	-0.1385	0.0541	0.0314	0.1047	-0.0566	-0.0041	-0.2342	-0.0038	-0.121	3.566	8.897	35.293
2	1.3509	0.1484	-0.728	0.4428	-0.3255	1.943	0.0039	-0.0452	-0.0532	-0.0041	0.0511	0.0576	0.0347	-0.1159	-0.055	0.0666	0.0147	-0.0169	-0.2414	-0.0102	-0.1286	-6.534	-2.898	35.239
3	3.8368	-1.5446	-1.6254	2.5032	0.1748	1.8697	0.0805	0.0983	0.1048	-0.2838	0.0153	-0.3835	-0.0466	-0.0233	-0.0958	0.1186	-0.0144	0.0169	-0.2835	-0.0156	-0.1547	14.393	-6.301	17.138
4	1.2729	0.1119	0.3835	1.0736	0.5708	2.0099	-0.1181	0.2031	0.111	-0.077	0.0996	-0.0551	-0.2231	0.1201	0.0185	0.1165	0.001	0.0212	-0.2657	0.0133	-0.1515	7.165	4.778	24.938
5	1.2742	-0.2648	0.6235	0.3113	0.3746	1.2972	-0.0955	0.2394	0.0294	0.0157	0.0203	-0.0372	-0.0409	0.1533	0.0752	0.0558	-0.0233	-0.0059	-0.1355	0.0304	-0.0898	2.051	-4.787	-21.571
6	1.6851	0.5147	0.5674	1.1567	0.5732	1.6361	-0.0436	-0.1656	0.0623	-0.0165	0.0664	-0.0313	-0.1725	-0.0422	-0.0227	0.0812	-0.0147	0.0002	-0.2325	0.011	-0.1707	-1.365	-0.331	-7.907
7	2.8855	-0.2051	-0.1957	0.826	0.5594	2.5303	-0.0144	-0.0282	0.0495	-0.0696	0.1449	0.0114	-0.3824	0.2252	-0.1305	0.048	-0.02	-0.0163	-0.1848	0.0085	-0.2208	2.534	-0.015	0.354
8	6.6964	1.6066	-2.5921	1.1968	-1.5754	2.124	-0.0348	-0.1759	-0.5095	0.0368	-0.1444	-0.1604	0.1067	0.1714	0.1792	0.0439	0.0357	-0.032	-0.2521	-0.0249	-0.0874	16.136	-6.637	-11.37

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	37 - 151
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	152 - 190
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	191 - 313
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	5 - 83
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	88 - 183
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	184 - 231
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	232 - 313

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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