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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3epn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Caulobacter crescentus ThiC complexed with imidazole ribonucleotide | ||||||
![]() | Thiamine biosynthesis protein thiC | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Alpha-Beta Barrel / SAM superfamily / Thiamine biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() 4-amino-5-hydroxymethyl-2-methylpyrimidine phosphate synthase activity / phosphomethylpyrimidine synthase / carbon-carbon lyase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, S. / Chatterjee, A. / Zhang, Y. / Grove, T.L. / Lee, M. / Krebs, C. / Booker, S.J. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Reconstitution of ThiC in thiamine pyrimidine biosynthesis expands the radical SAM superfamily 著者: Chatterjee, A. / Li, Y. / Zhang, Y. / Grove, T.L. / Lee, M. / Krebs, C. / Booker, S.J. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 225.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 178.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 61.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 68056.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: thiC / プラスミド: pDESTF1 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.58 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.4 M sodium citrate, 0.1 M sodium HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月28日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.11→50 Å / Num. all: 52752 / Num. obs: 52600 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rsym value: 0.164 / Χ2: 2.047 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.11→35.24 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.27 / FOM work R set: 0.81 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.42 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.823 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 162.06 Å2 / Biso mean: 25.361 Å2 / Biso min: 2.26 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.11→35.24 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19
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