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万見
- PDB-3ep0: Methyltransferase domain of human PR domain-containing protein 12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ep0
タイトルMethyltransferase domain of human PR domain-containing protein 12
要素PR domain zinc finger protein 12
キーワードTRANSFERASE / PR domain-containing protein 12 / PR domain zinc finger protein 12 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Transcription / Transcription regulation / Zinc / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / histone methyltransferase binding / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / sensory perception of pain / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / neurogenesis / methyltransferase activity / neuron projection development / methylation ...: / : / histone methyltransferase binding / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / sensory perception of pain / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / neurogenesis / methyltransferase activity / neuron projection development / methylation / regulation of gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PR-domain zinc finger protein PRDM12 / Beta-clip-like / SET domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain profile. / SET domain / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily ...PR-domain zinc finger protein PRDM12 / Beta-clip-like / SET domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain profile. / SET domain / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PR domain zinc finger protein 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Amaya, M.F. / Zeng, H. / Loppnau, P. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Botchkarev, A. / Min, J. / Plotnikov, A.N. ...Amaya, M.F. / Zeng, H. / Loppnau, P. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Botchkarev, A. / Min, J. / Plotnikov, A.N. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of methyltransferase domain of human PR Domain-containing protein 12.
著者: Zeng, H. / Amaya, M.F. / Loppnau, P. / Min, J. / Plotnikov, A.N. / Wu, H.
履歴
登録2008年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PR domain zinc finger protein 12
B: PR domain zinc finger protein 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1872
ポリマ－38,1872
非ポリマー00
水1,22568
1
A: PR domain zinc finger protein 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0931
ポリマ－19,0931
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PR domain zinc finger protein 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0931
ポリマ－19,0931
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.882, 34.358, 103.739
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 131.090, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PR domain zinc finger protein 12 / PR domain-containing protein 12


分子量: 19093.486 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRDM12, PFM9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H4Q4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Purified PRDM12 was crystallized using hanging drop vapor diffusion method at 293K by mixing the protein solution with the reservoir solution containing 19% PEG 2,000 MME, 0.1 M KSCN., VAPOR ...詳細: Purified PRDM12 was crystallized using hanging drop vapor diffusion method at 293K by mixing the protein solution with the reservoir solution containing 19% PEG 2,000 MME, 0.1 M KSCN., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.54178 Å
検出器日付: 2008年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 21829

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3DAL

3dal


Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / 最高解像度: 2.1 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 4.916 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.286 1124 5.1 %RANDOM
Rwork0.257 ---
obs0.259 21829 98.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 46.15 Å2 / Biso mean: 24.308 Å2 / Biso min: 9.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.76 Å20 Å21.15 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1741 0 0 68 1809
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221781
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2871.9522419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7845220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.86125.21171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.02415286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.198154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021326
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.2721
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21202
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1660.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1660.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8481.51148
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.38821792
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6963759
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5264.5627
LS精密化 シェル解像度: 2.099→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 67 -
Rwork0.305 1363 -
all-1430 -
obs--88.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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