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万見
- PDB-3eoz: Crystal Structure of Phosphoglycerate Mutase from Plasmodium Falc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eoz
タイトルCrystal Structure of Phosphoglycerate Mutase from Plasmodium Falciparum, PFD0660w
要素putative Phosphoglycerate mutase
キーワードISOMERASE / pgam / malaria / structural genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoglucomutase activity / phosphoglycerate mutase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / positive regulation of mitochondrial fission / glycolytic process / mitochondrion / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Lam, A. / Zhao, Y. / Lew, J. / Lin, Y.H. / Wasney, G. / Vedadi, M. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. ...Wernimont, A.K. / Tempel, W. / Lam, A. / Zhao, Y. / Lew, J. / Lin, Y.H. / Wasney, G. / Vedadi, M. / Kozieradzki, I. / Cossar, D. / Schapira, M. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Bochkarev, A. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Pizarro, J. / Hills, T. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2011
タイトル: Characterization of a new phosphatase from Plasmodium.
著者: Hills, T. / Srivastava, A. / Ayi, K. / Wernimont, A.K. / Kain, K. / Waters, A.P. / Hui, R. / Pizarro, J.C.
履歴
登録2008年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22011年8月24日Group: Database references
改定 1.32012年5月23日Group: Database references
改定 1.42017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative Phosphoglycerate mutase
B: putative Phosphoglycerate mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8717
ポリマ－50,4042
非ポリマー4665
水1,838102
1
A: putative Phosphoglycerate mutase
B: putative Phosphoglycerate mutase
ヘテロ分子

A: putative Phosphoglycerate mutase
B: putative Phosphoglycerate mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,74114
ポリマ－100,8094
非ポリマー93210
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area12480 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area30000 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area17440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.244, 116.244, 81.986
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 putative Phosphoglycerate mutase


分子量: 25202.225 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 100-295 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: PFD0660w / プラスミド: pet15_tev-lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8I1V2, EC: 5.4.2.1
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.23 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 42163 / Num. obs: 41489 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 53.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.064 / Χ2: 1.192 / Net I/σ(I): 23.633
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.802 / Mean I/σ(I) obs: 1.83 / Num. unique all: 1843 / Rsym value: 0.633 / Χ2: 0.934 / % possible all: 87.5

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se59.6380.1270.9040.0190.857
2Se600.8770.4680.0560.774

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.13位相決定
RESOLVE2.13位相決定
REFMAC5.5.0051精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→47.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 8.415 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 1144 5.1 %RANDOM
Rwork0.234 ---
all0.237 22596 --
obs0.237 22328 98.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.27 Å2 / Biso mean: 51.764 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.79 Å20 Å20 Å2
2---0.79 Å20 Å2
3---1.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2643 0 28 102 2773
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222749
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2731.9563732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85134425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0695332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.02423.937127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.51815437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1151513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213019
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02570
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7391.51669
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0921.5671
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.39822690
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.60731080
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6214.51039
LS精密化 シェル解像度: 2.398→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 73 -
Rwork0.327 1411 -
all-1484 -
obs-1843 90.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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