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- PDB-3eo2: Crystal structure of the RhoGEF domain of human neuroepithelial c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eo2
タイトルCrystal structure of the RhoGEF domain of human neuroepithelial cell-transforming gene 1 protein
要素Neuroepithelial cell-transforming gene 1 protein
キーワードSPLICING / RhoGEF / guanine nucleotide exchange factor / Structural genomics consortium / SGC / Guanine-nucleotide releasing factor / Nucleus / Proto-oncogene
機能・相同性
機能・相同性情報


myoblast migration / regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / positive regulation of Rho protein signal transduction / NRAGE signals death through JNK / RHOA GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of GTPase activity / cellular response to ionizing radiation / regulation of cell growth ...myoblast migration / regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHOB GTPase cycle / positive regulation of Rho protein signal transduction / NRAGE signals death through JNK / RHOA GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of GTPase activity / cellular response to ionizing radiation / regulation of cell growth / cellular response to hydrogen peroxide / G alpha (12/13) signalling events / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / signal transduction / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Net1, PH domain / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. ...Net1, PH domain / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuroepithelial cell-transforming gene 1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Nedyalkova, L. / Tong, Y. / Tempel, W. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the RhoGEF domain of human neuroepithelial cell-transforming gene 1 protein
著者: Nedyalkova, L. / Tong, Y. / Tempel, W. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.
履歴
登録2008年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32020年10月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: phasing / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id ..._struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuroepithelial cell-transforming gene 1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0722
ポリマ－27,0721
非ポリマー01
水00
1
A: Neuroepithelial cell-transforming gene 1 protein

A: Neuroepithelial cell-transforming gene 1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1444
ポリマ－54,1442
非ポリマー02
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455-x-1,-y,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.629, 95.629, 62.887
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
詳細ACCORDING TO THE AUTHORS THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 Neuroepithelial cell-transforming gene 1 protein / p65 Net1 proto-oncogene / Rho guanine nucleotide exchange factor 8


分子量: 27072.014 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 161-373 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NET1, ARHGEF8 / プラスミド: pET28-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q7Z628
#2: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.88 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 1.0M sodium citrate, 0.1M sodium cacodylate, 5% ethylene glycol, crystallized in the presence of 1:100 (w/w) subtilisin, pH 4.8, vapor diffusion, hanging drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 9673 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Χ2: 1.989 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.6-2.692.30.5266450.94165.3
2.69-2.840.5469060.73189.1
2.8-2.936.20.4149820.859197.1
2.93-3.088.60.38310130.908199.9
3.08-3.2810.70.28610061.1121100
3.28-3.5311.20.18710171.5241100
3.53-3.8811.20.12910072.0551100
3.88-4.4510.80.08910202.8031100
4.45-5.610.30.07110293.2281100
5.6-509.60.04710483.236198.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0044精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2Z0Q

2z0q


解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / WRfactor Rfree: 0.218 / WRfactor Rwork: 0.192 / SU B: 28.361 / SU ML: 0.241 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.382 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: RESIDUAL ONLY. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 465 4.817 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.215 9653 94.898 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 33.152 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.752 Å2-0.876 Å20 Å2
2---1.752 Å20 Å2
3---2.628 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1468 0 1 0 1469
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221497
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1231.992033
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86332492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9825186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.02323.7564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.37815264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.5911511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211639
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02286
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8852937
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1292370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.57831510
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0632560
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8453523
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6-2.6680.354150.43341874558.121
2.668-2.7410.566210.39858171883.844
2.741-2.820.374320.37661469992.418
2.82-2.9060.334320.28462668196.623
2.906-30.3390.2963767799.852
3-3.1040.443260.288619645100
3.104-3.220.272290.27157360399.834
3.22-3.350.395350.262562597100
3.35-3.4970.204340.233539573100
3.497-3.6650.282280.226533561100
3.665-3.860.223280.194492520100
3.86-4.090.238180.18478496100
4.09-4.3670.143260.173438464100
4.367-4.7080.237200.157419439100
4.708-5.1450.152170.16380397100
5.145-5.7310.354190.207362381100
5.731-6.5780.216220.22730032399.69
6.578-7.9610.243120.185273285100
7.961-10.8830.11970.13321422498.661
10.883-300.27250.19913014493.75
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -32.8632 Å / Origin y: -1.5764 Å / Origin z: 1.0066 Å
111213212223313233
T0.1465 Å2-0.0018 Å20.0095 Å2-0.2683 Å2-0.0488 Å2--0.2398 Å2
L0.898 °2-0.2418 °20.4841 °2-4.8192 °20.6899 °2--1.7586 °2
S-0.0098 Å °-0.0727 Å °-0.0734 Å °-0.0321 Å °0.071 Å °-0.5568 Å °-0.1124 Å °0.4848 Å °-0.0613 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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