[日本語] English
万見
- PDB-3enu: Crystal structure of Nitrollin, a betagamma-crystallin from Nitro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3enu
タイトルCrystal structure of Nitrollin, a betagamma-crystallin from Nitrosospira multiformis
要素Putative uncharacterized protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / betagamma crystallin
機能・相同性
機能・相同性情報


cell-cell adhesion / membrane
類似検索 - 分子機能
Calcium-dependent cell adhesion molecule, N-terminal / Beta/Gamma crystallin / Crystallins / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Gamma-crystallin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta/Gamma crystallin
類似検索 - 構成要素
生物種Nitrosospira multiformis (バクテリア)
手法X線回折 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Aravind, P. / Sankaranarayanan, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Three-dimensional domain swapping in nitrollin, a single-domain betagamma-crystallin from Nitrosospira multiformis, controls protein conformation and stability but not dimerization
著者: Aravind, P. / Suman, S.K. / Mishra, A. / Sharma, Y. / Sankaranarayanan, R.
履歴
登録2008年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9501
ポリマ－12,9501
非ポリマー00
水2,252125
1
A: Putative uncharacterized protein

A: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8992
ポリマ－25,8992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area3070 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area10430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.257, 80.903, 32.137
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / Nitrollin


分子量: 12949.712 Da / 分子数: 1 / 断片: single domain betagamma-crystallin, residues 27-140 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nitrosospira multiformis (バクテリア)
株: ATCC 25196 / 遺伝子: 3786576 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2YAE2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.02 % / Mosaicity: 0.486 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG3350, 0.2M Naformate, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR 345dtb / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→25 Å / Num. obs: 10654 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Χ2: 1.109 / Net I/σ(I): 40.15
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.86-1.936.20.1210150.86897.8
1.93-26.60.0910450.916100
2-2.096.60.07710440.954100
2.09-2.216.70.06810400.958100
2.21-2.346.70.05910631.06100
2.34-2.526.70.05410451.031100
2.52-2.786.80.0510541.178100
2.78-3.186.70.04210871.15100
3.18-46.60.03310921.28699.8
4-256.30.0311691.625100

-
位相決定

位相決定手法: 多重同系置換・異常分散
Phasing MIR解像度: 2.4→20 Å / FOM: 0.51 / 反射: 5062
Phasing MIR der
IDDer set-ID
11
21
31
Phasing MIR der site
IDDer-IDBiso (Å)Atom type symbolFract xFract yFract zOccupancy
1115.4758Au0.62360.33610.26330.3279
1236.583Au0.17830.13760.41520.5211
215.1919I0.72020.180.37470.2014
2260I0.64290.34480.27740.5365
231I0.70470.30930.18050.1055
Phasing MIR shell
解像度 (Å)FOM反射
8.22-200.74286
5.33-8.220.66432
4.21-5.330.56552
3.59-4.210.52626
3.18-3.590.48702
2.88-3.180.49769
2.66-2.880.45804
2.48-2.660.44891

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.1位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.86→25 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.874 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 539 5.1 %
Rwork0.181 --
obs-10624 99.7 %
溶媒の処理Bsol: 42.54 Å2
原子変位パラメータBiso max: 44.65 Å2 / Biso mean: 11.501 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.403 Å20 Å20 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3---0.304 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数914 0 0 125 1039
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0721.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1792
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.5432
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.2512.5
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004884
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.34785
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る