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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ent | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Nitrollin, a betagamma-crystallin from Nitrosospira multiformis-in alternate space group (P65) | ||||||
要素 | Putative uncharacterized protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / betagamma crystallin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Nitrosospira multiformis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å | ||||||
データ登録者 | Aravind, P. / Sankaranarayanan, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009 タイトル: Three-dimensional domain swapping in nitrollin, a single-domain betagamma-crystallin from Nitrosospira multiformis, controls protein conformation and stability but not dimerization 著者: Aravind, P. / Suman, S.K. / Mishra, A. / Sharma, Y. / Sankaranarayanan, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ent.cif.gz | 58.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ent.ent.gz | 45.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ent.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/3ent ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/3ent | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13325.176 Da / 分子数: 2 / 断片: single domain betagamma-crystallin, residues 24-140 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Nitrosospira multiformis (バクテリア) 株: ATCC 25196 / 遺伝子: 3786576 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2YAE2 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 % / Mosaicity: 0.443 ° |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 26% PEG3350, 0.2M NaCl, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR 345dtb / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年10月28日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.14→25 Å / Num. obs: 16884 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 0.765 / Net I/σ(I): 26.659 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.14→25 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.828 / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 49.319 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73.58 Å2 / Biso mean: 39.682 Å2 / Biso min: 21.9 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.14→25 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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