PDB-3enm: The structure of the MAP2K MEK6 reveals an autoinhibitory dimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3enm

タイトル

The structure of the MAP2K MEK6 reveals an autoinhibitory dimer

要素

Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6

キーワード

TRANSFERASE / MEK6 / autoinhibited dimer / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase / Tyrosine-protein kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / mitogen-activated protein kinase kinase / stress-activated protein kinase signaling cascade / negative regulation of cold-induced thermogenesis / Myogenesis / p38MAPK cascade / PI5P Regulates TP53 Acetylation / MAP kinase kinase activity / Uptake and function of anthrax toxins / signal transduction in response to DNA damage ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Min, X. / Akella, R. / He, H. / Humphreys, J.M. / Tsutakawa, S. / Lee, S.-J. / Tainer, J.A. / Cobb, M.H. / Goldsmith, E.J.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: The structure of the MAP2K MEK6 reveals an autoinhibitory dimer
著者: Min, X. / Akella, R. / He, H. / Humphreys, J.M. / Tsutakawa, S.E. / Lee, S.J. / Tainer, J.A. / Cobb, M.H. / Goldsmith, E.J.

履歴

登録	2008年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: database_2 / entity ...database_2 / entity / entity_src_gen / entity_src_nat / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.src_method / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3enm.cif.gz	238.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3enm.ent.gz	193.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3enm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3enm_validation.pdf.gz	509.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3enm_full_validation.pdf.gz	568.7 KB	表示
XML形式データ	3enm_validation.xml.gz	49.9 KB	表示
CIF形式データ	3enm_validation.cif.gz	68.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/3enm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/3enm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4du5-2 2awd-d 2fpe-7 5c3y-4 2wcf-d 6wgz-1 3uyt-6 5c3y-3 1c1d-1 3ljs-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (2) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (2) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (2)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (2)
#31 - 2002年7月
p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6

B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6

C: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6

D: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6

ヘテロ分子

147 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6

C: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6

ヘテロ分子

D: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.663, 122.663, 195.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 6 / MAP kinase kinase 6 / MAPKK 6 / MAPK/ERK kinase 6 / SAPKK3 分子量: 36664.062 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 45-334 / 変異: S207D T211D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P52564, mitogen-activated protein kinase kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.52 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.6M Li2SO4 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97905 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97905 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 71583 / Num. obs: 71326 / 冗長度: 3.4 % / R_sym value: 0.07

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SHELXS		位相決定
REFMAC	5.3.0040	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.35→19.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 17.714 / SU ML: 0.187 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26886	3582	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21199	-	-	-
obs	0.21485	67293	99.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.13 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.16 Å²	0.08 Å²	0 Å²
2-	-	0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8814	0	30	325	9169

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	8999
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.948	1.979	12154
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.913	5	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.615	24.637	386
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.216	15	1658
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.23	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.135	0.2	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	6624
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	4389
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	6247
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	465
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.215	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.208	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.826	1.5	5530
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.537	2	8995
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.647	3	3469
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.103	4.5	3158
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	253	-
R_work	0.302	4923	-
obs	-	-	99.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2756	1.0955	4.6008	1.8695	2.8277	9.5813	0.0445	0.5034	-0.4783	-0.1855	0.2483	0.0164	0.9412	0.4334	-0.2928	-0.0256	-0.0093	0.1398	0.1284	0.1131	0.1134	-1.229	26.86	23.773
2	1.88	-0.4737	-1.8643	2.3518	0.1082	4.083	-0.0891	0.1016	-0.3506	-0.054	-0.0812	0.2849	0.4406	-0.1354	0.1703	-0.237	0.022	0.0207	-0.0406	-0.0157	-0.2053	-3.739	36.088	11.555
3	2.3076	-0.0117	-0.4351	3.7016	-0.5356	2.3926	0.0868	0.0177	0.0633	-0.1886	-0.0919	0.5448	0.0145	-0.3272	0.0051	-0.2603	0.039	0.0172	0.0384	-0.0611	-0.2002	-7.086	45.057	-0.483
4	2.6647	-1.4991	-0.6907	3.3791	0.1483	1.5861	0.1341	0.262	0.2156	-0.4438	-0.0592	-0.177	-0.114	0.1637	-0.0748	-0.1847	0.0482	0.073	0.0351	0.009	-0.2549	2.884	49.625	-7.154
5	8.9472	-0.8111	-8.0558	2.4841	2.771	8.9809	2.0644	0.056	2.296	1.5461	-0.858	-1.0939	0.137	0.3061	-1.2064	0.618	0.0495	-0.0021	0.508	0.1703	0.4919	-11.931	57.868	48.554
6	1.5465	2.0259	1.8052	7.5999	1.2213	2.3716	0.0689	-0.5331	0.1798	0.8531	-0.26	-0.1807	-0.381	0.2319	0.191	-0.0683	0.0799	-0.1312	-0.0091	0.0198	-0.0337	-15.819	58.462	38.844
7	1.3345	-0.7083	0.0358	5.9971	-0.5504	2.7279	-0.0721	-0.1851	0.1453	0.4302	0.1099	-1.0939	-0.0767	0.5195	-0.0377	-0.2441	-0.0269	-0.0784	-0.0569	-0.0432	0.0024	-12.279	72.418	31.81
8	2.8367	-0.8789	-1.1997	2.2448	0.9823	4.7275	0.2447	0.108	0.3461	-0.2387	0.0113	-0.5184	-0.4562	0.257	-0.256	-0.2442	-0.0289	0.0337	-0.2215	0.0249	0.0007	-14.248	79.609	19.48
9	2.0496	-1.0608	0.9835	1.6754	0.6731	14.4563	0.0878	0.0057	-0.0565	0.385	-0.1173	0.0147	-0.1151	-0.3338	0.0296	0.024	-0.0207	-0.0162	0.1549	0.0397	0.1586	11.683	49.429	25.811
10	0.5508	-0.4029	1.7959	0.2948	-1.3138	5.8554	1.6267	-0.7567	-0.731	2.1341	-0.4046	-1.9894	0.5215	0.8814	-1.2222	0.3696	0.0534	0.1672	0.5004	-0.1078	0.5714	9.943	34.689	15.362
11	3.7014	-1.258	1.5746	1.1773	-1.4365	3.9554	-0.3497	-0.0701	0.3944	0.1979	0.1067	-0.1127	-0.3455	0.2554	0.2429	-0.2814	0.0464	0.0334	0.0086	0.0301	-0.0692	9.589	34.828	37.737
12	5.4182	-0.275	-1.9187	2.6713	0.5367	2.8215	-0.1368	-0.2957	-0.5352	0.3408	0.0677	-0.0241	0.4225	0.2646	0.069	-0.0439	0.1992	0.1047	-0.0646	0.1258	-0.0726	6.983	19.828	50.383
13	8.0544	-6.373	-1.9632	9.4672	2.3399	0.7524	-0.115	-0.2176	-0.4276	-0.3412	-0.1172	0.9154	-0.222	-0.7316	0.2323	-0.0036	-0.061	0.0181	0.1528	0.1065	-0.0296	33.31	49.475	37.395
14	4.854	0.124	0.5522	2.3317	-0.2531	3.0114	-0.1093	-0.3887	0.1808	0.2796	0.1023	0.3606	-0.1542	-0.6144	0.0071	-0.2941	-0.0199	-0.0531	0.1658	0.0696	-0.1038	32.932	62.112	34.449
15	2.5904	0.3037	0.0612	2.7867	-0.5075	3.6167	-0.1113	-0.2858	0.1278	-0.0962	0.1377	0.2383	0.0325	-0.2075	-0.0263	-0.275	-0.0093	-0.1315	0.0645	0.1294	-0.0676	27.947	65.667	18.354
16	3.6483	1.0718	-0.6985	1.9572	-0.6629	2.362	-0.1251	-0.0081	0.3415	-0.0817	0.0781	0.3732	-0.3008	-0.3462	0.0471	-0.1255	0.0282	-0.2112	0.0001	0.1123	-0.0874	29.217	75.321	9.08

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	46 - 65
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	66 - 154
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	155 - 241
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	242 - 333
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	49 - 57
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	58 - 93
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	94 - 183
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	184 - 332
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	48 - 56
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	57 - 62
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	63 - 205
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	206 - 333
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	43 - 65
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	66 - 129
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	130 - 220
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	221 - 333

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)