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- PDB-3enj: Structure of Pig Heart Citrate Synthase at 1.78 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3enj
タイトルStructure of Pig Heart Citrate Synthase at 1.78 A resolution
要素Citrate synthase
キーワードLYASE / TRANSFERASE / disulfide exchange / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for High-Throughput Structural Biology / CHTSB / Methylation / Mitochondrion / Transit peptide / Tricarboxylic acid cycle
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / citrate (Si)-synthase / citrate synthase activity / Citric acid cycle (TCA cycle) / : / citrate metabolic process / Mitochondrial protein degradation / tricarboxylic acid cycle / carbohydrate metabolic process / mitochondrial matrix / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Citrate synthase, eukaryotic-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain ...Citrate synthase, eukaryotic-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYSTEINE / Citrate synthase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIRECT PLACEMENT IN SAME UNIT CELL / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Larson, S.B. / Day, J.S. / Nguyen, C. / Cudney, R. / McPherson, A. / Center for High-Throughput Structural Biology (CHTSB)
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Structure of pig heart citrate synthase at 1.78 A resolution.
著者: Larson, S.B. / Day, J.S. / Nguyen, C. / Cudney, R. / McPherson, A.
#1: ジャーナル: CRYST.GROWTH DES. / 年: 2008
タイトル: Progress in the Development of an Alternative Approach to Macromolecular Crystallization
著者: Larson, S.B. / Day, J.S. / Nguyen, C. / Cudney, R. / McPherson, A.
履歴
登録2008年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2304
ポリマ－48,9771
非ポリマー2533
水5,386299
1
A: Citrate synthase
ヘテロ分子

A: Citrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,4598
ポリマ－97,9542
非ポリマー5056
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area9450 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area32420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.340, 76.340, 198.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細THE SECOND PART OF THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS GENERATED BY THE TWO FOLD AXIS: 1-Y, -X, 1/2-Z

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要素

#1: タンパク質 Citrate synthase


分子量: 48977.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00889, citrate (Si)-synthase
#2: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.27 %
結晶化温度: 295 K / pH: 8.2
詳細: 25% PEG 3350 in H2O in the presence of cystamine HCl, aspartame, benzamidine HCl and Tris-HCl buffer, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97839
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97839 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→41.56 Å / Num. obs: 56320 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.35 % / Biso Wilson estimate: 32.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 1.72→1.78 Å / 冗長度: 6.07 % / Rmerge(I) obs: 0.646 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0069精密化
CNS1.2精密化
ADSCQuantumデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: DIRECT PLACEMENT IN SAME UNIT CELL
開始モデル: PDB ENTRY 1CTS

1cts


解像度: 1.78→41.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 8.413 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS FOR ALL NON-WATER MOLECULES HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITION AND ADJUSTED TO AVOID STERIC PROBLEMS. OCCUPANCIES FOR HYDROGENS WERE SET TO THE OCCUPANCY OF THE ATOM TO WHICH ...詳細: HYDROGENS FOR ALL NON-WATER MOLECULES HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITION AND ADJUSTED TO AVOID STERIC PROBLEMS. OCCUPANCIES FOR HYDROGENS WERE SET TO THE OCCUPANCY OF THE ATOM TO WHICH THE HYDROGEN WAS ATTACHED. THE CYSTEAMINE (CYS A 500) COVALENTLY ATTACHED BY A DISULFIDE BOND TO CYSTEINE 184 WAS MODELED AS A CYSTEINE WITH ATOMS C AND O MISSING (SEE REMARK 610). COMMENT ON REMARK 500 BAD TORSION ANGLES. SIDE CHAIN DENSITY IS WEAK AND SIDE CHAIN MAY BE DISORDERED FOR ASP A 295. DENSITY FOR THE LOOP CONTAINING LYS A 366 IS NOT HIGHLY RESOLVED. ARG A 421 IS DISORDERED. ALL OTHERS IN THIS LIST ARE IN WELL-DEFINED DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 2627 5.1 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.181 49141 90.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.21 Å20 Å20 Å2
2--2.21 Å20 Å2
3----4.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→41.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7100 0 6 305 7411
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223639
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023565
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4951.9634957
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7813.0018116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1865462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.56723.889162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.65315634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2611522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02850
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.0320.3803
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.080.33518
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.0060.51767
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other00.52038
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.5325
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0690.5176
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1690.313
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.290.3115
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2090.534
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.1530.514
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.91632224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4583906
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.61983598
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.35761415
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.705101349
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.83 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.445 172 -
Rwork0.386 3128 -
obs--79.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6673-0.0139-0.82650.6674-0.92892.60190.132-0.0320.33660.23630.12240.1117-1.0439-0.4966-0.25450.31880.29190.1075-0.02420.06120.069652.59334.95252.981
20.19670.0298-0.05540.6852-0.4583.21480.10960.08880.0333-0.02190.0099-0.0614-0.5670.0558-0.11940.00810.02980.0293-0.08090.00740.024668.97825.04135.044
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 54
2X-RAY DIFFRACTION1A411 - 437
3X-RAY DIFFRACTION2A55 - 410
4X-RAY DIFFRACTION2A500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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