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- PDB-3ene: Complex of PI3K gamma with an inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ene
タイトルComplex of PI3K gamma with an inhibitor
要素Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
キーワードTRANSFERASE / lipid kinase / phosphoinositide / inhibitor / 3-kinase / signaling / pyrazolopyrimidine / PIK-208 / S2 / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cardiac muscle contraction / negative regulation of triglyceride catabolic process / secretory granule localization / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / T cell chemotaxis / negative regulation of fibroblast apoptotic process ...negative regulation of cardiac muscle contraction / negative regulation of triglyceride catabolic process / secretory granule localization / natural killer cell chemotaxis / neutrophil extravasation / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / positive regulation of acute inflammatory response / respiratory burst involved in defense response / T cell chemotaxis / negative regulation of fibroblast apoptotic process / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / regulation of calcium ion transmembrane transport / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / Co-stimulation by ICOS / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / dendritic cell chemotaxis / phosphatidylinositol 3-kinase / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / mast cell degranulation / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / hepatocyte apoptotic process / phosphatidylinositol-mediated signaling / regulation of cell adhesion mediated by integrin / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / positive regulation of Rac protein signal transduction / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / regulation of angiogenesis / positive regulation of MAP kinase activity / T cell proliferation / GPVI-mediated activation cascade / ephrin receptor binding / cellular response to cAMP / neutrophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell migration / T cell activation / positive regulation of cytokine production / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H3S10 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / platelet aggregation / endocytosis / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / angiogenesis / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / adaptive immune response / non-specific serine/threonine protein kinase / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein kinase activity / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / innate immune response / protein serine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain ...PIK3 catalytic subunit gamma, adaptor-binding domain / PIK3 catalytic subunit gamma adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 4 / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, Domain 5 / Phosphatidylinositol 3-kinase, accessory domain (PIK) / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / C2 domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin-like (UB roll) / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NPZ / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Apsel, B. / Blair, J.A. / Gonzalez, B.Z. / Nazif, T.M. / Feldman, M.E. / Williams, R.L. / Shokat, K.M. / Knight, Z.A.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2008
タイトル: Targeted polypharmacology: discovery of dual inhibitors of tyrosine and phosphoinositide kinases
著者: Apsel, B. / Blair, J.A. / Gonzalez, B. / Nazif, T.M. / Feldman, M.E. / Aizenstein, B. / Hoffman, R. / Williams, R.L. / Shokat, K.M. / Knight, Z.A.
履歴
登録2008年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,0712
ポリマ－109,7961
非ポリマー2751
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.302, 68.244, 106.069
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.190, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma isoform / PI3-kinase p110 subunit gamma / PtdIns-3-kinase subunit p110 / PI3Kgamma / PI3K / p120-PI3K


分子量: 109796.062 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 144-1102 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CG / プラスミド: pvl1393
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9
参照: UniProt: P48736, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
#2: 化合物 ChemComp-NPZ / 1-methyl-3-naphthalen-2-yl-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine / 1-メチル-3-(2-ナフチル)-1H-ピラゾロ[3,4-d]ピリミジン-4-アミン


分子量: 275.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H13N5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF CDC42 IS BASED ON REFERENCE 1 AND 3 IN THE DATABASE, PK3CG_HUMAN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.07 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 17% PEG 4000, 0.25M ammonium sulphate, 0.1M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月5日 / 詳細: Torroidal Mirror
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→62.14 Å / Num. all: 40149 / Num. obs: 40149 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 51.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALACCP4_3.2.5データスケーリング
REFMAC5.1.24精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1e8z

1e8z


解像度: 2.4→57.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 9.817 / SU ML: 0.227 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.441 / ESU R Free: 0.285 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 1636 4.1 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.229 40148 99.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.67 Å2 / Biso mean: 26.414 Å2 / Biso min: 15.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å20 Å21.44 Å2
2--2.86 Å20 Å2
3----2.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→57.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6845 0 21 38 6904
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0217018
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.026421
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5011.9559495
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.892314961
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0235835
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21063
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027631
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021407
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.21595
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2240.27327
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.24307
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1970.2122
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.280.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2190.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0980.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5121.54207
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.93926825
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.58232811
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5864.52670
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.343 114
Rwork0.291 2838
all-2952
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7408-0.6099-0.6032.21220.14083.401-0.0167-0.6154-0.42690.26780.135-0.3150.21570.1789-0.11830.036-0.0239-0.07310.04470.04520.166533.884-15.81334.285
23.32831.49590.56743.4136-1.36866.3862-0.04010.2919-0.3438-0.4775-0.1104-0.8701-0.03051.2510.15050.174-0.03990.2020.4261-0.1770.590558.762-10.88614.158
35.03120.07140.73721.83241.28276.85330.0261-0.48930.07390.0564-0.1060.3403-0.3675-1.02880.07990.08450.05030.06220.43460.09040.07565.177-6.69938.061
47.81480.67261.09040.3151-0.20793.621-0.01260.3936-0.214-0.1760.1105-0.08030.0062-0.2578-0.09790.1762-0.0582-0.03980.07-0.03870.086713.972-11.01111.456
55.02680.27471.88052.9849-0.66793.82990.0561-1.02420.16920.4650.0154-0.3574-0.3620.1539-0.07140.2602-0.1401-0.00510.2668-0.10980.243246.8615.4735.778
62.94851.33750.58033.67520.30842.5056-0.11030.15860.6525-0.31220.09540.1499-0.49240.04150.01490.3644-0.04390.05320.00890.01960.196837.56618.78116.97
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A144 - 193
2X-RAY DIFFRACTION1A313 - 320
3X-RAY DIFFRACTION1A655 - 735
4X-RAY DIFFRACTION2A194 - 312
5X-RAY DIFFRACTION3A357 - 548
6X-RAY DIFFRACTION4A554 - 650
7X-RAY DIFFRACTION5A736 - 884
8X-RAY DIFFRACTION6A885 - 1092

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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