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- PDB-3en3: Crystal Structure of the GluR4 Ligand-Binding domain in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3en3
タイトルCrystal Structure of the GluR4 Ligand-Binding domain in complex with kainate
要素Glutamate receptor 4,Glutamate receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GluR4 / AMPA receptor / ligand-gated ion channel / ligand-binding domain / Kainate / Cell junction / Cell membrane / Glycoprotein / Ion transport / Ionic channel / Lipoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


kainate selective glutamate receptor complex / Trafficking of AMPA receptors / regulation of synapse structure or activity / Synaptic adhesion-like molecules / Activation of AMPA receptors / AMPA glutamate receptor activity / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / AMPA glutamate receptor complex / ionotropic glutamate receptor complex ...kainate selective glutamate receptor complex / Trafficking of AMPA receptors / regulation of synapse structure or activity / Synaptic adhesion-like molecules / Activation of AMPA receptors / AMPA glutamate receptor activity / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / AMPA glutamate receptor complex / ionotropic glutamate receptor complex / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / response to fungicide / glutamate-gated receptor activity / presynaptic active zone membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / modulation of chemical synaptic transmission / postsynaptic density membrane / terminal bouton / chemical synaptic transmission / dendritic spine / postsynaptic density / neuronal cell body / synapse / dendrite / glutamatergic synapse / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region ...Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE / Glutamate receptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Gill, A. / Madden, D.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Correlating AMPA receptor activation and cleft closure across subunits: crystal structures of the GluR4 ligand-binding domain in complex with full and partial agonists
著者: Gill, A. / Birdsey-Benson, A. / Jones, B.L. / Henderson, L.P. / Madden, D.R.
履歴
登録2008年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22014年4月2日Group: Source and taxonomy
改定 1.32017年7月26日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42024年11月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor 4,Glutamate receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9502
ポリマ－28,7371
非ポリマー2131
水1,74797
1
A: Glutamate receptor 4,Glutamate receptor
ヘテロ分子

A: Glutamate receptor 4,Glutamate receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9014
ポリマ－57,4742
非ポリマー4262
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.906, 48.749, 47.766
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Glutamate receptor 4,Glutamate receptor / GluR-4 / GluR4 / GluR-D / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 4 / AMPA-selective glutamate receptor 4


分子量: 28737.195 Da / 分子数: 1
断片: ligand binding domain (UNP residues 416-528 and 654-958)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 株: Sprague-Dawley / 遺伝子: Glur4,Glutamate receptor / プラスミド: pET16-b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XJb(DE3) / 参照: UniProt: P19493
#2: 化合物 ChemComp-KAI / 3-(CARBOXYMETHYL)-4-ISOPROPENYLPROLINE / KAINATE / カイニン酸


分子量: 213.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15NO4 / コメント: 神経伝達物質, アゴニスト*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 25.5% PEG 1500, 0.05M Na-Acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月1日
放射モノクロメーター: Focusing mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→11.95 Å / Num. all: 10516 / Num. obs: 10025 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.43→2.49 Å / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.43→11.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 15.988 / SU ML: 0.187 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.557 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 502 5 %RANDOM
Rwork0.156 ---
all0.159 10516 --
obs0.159 10025 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.65 Å2 / Biso mean: 43.628 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20.08 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→11.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2014 0 15 97 2126
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222058
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1731.9792774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1495256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.02324.05179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.08815380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5471510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2309
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021498
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.2834
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.21437
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1350.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0440.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3961.51313
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.69722059
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0543860
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7964.5715
LS精密化 シェル解像度: 2.43→2.491 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 35 -
Rwork0.199 652 -
all-687 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9532-0.77970.5454.13630.26943.8863-0.1351-0.51-0.06850.51870.1806-0.42110.05240.0678-0.0456-0.20350.044-0.0177-0.21550.0058-0.290910.7615.78510.901
26.21272.86590.40597.05912.07395.6564-0.31660.36550.0487-0.44290.4737-0.6613-0.38420.3855-0.157-0.1948-0.03690.0162-0.1547-0.04-0.151618.12233.582-3.72
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 103
2X-RAY DIFFRACTION1A215 - 257
3X-RAY DIFFRACTION2A104 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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