PDB-3en0: The Structure of Cyanophycinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3en0

タイトル

The Structure of Cyanophycinase

要素

Cyanophycinase

キーワード

HYDROLASE / serine protease / beta peptide specific / Protease

機能・相同性

機能・相同性情報

cyanophycinase / serine-type peptidase activity / protein homodimerization activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Kimber, M.S. / Law, A.M. / Lai, S.W.S. / Tavares, J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The structural basis of beta-peptide-specific cleavage by the serine protease cyanophycinase.
著者: Law, A.M. / Lai, S.W. / Tavares, J. / Kimber, M.S.

履歴

登録	2008年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3en0.ent.gz	153.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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関連構造データ

関連構造データ	1fy2 1fye
類似構造データ	1sat-d 6rnk-d 5g6s-1 3hbu-d 4v2k-1 6eoh-d 5ocm-3 5ocm-2 1go7-d 1af0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cyanophycinase

B: Cyanophycinase

C: Cyanophycinase

ヘテロ分子

95.1 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Cyanophycinase

B: Cyanophycinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.4 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Cyanophycinase

ヘテロ分子

C: Cyanophycinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.847, 133.008, 164.306
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Cyanophycinase 分子量: 31595.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: cphB, slr2001 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P73832, cyanophycinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 787 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 12 mg/ml protein, 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, 12% v/v dioxane, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月18日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 132508 / Num. obs: 130519 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / R_merge(I) obs: 0.463 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 2.02 / SU ML: 0.039 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17914	6478	5 %	RANDOM
R_work	0.15622	-	-	-
obs	0.15737	123190	97.92 %	-
all	-	132508	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.625 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6023	0	15	787	6825

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	6416
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4425
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.37	1.958	8685
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.931	3	10773
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.396	5	795
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.481	23.013	302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.039	15	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.082	15	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7092
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.2	4958
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	3095
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	3530
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	575
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.224	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.244	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.141	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.975	1.5	5198
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.194	1.5	1651
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.147	2	6445
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.948	3	2670
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.855	4.5	2240
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	455	-
R_work	0.207	9026	-
obs	-	-	97.73 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2089	-0.1129	0.1205	4.9331	2.2658	2.3821	-0.1155	0.2597	0.1374	-0.324	0.0599	0.1282	-0.219	-0.0052	0.0556	-0.0254	-0.0243	-0.0498	0.0178	0.0211	-0.0396	-14.852	42.946	-22.6
2	3.6457	0.2474	-0.4873	6.5781	4.8339	8.3207	-0.0482	0.3723	0.3413	-0.7039	0.1139	-0.1594	-0.8606	0.4042	-0.0657	0.067	-0.0962	-0.0187	0.0539	0.0699	-0.0707	-10.166	47.34	-28.132
3	7.4339	-0.1211	0.645	1.9289	0.5043	4.1129	-0.0659	0.5902	0.012	-0.469	0.0725	-0.0501	-0.2783	0.3139	-0.0066	0.0282	-0.0666	-0.0357	0.0333	0.0086	-0.152	-15.342	39.787	-34.73
4	10.168	3.2053	-2.157	5.1033	-3.2367	9.1821	-0.0126	0.5251	0.9849	-0.0777	0.0959	1.0637	-1.0667	-0.9489	-0.0833	0.0635	0.1176	-0.1749	0.0367	0.039	0.0742	-30.177	49.714	-26.87
5	9.2523	-0.6973	-3.0432	4.7515	0.8999	11.2116	-0.037	0.7293	0.266	-0.8189	-0.0834	-0.0889	-0.6651	-0.0166	0.1205	0.1218	-0.0632	-0.1179	-0.0245	0.1195	-0.13	-17.174	48.849	-34.305
6	6.1357	-0.8273	1.3174	0.2764	-0.8856	3.3223	0.056	0.5363	0.0543	-0.3997	-0.1141	0.4629	-0.4785	-0.4804	0.0581	0.0726	0.0203	-0.0764	0.0213	-0.0542	0.0862	-31.792	41.22	-32.595
7	4.3589	2.2304	0.5426	2.7687	-0.2701	4.7472	-0.1991	0.8946	0.0394	-0.4012	0.2761	0.1376	0.1534	-0.0677	-0.077	0.0372	-0.0413	-0.1246	0.0892	-0.0084	-0.0504	-29.903	34.035	-37.486
8	2.9241	-0.188	-1.2662	1.0871	0.9416	3.8365	-0.0378	0.1031	0.1027	-0.1922	-0.0942	0.2043	-0.1622	-0.2051	0.1321	-0.0357	-0.011	-0.0753	0.003	0.0013	-0.0414	-24.166	40.954	-24.762
9	2.4276	-0.2661	0.7875	4.0749	5.3759	7.63	0.0006	-0.0785	0.1297	-0.2633	-0.1104	0.304	0.0675	-0.5436	0.1098	-0.0461	-0.0482	-0.0624	0.0913	-0.022	-0.0016	-32.582	35.628	-24.669
10	6.7657	-0.374	1.4391	2.9916	1.0974	3.9709	0.0545	0.134	-0.3332	-0.1839	-0.0159	0.125	0.342	-0.1129	-0.0386	0.0143	-0.0371	-0.0543	-0.0079	-0.043	-0.038	-21.86	27.848	-30.073
11	1.6206	0.1669	-0.9481	0.272	-0.9972	3.7308	-0.0972	0.061	0.0239	-0.1657	-0.0073	0.2994	0.0519	-0.2133	0.1045	-0.0339	-0.0299	-0.0549	0.0248	-0.0094	-0.0159	-20.873	39.045	-21.167
12	0.6811	-0.499	-0.4205	1.2418	1.4743	4.1191	-0.0123	0.022	-0.0174	-0.0866	-0.1799	0.2608	-0.0723	-0.495	0.1922	-0.0928	-0.0375	-0.0135	0.0393	-0.0023	0.0065	-25.842	38.51	-7.178
13	1.4832	1.0496	1.9196	1.6603	2.1572	6.931	0.0961	0.0766	-0.1501	0.0072	0.0528	0.0201	0.0185	-0.382	-0.149	-0.0788	-0.0485	-0.0073	0.0539	-0.0004	0.0045	-27.452	37.451	-0.976
14	0.4655	0.149	0.6641	1.2396	-0.1872	3.028	0.0231	0.0757	0.0157	-0.2049	-0.0477	0.0768	0.202	-0.2375	0.0246	-0.0562	-0.0413	-0.0166	0.0258	-0.017	0.0084	-20.663	34.416	-14.969
15	2.0685	1.503	-0.3098	2.9882	0.3926	2.7918	0.0453	0.0316	-0.0205	0.0261	-0.047	0.1467	-0.144	-0.1077	0.0016	-0.06	-0.0095	-0.0088	0.0002	-0.0033	-0.0039	-19.275	43.882	-5.171
16	0.2315	0.3885	0.7435	5.7642	0.8599	2.4175	-0.0024	0.1183	0.0604	0.002	-0.0927	0.2757	0.403	-0.3006	0.0951	-0.0254	-0.0701	-0.014	0.0148	-0.0061	0.0174	-19.79	30.42	-5.584
17	1.7835	0.2012	0.674	3.2714	1.5673	2.6973	-0.0016	0.2021	-0.0536	-0.1705	0.015	0.0397	0.0344	0.0749	-0.0133	-0.0404	-0.0183	-0.0189	0.0122	0.0047	-0.0344	-11.489	37.414	-19.083
18	1.4779	0.797	0.1099	3.414	-0.0329	2.614	-0.0098	0.1243	0.0249	-0.2491	0.1248	-0.0508	-0.0527	0.1474	-0.115	-0.0526	-0.0201	-0.0244	0.0116	0.0146	-0.0172	-7.601	39.69	-15.877
19	2.1277	0.4452	-1.5719	1.6501	-0.3478	2.6313	-0.1827	0.2008	-0.0059	-0.0615	0.1028	0.0908	0.4564	-0.2856	0.0798	-0.0185	-0.0529	-0.0156	-0.036	0.0113	-0.0025	-15.575	28.266	0.353
20	7.0736	-1.0661	-0.6702	2.6359	-1.0933	2.1028	-0.0248	-0.0977	-0.2908	0.014	0.1179	0.3154	0.0933	-0.2126	-0.0931	-0.0421	-0.0676	-0.0044	-0.0064	0.0112	0.0044	-24.723	32.994	7.805
21	1.0938	1.3817	-1.8155	2.8169	-3.0015	5.5386	0.0559	0.0799	0.0136	-0.0103	0.0151	0.0166	0.09	0.0363	-0.071	-0.0521	-0.0126	-0.0223	-0.0009	0.0098	-0.0132	-6.089	35.978	-7.227
22	20.0679	14.0655	3.0143	15.7698	2.9616	3.0695	-0.1964	0.538	-0.963	0.0583	0.4624	-0.7357	0.6655	0.2926	-0.266	-0.0219	0.0527	-0.0123	-0.0212	-0.0248	-0.0288	-3.157	29.999	-12.184
23	3.4882	-0.9493	1.499	1.5052	-0.3638	2.1916	-0.0286	-0.098	0.0268	0.1285	-0.0418	0.1362	-0.1234	-0.1469	0.0705	-0.0028	-0.0375	0.0155	-0.019	-0.0144	-0.0425	-16.031	46.538	22.242
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1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	19 - 30
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	31 - 42
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	43 - 54
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	55 - 66
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	67 - 78
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	79 - 90
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	91 - 102
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	103 - 114
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	115 - 126
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	127 - 138
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	139 - 150
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	151 - 162
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	163 - 174
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16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	187 - 198
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	199 - 210
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	211 - 222
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	223 - 234
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	235 - 246
21	X-RAY DIFFRACTION	21	A	247 - 258
22	X-RAY DIFFRACTION	22	A	259 - 269
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	7 - 18
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	19 - 30
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28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	67 - 78
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	79 - 90
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	91 - 102
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	103 - 114
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	115 - 126
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	127 - 138
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66	X-RAY DIFFRACTION	66	C	259 - 269

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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