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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3emr | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of the ectoine hydroxylase ECTD from Salibacillus salexigens | ||||||
![]() | EctD | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / double stranded beta helix | ||||||
機能・相同性 | ![]() ectoine hydroxylase / ectoine catabolic process / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / iron ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Reuter, K. / Heine, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Synthesis of 5-hydroxyectoine from ectoine: crystal structure of the non-heme iron(II) and 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase EctD 著者: Reuter, K. / Pittelkow, M. / Bursy, J. / Heine, A. / Craan, T. / Bremer, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 72.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 57.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 452.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 454.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | ECTD HAS CLEARLY BEEN SHOWN BY SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY TO BE A MONOMER IN SOLUTION (BURSY ET AL. 2007, J. BIOL. CHEM. 282, PP31147-31155), AGAINST PISA'S SUGGESTION, A HOMODIMER. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35980.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cell 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM-11483 / 遺伝子: ectD / プラスミド: pASK-IBA3 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q2TDY4, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q2TDY4, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.9 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 1.0M ammonium sulfate, 0.1M sodium fluoride, 2mM TCEP, 0.1M sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 43040 / Num. obs: 43040 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.6 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 34.1 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 13.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / Num. unique all: 2095 / Rsym value: 0.437 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56 ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
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Refine analyze | Num. disordered residues: 6 / Occupancy sum hydrogen: 2071 / Occupancy sum non hydrogen: 2421.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→10 Å
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拘束条件 |
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