PDB-3emn: The Crystal Structure of Mouse VDAC1 at 2.3 A resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3emn

タイトル

The Crystal Structure of Mouse VDAC1 at 2.3 A resolution

要素

Voltage-dependent anion-selective channel protein 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / VDAC1 / Eukaryotic Membrane Protein / Beta Barrel / Channel / Apoptosis / Ion transport / Mitochondrion / Outer membrane / Phosphoprotein / Porin / Transmembrane / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

Pyruvate metabolism / negative regulation of calcium import into the mitochondrion / positive regulation of type 2 mitophagy / voltage-gated monoatomic anion channel activity / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / neuron-neuron synaptic transmission / acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / calcium import into the mitochondrion / ceramide binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Ujwal, R. / Cascio, D. / Colletier, J.-P. / Faham, S. / Zhang, J. / Toro, L. / Ping, P. / Abramson, J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: The crystal structure of mouse VDAC1 at 2.3 A resolution reveals mechanistic insights into metabolite gating
著者: Ujwal, R. / Cascio, D. / Colletier, J.P. / Faham, S. / Zhang, J. / Toro, L. / Ping, P. / Abramson, J.

履歴

登録	2008年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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CIF形式データ	3emn_validation.cif.gz	17.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/3emn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/3emn	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	7kuh-d 4bum-d 2jk4-d 2k4t-d 4c69-d 3t0s-d 6tiq-d 4foz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

X: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1

ヘテロ分子

32.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

X: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1

ヘテロ分子

X: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
65.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.230, 58.390, 66.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.250, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Voltage-dependent anion-selective channel protein 1 / VDAC-1 / mVDAC1 / mVDAC5 / Outer mitochondrial membrane protein porin 1 / Plasmalemmal porin 分子量: 32195.945 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 14-296 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Vdac1, Vdac5 / プラスミド: pQE9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q60932
#2: 化合物	ChemComp-MC3 / 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE 分子量: 677.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₇₂NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 18% MPD, 0.1 M Tris-HCl, 10% PEG400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	298	1
2	298	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	24-ID-E	1	0.9792
シンクロトロン	ALS	5.0.2	2	1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2008年6月23日	Mirror
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2008年8月30日	Mirror

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Cryogenically-cooled single crystal Si(111) side bounce monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	double-crystal monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9792	1
2	1	1

Reflection

冗長度: 2.8 % / 数: 44352 / R_merge(I) obs: 0.088 / Χ²: 1.9 / D res high: 2.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 16051 / % possible obs: 98.8

Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.24	50	178	98.7	0.057	3.136	2.8
4.96	6.24	754	99.9	0.087	3.294	2.9
4.33	4.96	2237	99.9	0.075	3.092	2.9
3.94	4.33	1542	99.9	0.081	2.091	2.9
3.65	3.94	908	100	0.097	1.672	2.9
3.44	3.65	1163	99.9	0.109	1.394	2.9
3.27	3.44	1480	100	0.142	1.087	2.9
3.12	3.27	2014	100	0.207	0.931	2.8
3	3.12	1223	99.9	0.284	0.795	2.7
2.9	3	1440	89.5	0.247	0.751	1.9

反射

解像度: 2.3→19.51 Å / Num. obs: 16629 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 48.726 Å² / R_merge(I) obs: 0.029

反射シェル

解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. measured obs: 6493 / Num. unique all: 2010 / Num. unique obs: 2010 / % possible all: 98.7

-
位相決定

位相決定

手法:

単一同系置換・異常分散

Phasing MAD

D res high: 3 Å / D res low: 66.23 Å / FOM : 0.418 / FOM acentric: 0.396 / FOM centric: 0.706 / 反射: 7794 / Reflection acentric: 7242 / Reflection centric: 552

Phasing MAD set

R cullis acentric: 0.75 / R cullis centric: 0.68 / 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 66.23 Å / Loc acentric: 39.9 / Loc centric: 57.1 / Power acentric: 1.96 / Power centric: 1.61 / Reflection acentric: 7242 / Reflection centric: 552

Phasing MAD set shell

ID: 1

解像度 (Å)	R cullis acentric	R cullis centric	Loc acentric	Loc centric	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
18.22-66.23	0.71	0.56	84.9	145.5	2.05	1.45	16	6
10.56-18.22	0.58	0.49	62.1	76	2.85	2.3	122	26
7.44-10.56	0.62	0.68	45.7	69.6	3.38	2.19	291	44
5.74-7.44	0.6	0.71	41.5	58.1	3.23	2.28	560	67
4.67-5.74	0.77	0.6	54.6	63.5	1.98	1.68	878	79
3.94-4.67	0.8	0.74	53.6	68.1	1.59	1.29	1269	93
3.41-3.94	0.78	0.76	38.3	51.6	1.66	1.24	1782	110
3-3.41	0.8	0.72	25.4	36.7	1.78	1.24	2324	127

Phasing MAD set site

Atom type symbol: Hg / B iso: 53.669 / Fract x: 0.288 / Fract y: 0.583 / Fract z: 0.168 / Occupancy: 1

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
18.22-66.23	0.557	0.436	0.881	22	16	6
10.56-18.22	0.586	0.556	0.725	148	122	26
7.44-10.56	0.612	0.589	0.758	335	291	44
5.74-7.44	0.555	0.529	0.778	627	560	67
4.67-5.74	0.454	0.433	0.689	957	878	79
3.94-4.67	0.408	0.391	0.637	1362	1269	93
3.41-3.94	0.394	0.376	0.692	1892	1782	110
3-3.41	0.355	0.335	0.711	2451	2324	127

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 7802

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
7.5-100	46.4	0.837	503
5.95-7.5	51.5	0.847	505
5.21-5.95	52.4	0.812	504
4.74-5.21	57.3	0.831	501
4.39-4.74	59	0.825	506
4.12-4.39	62.7	0.697	516
3.91-4.12	71	0.592	506
3.74-3.91	65.5	0.665	506
3.59-3.74	67.3	0.628	502
3.47-3.59	74.3	0.652	509
3.36-3.47	77.9	0.638	510
3.26-3.36	75.9	0.607	501
3.18-3.26	79.1	0.584	501
3.1-3.18	75.3	0.542	503
2.95-3.1	81.6	0.473	729

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	6	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3→19.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / WR_factor R_free: 0.298 / WR_factor R_work: 0.266 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.771 / SU B: 15.381 / SU ML: 0.192 / SU R Cruickshank DPI: 0.368 / SU R_free: 0.275 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.33 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.277	843	5.1 %	RANDOM
R_work	0.242	-	-	-
obs	0.244	16629	97.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 77.81 Å² / B_iso mean: 48.473 Å² / B_iso min: 21.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.57 Å²	0 Å²	0.13 Å²
2-	-	0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.5 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.247 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2167	0	22	47	2236

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2246
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.768	1.956	3034
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.715	5	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.643	25.155	97
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.451	15	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	27.622	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.831	1.5	1395
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.583	2	2228
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.259	3	851
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.812	4.5	806

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	59	-
R_work	0.294	1175	-
all	-	1234	-
obs	-	-	98.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2293	-0.8304	0.6658	6.378	-1.2568	2.3285	0.0242	-0.1986	0.134	-0.4929	0.226	0.4903	0.4579	-0.009	-0.2502	-0.1239	0.0338	0.0102	-0.1277	-0.0163	-0.1225	12.1006	31.7724	26.2802
2	0.4643	-0.5205	-0.1324	4.0758	3.1959	2.6971	0.1903	0.3783	-0.0923	-0.206	0.1193	-0.2825	0.332	-0.3185	-0.3096	-0.0328	-0.0721	0.0054	0.0621	0.0437	-0.0795	9.9374	41.9467	8.2219
3	0.0932	0.4514	-0.5165	3.9356	-0.7538	4.6104	0.2695	0.0972	-0.6185	0.9895	-0.2365	-0.1775	-0.6241	-0.5615	-0.033	0.0413	0.0483	-0.0252	0.2264	0.0872	0.1163	-4.6844	27.4928	10.2289
4	5.8533	5.1244	-2.2044	4.9168	-1.4349	1.8885	0.0415	-0.0331	0.0622	-0.0037	-0.0126	0.0371	-0.1316	0.0468	-0.0289	-0.0215	0.0378	-0.0138	0.0302	0.025	0.0173	7.4602	33.9177	1.4436
5	3.6209	4.7125	-3.8517	6.1921	-4.7225	5.5248	0.0123	-0.0545	-0.0159	-0.069	-0.0295	-0.0235	0.068	-0.0796	0.0172	-0.0302	0.0422	0.0006	0.0436	0.0084	0.0457	1.8159	22.1137	7.3764
6	0.6438	0.8068	-1.9225	2.4945	-2.4526	6.0113	0.0494	0.0708	-0.0378	-0.1563	0.005	-0.0405	0.0399	0.0491	-0.0544	-0.0324	0.0277	-0.0027	0.0452	-0.0065	0.018	6.3848	17.8273	6.5715
7	2.9258	-0.0685	0.1848	1.4648	1.5275	3.8509	-0.039	-0.0871	-0.0816	0.0818	0.0113	0.0462	0.065	-0.1437	0.0277	-0.0071	-0.0088	-0.0064	0.0218	-0.0037	-0.0017	2.4739	11.2843	24.0777
8	0.7607	0.57	-1.7707	1.145	-1.3994	5.9989	-0.0286	0.1964	-0.0478	-0.1518	-0.0619	-0.1327	-0.0073	-0.0895	0.0905	0.007	0.0233	-0.0196	0.0426	0.0202	0.0355	13.092	14.774	9.6858
9	2.3197	-0.3614	-0.6635	2.2432	1.1479	1.1905	-0.0442	0.2227	-0.0465	-0.0943	0.1527	-0.0463	-0.0288	0.079	-0.1085	-0.0476	0.0259	-0.0204	-0.1336	0.067	-0.1056	16.9617	18.9641	25.9752
10	5.5153	-2.0849	0.941	6.9477	4.1114	3.4002	-0.0076	0.3497	-0.5852	-0.0658	-0.0275	-0.314	-0.1099	0.3464	0.0351	0.0164	0.0084	0.0258	-0.0051	0.0232	0.0371	31.0091	15.678	18.8913
11	7.1483	-4.4898	-3.6014	5.8831	1.202	3.2553	0.0276	0.1932	-0.1249	0.1573	-0.0731	0.0126	0.0735	-0.1029	0.0455	-0.0942	-0.0234	-0.0626	-0.1052	-0.0265	-0.1479	20.2821	31.9794	30.1336
12	5.3798	-2.0237	0.8241	2.7223	-0.1163	1.0349	-0.0117	-0.2859	0.0812	0.0361	0.0857	0.0712	-0.1445	-0.1586	-0.074	-0.0177	-0.0192	0.001	-0.0813	-0.0137	-0.096	12.0384	42.3916	28.8188
13	5.9746	-1.7104	0.6907	2.4892	0.1132	1.7536	0.099	0.3623	-0.2937	-0.1184	0.0239	-0.2487	-0.2848	0.0384	-0.1229	-0.0518	-0.0223	0.0495	-0.1414	-0.0298	-0.1659	23.8274	43.2034	25.7937
14	4.0185	0.0367	1.1939	0.1925	0.0292	0.6206	-0.0846	0.0397	0.0193	0.004	0.0599	0.0991	-0.0407	-0.0833	0.0247	0.0076	0.0029	0.0153	-0.0321	-0.0046	-0.0322	9.0185	47.8379	21.4613
15	5.697	-0.0086	1.0181	0.422	-0.0235	0.4993	0.0009	-0.1196	0.1041	-0.0377	0.0002	0.0525	0.0106	-0.035	-0.0011	-0.0057	-0.0051	0.0152	-0.0223	0.0042	-0.0421	13.445	49.8278	17.9061
16	6.9488	1.4928	0.7751	1.0808	0.2095	0.8764	0.0288	0.0251	0.1535	0.0409	-0.0305	0.0835	-0.0509	-0.0134	0.0017	0.0015	0.0131	0.004	-0.0352	0.0207	-0.0424	9.5685	50.6378	13.3174
17	5.2945	-0.4014	-0.3221	0.5853	0.0728	0.8195	0.0171	-0.0047	0.1063	0.0173	-0.0335	0.1783	-0.0596	-0.0419	0.0164	-0.0044	0.017	-0.0009	0.0111	0.0076	-0.0118	-5.7804	43.4776	8.2071
18	3.972	2.244	1.192	3.48	0.3024	1.074	-0.0106	0.0503	0.0783	0.0511	0.0229	0.0456	-0.1318	0.0503	-0.0123	0.0081	-0.0002	0.0065	-0.0039	0.0077	-0.034	12.8421	50.3596	8.951
19	3.1496	4.7183	0.8837	7.0685	1.3326	0.477	-0.1388	0.1323	0.2658	0.027	0.1941	-0.0491	-0.1442	0.0174	-0.0553	0.0795	0.0231	0.0062	0.0705	-0.0178	0.0838	18.0699	54.5133	6.3234
20	5.5754	4.3415	-0.1682	7.1669	-0.1833	0.1236	0.03	-0.1535	0.0253	-0.0839	-0.0623	0.2156	0.0907	-0.0098	0.0323	-0.0078	0.0098	-0.0034	0.0199	0.0009	-0.0222	-2.9096	36.9985	6.4814

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	X	1 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	X	19 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	X	30 - 38
4	X-RAY DIFFRACTION	4	X	39 - 52
5	X-RAY DIFFRACTION	5	X	53 - 66
6	X-RAY DIFFRACTION	6	X	67 - 86
7	X-RAY DIFFRACTION	7	X	87 - 92
8	X-RAY DIFFRACTION	8	X	93 - 110
9	X-RAY DIFFRACTION	9	X	111 - 154
10	X-RAY DIFFRACTION	10	X	155 - 163
11	X-RAY DIFFRACTION	11	X	164 - 188
12	X-RAY DIFFRACTION	12	X	189 - 201
13	X-RAY DIFFRACTION	13	X	202 - 216
14	X-RAY DIFFRACTION	14	X	217 - 230
15	X-RAY DIFFRACTION	15	X	231 - 240
16	X-RAY DIFFRACTION	16	X	241 - 249
17	X-RAY DIFFRACTION	17	X	250 - 257
18	X-RAY DIFFRACTION	18	X	258 - 264
19	X-RAY DIFFRACTION	19	X	265 - 277
20	X-RAY DIFFRACTION	20	X	278 - 283

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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