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万見
- PDB-3emi: Crystal structure of Hia 307-422 non-adhesive domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3emi
タイトルCrystal structure of Hia 307-422 non-adhesive domain
要素Hia (Adhesin)
キーワードCELL ADHESION / non-adhesive domain / Hia adhesin / trimeric autotransporter / Haemophilus influenzae
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / protein transport / cell surface
類似検索 - 分子機能
Trimeric adhesin / Trimeric adhesin / Trimeric autotransporter adhesin, tryptophan-ring motif / Trimeric autotransporter adhesin, putative GIN domain / Trimeric adhesin / Trimeric autotransporter adhesin, Trp ring domain / : / Tryptophan-ring motif of head of Trimeric autotransporter adhesin / HiaBD2_N domain of Trimeric autotransporter adhesin (GIN) / Trimeric autotransporter adhesin Trp ring domain ...Trimeric adhesin / Trimeric adhesin / Trimeric autotransporter adhesin, tryptophan-ring motif / Trimeric autotransporter adhesin, putative GIN domain / Trimeric adhesin / Trimeric autotransporter adhesin, Trp ring domain / : / Tryptophan-ring motif of head of Trimeric autotransporter adhesin / HiaBD2_N domain of Trimeric autotransporter adhesin (GIN) / Trimeric autotransporter adhesin Trp ring domain / Trimeric autotransporter adhesin, Trp ring domain / ESPR domain / Extended Signal Peptide of Type V secretion system / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Pilin-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Meng, G. / Waksman, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Repetitive Architecture of the Haemophilus influenzae Hia Trimeric Autotransporter
著者: Meng, G. / St Geme, J.W. / Waksman, G.
履歴
登録2008年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hia (Adhesin)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0471
ポリマ－12,0471
非ポリマー00
水4,396244
1
A: Hia (Adhesin)

A: Hia (Adhesin)

A: Hia (Adhesin)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1423
ポリマ－36,1423
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area8260 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area16750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.864, 53.864, 151.688
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-46-

HOH

21A-88-

HOH

31A-94-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hia (Adhesin)


分子量: 12047.246 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 307-422 / 変異: I324M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(B834) / 参照: UniProt: Q48152
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9785, 0.9790, 0.9750
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月11日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97851
20.9791
30.9751
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 12852 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 32.6 % / Biso Wilson estimate: 15.127 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 42
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 26 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 11.3 / Rsym value: 0.27 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
DNAデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→29.43 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.878 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: used weighted full matrix least squares procedure
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 643 5.03 %random
Rwork0.162 12139 --
obs-12782 99.46 %-
溶媒の処理Bsol: 54.433 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 63.5 Å2 / Biso mean: 21.274 Å2 / Biso min: 5.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.963 Å20 Å20 Å2
2---0.963 Å20 Å2
3---1.926 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数786 0 0 244 1030
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8811
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9261
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined4.1161
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDTotal num. of bins used% reflection obs (%)
1.8-1.8260.146473X-RAY DIFFRACTION2493
1.826-1.8530.152490X-RAY DIFFRACTION2494
1.853-1.8820.134470X-RAY DIFFRACTION2493
1.882-1.9130.132508X-RAY DIFFRACTION2496
1.913-1.9460.136483X-RAY DIFFRACTION2493
1.946-1.9810.137487X-RAY DIFFRACTION2494
1.981-2.0190.141474X-RAY DIFFRACTION2493
2.019-2.060.139499X-RAY DIFFRACTION2495
2.06-2.1050.127483X-RAY DIFFRACTION2495
2.105-2.1540.134499X-RAY DIFFRACTION2493
2.154-2.2080.141482X-RAY DIFFRACTION2494
2.208-2.2680.131513X-RAY DIFFRACTION2496
2.268-2.3350.136505X-RAY DIFFRACTION2494
2.335-2.410.15482X-RAY DIFFRACTION2494
2.41-2.4960.159508X-RAY DIFFRACTION2496
2.496-2.5960.191509X-RAY DIFFRACTION2495
2.596-2.7140.176512X-RAY DIFFRACTION2496
2.714-2.8570.165512X-RAY DIFFRACTION2494
2.857-3.0360.18515X-RAY DIFFRACTION2496
3.036-3.270.16499X-RAY DIFFRACTION2493
3.27-3.5990.164534X-RAY DIFFRACTION2494
3.599-4.120.166531X-RAY DIFFRACTION2495
4.12-5.1890.161550X-RAY DIFFRACTION2495
5.189-39.7430.227621X-RAY DIFFRACTION2496

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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