PDB-3elk: Crystal structure of putative transcriptional regulator TA0346 fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3elk

タイトル

Crystal structure of putative transcriptional regulator TA0346 from Thermoplasma acidophilum

要素

Putative transcriptional regulator TA0346

キーワード

transcription regulator / transcriptional regulator / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / PadR domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Thermoplasma acidophilum (好酸性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Grantz Saskova, K. / Chruszcz, M. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative transcriptional regulator TA0346 from Thermoplasma acidophilum
著者: Grantz Saskova, K. / Chruszcz, M. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W.

履歴

登録	2008年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3elk.cif.gz	54.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3elk.ent.gz	44.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3elk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/3elk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/3elk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4o5n-d 4lki-d 5vtz-1 4kom-d 4bsd-d 5vtr-1 5vty-3 4cqp-d 5vtv-2 6zrk-d 5xl5-2 4lkj-d 5vtu-3 6ns9-d 5vtx-1 5vty-1 4ln8-6 5vtq-1 5vu4-3 5vtv-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC7587

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative transcriptional regulator TA0346

B: Putative transcriptional regulator TA0346

ヘテロ分子

27.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative transcriptional regulator TA0346

B: Putative transcriptional regulator TA0346

ヘテロ分子

A: Putative transcriptional regulator TA0346

B: Putative transcriptional regulator TA0346

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
54.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.515, 45.707, 207.679
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Putative transcriptional regulator TA0346 分子量: 13629.079 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 遺伝子: Ta0346 / プラスミド: P15TV LIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q9HL84
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M NA SULFATE PH4.6, 30% PEG 4K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月12日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 21233 / Num. obs: 21233 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 30.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / R_sym value: 0.064 / Net I/σ(I): 40.646
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1004 / R_sym value: 0.452 / % possible all: 88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		モデル構築
REFMAC	5.4.0069	精密化
Coot		モデル構築
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 5.57 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.241	1099	5.2 %	RANDOM
R_work	0.202	-	-	-
all	0.204	21126	-	-
obs	0.204	21126	92.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1630	0	2	129	1761

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	1653
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.033	1.992	2224
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.323	3	2766
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.968	5	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.997	24.762	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.495	15	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	6.143	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	265
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1753
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	297
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.104	1.5	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.398	1.5	424
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.881	2	1648
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.912	3	627
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.282	4.5	576
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	79	-
R_work	0.215	1392	-
obs	-	-	87.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.291	-0.2169	-1.0207	2.1908	-1.3591	6.7961	0.202	0.0277	0.0995	0.0779	-0.2239	0.0079	0.006	0.4334	0.0219	-0.1074	0.0438	0.0049	-0.0693	0.006	-0.0155	16.593	1.207	91.847
2	15.9592	-7.2268	-8.1894	10.5331	1.5917	9.7261	0.3094	0.3306	0.7773	0.1229	0.0073	-0.0637	-0.4944	-0.151	-0.3168	-0.0696	0.105	0.016	-0.0873	0.0397	0.0205	11.896	8.97	85.009
3	28.9843	-0.3537	-6.5353	10.37	0.944	1.6838	-1.0646	-1.4486	1.0485	1.1806	0.9305	-0.3472	0.0066	0.2754	0.134	0.1187	0.1561	-0.0881	-0.024	-0.0373	-0.0768	14.192	12.287	92.172
4	9.5162	-3.6248	3.0044	14.4367	0.485	6.264	-0.2956	-0.137	0.3009	0.2471	0.2421	-0.6688	-0.1749	0.322	0.0534	-0.1055	0.0328	-0.0248	-0.053	-0.0051	0.0019	26.698	4.068	89.133
5	1.5348	-0.3605	1.8368	13.1133	-8.5818	7.297	-0.0016	0.3009	0.2136	-0.2538	-0.1508	-0.1296	-0.1307	0.6171	0.1523	0.0038	0.0998	0.0699	0.0592	0.0739	0.0471	24.919	7.73	76.366
6	1.1342	-0.3771	-1.591	0.9969	0.272	4.8916	-0.1049	0.0345	-0.1141	-0.0074	-0.0936	0.0428	0.4403	-0.1945	0.1985	-0.1258	0.0519	-0.0237	-0.0442	-0.0064	-0.0227	15.012	-3.204	97.348
7	4.5091	0.7274	4.8059	1.8847	0.3103	13.1034	-0.0775	0.2258	-0.1887	0.0512	0.0305	-0.1858	0.0955	0.2324	0.0469	-0.1269	0.0618	-0.0173	-0.0489	0.0078	-0.0004	4.79	9.826	63.598
8	6.9674	2.192	4.4359	13.2871	16.5678	31.8393	0.277	1.3283	-0.7005	0.1003	0.9719	-0.5714	0.6591	2.206	-1.2489	-0.1348	0.1807	-0.0683	0.2263	-0.1315	0.0904	14.634	7.391	65.188
9	14.842	-5.0404	-5.1394	10.0375	4.3998	13.8	0.5197	0.7652	-0.0067	-0.4367	-0.0758	-0.6807	-0.6566	0.237	-0.444	-0.0471	0.0624	-0.0056	-0.0072	0.0104	0.0588	10.693	18.758	63.448
10	5.3052	-1.2227	1.4545	1.6849	-1.0838	3.154	-0.0771	-0.0836	0.3042	0.0785	-0.1065	-0.2301	-0.3132	-0.0166	0.1835	-0.0815	0.0642	0.0026	-0.0713	-0.0001	0.014	11.926	17.903	75.036
11	4.7104	3.7937	1.0983	10.2313	7.8751	12.4853	0.035	-0.3092	0.0626	0.2189	-0.3239	0.4401	0.2887	-1.4716	0.2889	-0.1739	0.0568	0.0145	0.17	-0.0056	-0.0199	-5.518	12.166	67.62
12	8.2463	-3.5104	1.8682	4.1457	5.6955	24.087	0.5634	-0.3288	-0.6621	0.0563	0.036	0.1101	2.165	-0.4632	-0.5994	0.099	-0.1059	-0.1005	-0.0573	0.0383	-0.018	-3.756	2.445	48.102

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 28
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	29 - 39
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	40 - 50
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	51 - 61
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	62 - 75
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	76 - 111
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	8 - 27
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	28 - 44
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	45 - 58
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	59 - 81
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	82 - 93
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	94 - 111

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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