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万見
- PDB-3ek9: SPRY Domain-containing SOCS Box Protein 2: Crystal Structure and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ek9
タイトルSPRY Domain-containing SOCS Box Protein 2: Crystal Structure and Residues Critical for Protein Binding
要素SPRY domain-containing SOCS box protein 2
キーワードPROTEIN BINDING / SPRY domain / Ubl conjugation pathway / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / intracellular signal transduction / cytosol
類似検索 - 分子機能
SSB2, SOCS box domain / : / suppressors of cytokine signalling / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / SPRY domain / B30.2/SPRY domain ...SSB2, SOCS box domain / : / suppressors of cytokine signalling / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SPRY domain-containing SOCS box protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kuang, Z. / Yao, S. / Xu, Y. / Garrett, T.J.P. / Norton, R.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: SPRY domain-containing SOCS box protein 2: crystal structure and residues critical for protein binding.
著者: Kuang, Z. / Yao, S. / Xu, Y. / Lewis, R.S. / Low, A. / Masters, S.L. / Willson, T.A. / Kolesnik, T.B. / Nicholson, S.E. / Garrett, T.J. / Norton, R.S.
履歴
登録2008年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22012年2月8日Group: Structure summary
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPRY domain-containing SOCS box protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4572
ポリマ－23,3651
非ポリマー921
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.255, 68.176, 69.012
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SPRY domain-containing SOCS box protein 2 / SSB-2 / Gene-rich cluster protein C9


分子量: 23365.156 Da / 分子数: 1 / 断片: B30.2/SPRY domain residues 12-224 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Spsb2, Grcc9, Ssb2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O88838
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 100mM Bis-Tris, pH6.5, 200mM MgCl2, 25% PEG3350, EVAPORATION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月13日 / 詳細: AXCO
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30.7 Å / Num. all: 5018 / Num. obs: 5002 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.117
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 493 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.4.0067精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2FNJ

2fnj


解像度: 2.6→30.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.833 / SU B: 12.125 / SU ML: 0.262 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.419 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27269 223 4.4 %RANDOM
Rwork0.16808 ---
obs0.17277 4795 93.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.309 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20 Å2
2---1.19 Å20 Å2
3---1.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1476 0 6 59 1541
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0211536
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4311.9612086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4125192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.09622.98567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.03815231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6811512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211197
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2193963
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2451530
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5187573
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.51610556
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.184 10 -
Rwork0.235 339 -
obs--90.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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