[日本語] English
万見
- PDB-3ejx: Crystal structure of diaminopimelate epimerase from Arabidopsis t... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ejx
タイトルCrystal structure of diaminopimelate epimerase from Arabidopsis thaliana in complex with LL-AziDAP
要素Diaminopimelate epimerase, chloroplastic
キーワードISOMERASE / Diaminopimelate epimerase / Arabidopsis / PLP-independenet amino acid racemase / aziridino-diaminopimelate
機能・相同性
機能・相同性情報


diaminopimelate epimerase / diaminopimelate epimerase activity / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / chloroplast stroma / chloroplast
類似検索 - 分子機能
Diaminopimelate epimerase, active site / Diaminopimelate epimerase signature. / Diaminopimelate epimerase, DapF / Diaminopimelate epimerase / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S,6S)-2,6-DIAMINO-2-METHYLHEPTANEDIOIC ACID / Diaminopimelate epimerase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Pillai, B. / Moorthie, V.A. / Cherney, M.M. / Vederas, J.C. / James, M.N.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of diaminopimelate epimerase from Arabidopsis thaliana, an amino acid racemase critical for L-lysine biosynthesis.
著者: Pillai, B. / Moorthie, V.A. / van Belkum, M.J. / Marcus, S.L. / Cherney, M.M. / Diaper, C.M. / Vederas, J.C. / James, M.N.
履歴
登録2008年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Diaminopimelate epimerase, chloroplastic
B: Diaminopimelate epimerase, chloroplastic
C: Diaminopimelate epimerase, chloroplastic
D: Diaminopimelate epimerase, chloroplastic
E: Diaminopimelate epimerase, chloroplastic
F: Diaminopimelate epimerase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,06612
ポリマ－205,8416
非ポリマー1,2256
水32,4091799
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12300 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area64400 Å2
手法PISA
2
A: Diaminopimelate epimerase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5112
ポリマ－34,3071
非ポリマー2041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Diaminopimelate epimerase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5112
ポリマ－34,3071
非ポリマー2041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: Diaminopimelate epimerase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5112
ポリマ－34,3071
非ポリマー2041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
D: Diaminopimelate epimerase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5112
ポリマ－34,3071
非ポリマー2041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
E: Diaminopimelate epimerase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5112
ポリマ－34,3071
非ポリマー2041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
F: Diaminopimelate epimerase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5112
ポリマ－34,3071
非ポリマー2041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.540, 136.439, 102.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.54, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Diaminopimelate epimerase, chloroplastic / DAP epimerase


分子量: 34306.828 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 52-362 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: dapF / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15(pREP4) / 参照: UniProt: Q9LFG2, diaminopimelate epimerase
#2: 化合物
ChemComp-ZDP / (2S,6S)-2,6-DIAMINO-2-METHYLHEPTANEDIOIC ACID / (2S,6S)-2-メチル-2,6-ジアミノヘプタン二酸


分子量: 204.224 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16N2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1799 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.44 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 60% v/v Tacsimate buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115879 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月13日 / 詳細: double crystal monochromator
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115879 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 175374 / Num. obs: 175374 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称分類
Blu-Iceデータ収集
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GKE

2gke


解像度: 1.95→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.208 8752 random
Rwork0.179 --
obs0.179 175374 -
all-175374 -
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13232 0 84 1799 15115
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る