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- PDB-3ejw: Crystal Structure of the Sinorhizobium meliloti AI-2 receptor, SmLsrB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ejw
タイトルCrystal Structure of the Sinorhizobium meliloti AI-2 receptor, SmLsrB
要素SmLsrB
キーワードSIGNALING PROTEIN / Periplasmic binding protein / Plasmid
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Autoinducer 2 ABC transporter, substrate-binding protein LsrB / : / Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PAV / Autoinducer 2-binding protein LsrB
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Miller, S.T. / McAuley, J.R. / Pereira, C. / Xavier, K.B. / Taga, M.E.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2008
タイトル: Sinorhizobium meliloti, a bacterium lacking the autoinducer-2 (AI-2) synthase, responds to AI-2 supplied by other bacteria.
著者: Pereira, C.S. / McAuley, J.R. / Taga, M.E. / Xavier, K.B. / Miller, S.T.
履歴
登録2008年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SmLsrB
B: SmLsrB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1044
ポリマ－67,8042
非ポリマー3002
水18,8081044
1
A: SmLsrB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0522
ポリマ－33,9021
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SmLsrB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0522
ポリマ－33,9021
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.848, 71.488, 68.035
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.690, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 SmLsrB / SMB21016


分子量: 33902.055 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-343 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 遺伝子: AitB, RB0590, SM_b21016, SMb21016 / プラスミド: pGEX 4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q926H7
#2: 糖 ChemComp-PAV / (2R,4S)-2-methyl-2,3,3,4-tetrahydroxytetrahydrofuran / (2R)-2-メチルテトラヒドロフラン-2β,3,3,4β-テトラオ-ル


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1044 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.03 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 0.2 M MgCl2, 30% w/v PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年12月20日
放射モノクロメーター: Yale Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→22.46 Å / Num. all: 50186 / Num. obs: 130666 / % possible obs: 98.85 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 20.42 Å2 / Net I/σ(I): 15.33
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.348 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 7394 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CrystalClearデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TJY

1tjy


解像度: 1.8→22.461 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.92 / FOM work R set: 0.868 / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 4798 5.03 %Random
Rwork0.168 ---
obs0.17 95455 95.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.441 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 56.45 Å2 / Biso mean: 19.264 Å2 / Biso min: 5.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.245 Å20 Å20.163 Å2
2--5.927 Å20 Å2
3----3.683 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→22.461 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4778 0 20 1044 5842
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074904
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0076668
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066740
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004880
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0741776
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.8210.3151680.2523023319198
1.821-1.8420.2841670.2453147331498
1.842-1.8640.3011670.243067323497
1.864-1.8880.2511810.2293073325498
1.888-1.9130.3131930.2243069326298
1.913-1.9390.2691500.223123327398
1.939-1.9670.251660.2063067323398
1.967-1.9960.2611680.2083152332098
1.996-2.0270.2661540.193062321698
2.027-2.060.2311370.1763189332698
2.06-2.0960.1921660.1643036320298
2.096-2.1340.2161420.1613120326298
2.134-2.1750.2341750.1593064323998
2.175-2.2190.1891520.1523098325097
2.219-2.2670.211430.1523095323897
2.267-2.320.2311520.1533080323297
2.32-2.3780.2161460.1533035318197
2.378-2.4420.2351760.1613049322596
2.442-2.5140.231690.1553038320796
2.514-2.5950.2331430.1593063320696
2.595-2.6880.2081670.1592945311295
2.688-2.7950.2531590.1533037319695
2.795-2.9220.2071540.1592951310594
2.922-3.0760.172030.1512976317994
3.076-3.2680.1691560.1382936309293
3.268-3.520.1991500.1342950310093
3.52-3.8720.1491460.1152884303091
3.872-4.4290.1481430.1122860300390
4.429-5.5650.1441550.1192753290888
5.565-22.4630.1721500.1462715286586

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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