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- PDB-3ejd: Crystal Structure of P450BioI in complex with hexadec-9Z-enoic ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ejd
タイトルCrystal Structure of P450BioI in complex with hexadec-9Z-enoic acid ligated Acyl Carrier Protein
要素
  • Acyl carrier protein
  • Biotin biosynthesis cytochrome P450-like enzyme
キーワードOXIDOREDUCTASE/LIPID TRANSPORT / Protein-Protein Complex / Cytochrome P450 Fold / Carrier Protein / 4-Helix Bundle / Fatty acid biosynthesis / Lipid synthesis / Phosphopantetheine / Biotin biosynthesis / Heme / Iron / Metal-binding / Monooxygenase / Oxidoreductase / OXIDOREDUCTASE-LIPID TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


pimeloyl-[acyl-carrier protein] synthase / biotin biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / lipid biosynthetic process / phosphopantetheine binding / acyl binding / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / acyl carrier activity / monooxygenase activity / fatty acid biosynthetic process ...pimeloyl-[acyl-carrier protein] synthase / biotin biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / lipid biosynthetic process / phosphopantetheine binding / acyl binding / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / acyl carrier activity / monooxygenase activity / fatty acid biosynthetic process / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / heme binding / lipid binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 - #20 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Cytochrome P450, B-class / Acyl carrier protein (ACP) / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Phosphopantetheine attachment site / Cytochrome P450, conserved site ...Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 - #20 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Cytochrome P450, B-class / Acyl carrier protein (ACP) / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Phosphopantetheine attachment site / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Phosphopantetheine attachment site. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-ZMQ / Acyl carrier protein / Biotin biosynthesis cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cryle, M.J. / Schlichting, I.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structural insights from a P450 Carrier Protein complex reveal how specificity is achieved in the P450(BioI) ACP complex.
著者: Cryle, M.J. / Schlichting, I.
履歴
登録2008年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年3月8日Group: Non-polymer description
改定 1.32020年7月29日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl carrier protein
B: Biotin biosynthesis cytochrome P450-like enzyme
C: Acyl carrier protein
D: Biotin biosynthesis cytochrome P450-like enzyme
E: Acyl carrier protein
F: Biotin biosynthesis cytochrome P450-like enzyme
G: Acyl carrier protein
H: Biotin biosynthesis cytochrome P450-like enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,96726
ポリマ－226,6968
非ポリマー7,27118
水18,1951010
1
A: Acyl carrier protein
B: Biotin biosynthesis cytochrome P450-like enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5097
ポリマ－56,6742
非ポリマー1,8355
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area20770 Å2
手法PISA
2
C: Acyl carrier protein
D: Biotin biosynthesis cytochrome P450-like enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4746
ポリマ－56,6742
非ポリマー1,8004
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area20790 Å2
手法PISA
3
E: Acyl carrier protein
F: Biotin biosynthesis cytochrome P450-like enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5097
ポリマ－56,6742
非ポリマー1,8355
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area20220 Å2
手法PISA
4
G: Acyl carrier protein
H: Biotin biosynthesis cytochrome P450-like enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4746
ポリマ－56,6742
非ポリマー1,8004
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area20490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.300, 92.100, 107.700
Angle α, β, γ (deg.)109.00, 89.20, 90.10
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
41G
12B
22D
32F
42H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1112A19 - 94
2112C19 - 94
3112E19 - 94
4112G19 - 94
1122B10 - 394
2122D10 - 394
3122F10 - 394
4122H10 - 394

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細HETERODIMERS ARE FORMED BY CHAIN A AND B, C AND D, E AND F, G AND H.

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要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Acyl carrier protein / ACP / Cytosolic-activating factor / CAF / Fatty acid synthase acyl carrier protein


分子量: 10685.630 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: acpP, b1094, JW1080 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: P0A6A8
#2: タンパク質
Biotin biosynthesis cytochrome P450-like enzyme


分子量: 45988.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: GP208 / 遺伝子: bioI, CYP107H, BSU30190 / プラスミド: pET24b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P53554, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する

-
糖 , 1種, 8分子

#4: 糖
ChemComp-HTG / heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / HEPTYL 1-THIOHEXOPYRANOSIDE / heptyl 1-thio-beta-D-glucoside / heptyl 1-thio-D-glucoside / heptyl 1-thio-glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 294.408 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26O5S / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 4種, 1020分子

#3: 化合物
ChemComp-ZMQ / S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] (9Z)-hexadec-9-enethioate


分子量: 594.741 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H51N2O8PS
#5: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1010 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Na HEPES, 0.25 M NaCl, 0.15 M Li2SO4, 19% PEG 4000, 0.2% n-heptyl b-D-thioglucopyranoside, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.98089 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月8日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98089 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 119441 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 16965 / % possible all: 82.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 7.612 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28532 6319 5 %RANDOM
Rwork0.24088 ---
obs0.24311 119441 96.84 %-
all-313033 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.278 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å20.05 Å2-0.02 Å2
2--0.61 Å22.6 Å2
3---1.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14645 0 402 1010 16057
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.02215354
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.6622.01520818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.02151824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.21824.482714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.866152646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9711598
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.22329
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211478
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.27417
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.210640
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2965
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.2129
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1210.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5091.59439
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.896214900
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.74836559
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.24.55910
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A304tight positional0.020.05
12C304tight positional0.020.05
13E304tight positional0.020.05
14G304tight positional0.020.05
21B1512tight positional0.030.05
22D1512tight positional0.030.05
23F1512tight positional0.020.05
24H1512tight positional0.030.05
11A288medium positional0.480.5
12C288medium positional0.530.5
13E288medium positional0.530.5
14G288medium positional0.560.5
21B1513medium positional0.570.5
22D1513medium positional0.530.5
23F1513medium positional0.530.5
24H1513medium positional0.540.5
11A304tight thermal0.030.5
12C304tight thermal0.030.5
13E304tight thermal0.030.5
14G304tight thermal0.030.5
21B1512tight thermal0.040.5
22D1512tight thermal0.030.5
23F1512tight thermal0.030.5
24H1512tight thermal0.050.5
11A288medium thermal0.222
12C288medium thermal0.242
13E288medium thermal0.222
14G288medium thermal0.232
21B1513medium thermal0.262
22D1513medium thermal0.242
23F1513medium thermal0.252
24H1513medium thermal0.32
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 435 -
Rwork0.326 8723 -
obs-8723 96.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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