PDB-3ejd: Crystal Structure of P450BioI in complex with hexadec-9Z-enoic ac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ejd

タイトル

Crystal Structure of P450BioI in complex with hexadec-9Z-enoic acid ligated Acyl Carrier Protein

要素

Acyl carrier protein
Biotin biosynthesis cytochrome P450-like enzyme

キーワード

OXIDOREDUCTASE/LIPID TRANSPORT / Protein-Protein Complex / Cytochrome P450 Fold / Carrier Protein / 4-Helix Bundle / Fatty acid biosynthesis / Lipid synthesis / Phosphopantetheine / Biotin biosynthesis / Heme / Iron / Metal-binding / Monooxygenase / Oxidoreductase / OXIDOREDUCTASE-LIPID TRANSPORT COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

pimeloyl-[acyl-carrier protein] synthase / biotin biosynthetic process / lipid biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / phosphopantetheine binding / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / acyl binding / acyl carrier activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Cryle, M.J. / Schlichting, I.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Structural insights from a P450 Carrier Protein complex reveal how specificity is achieved in the P450(BioI) ACP complex.
著者: Cryle, M.J. / Schlichting, I.

履歴

登録	2008年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年3月8日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb3ejd.ent.gz	324.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3ejd_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ejd_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
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CIF形式データ	3ejd_validation.cif.gz	110.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/3ejd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/3ejd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ejbC 3ejeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3eje-1 3eje-3 3ejb-3 3ejb-4 3eje-4 4mlp-1 3ejb-2 3ejb-1 6kx8-1 3tzy-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (8) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acyl carrier protein

B: Biotin biosynthesis cytochrome P450-like enzyme

C: Acyl carrier protein

D: Biotin biosynthesis cytochrome P450-like enzyme

E: Acyl carrier protein

F: Biotin biosynthesis cytochrome P450-like enzyme

G: Acyl carrier protein

H: Biotin biosynthesis cytochrome P450-like enzyme

ヘテロ分子

234 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Acyl carrier protein

B: Biotin biosynthesis cytochrome P450-like enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Acyl carrier protein

D: Biotin biosynthesis cytochrome P450-like enzyme

ヘテロ分子

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58.5 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Acyl carrier protein

F: Biotin biosynthesis cytochrome P450-like enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.5 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Acyl carrier protein

H: Biotin biosynthesis cytochrome P450-like enzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	61.300, 92.100, 107.700
Angle α, β, γ (deg.)	109.00, 89.20, 90.10
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
3	1	E
4	1	G
1	2	B
2	2	D
3	2	F
4	2	H

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	19 - 94
2	1	1	2	C	19 - 94
3	1	1	2	E	19 - 94
4	1	1	2	G	19 - 94
1	1	2	2	B	10 - 394
2	1	2	2	D	10 - 394
3	1	2	2	F	10 - 394
4	1	2	2	H	10 - 394

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

HETERODIMERS ARE FORMED BY CHAIN A AND B, C AND D, E AND F, G AND H.

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質	Acyl carrier protein / ACP / Cytosolic-activating factor / CAF / Fatty acid synthase acyl carrier protein 分子量: 10685.630 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: acpP, b1094, JW1080 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: P0A6A8
#2: タンパク質	Biotin biosynthesis cytochrome P450-like enzyme 分子量: 45988.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: GP208 / 遺伝子: bioI, CYP107H, BSU30190 / プラスミド: pET24b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P53554, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する

#1: タンパク質

Acyl carrier protein / ACP / Cytosolic-activating factor / CAF / Fatty acid synthase acyl carrier protein

分子量: 10685.630 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: acpP, b1094, JW1080 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: P0A6A8

#2: タンパク質

Biotin biosynthesis cytochrome P450-like enzyme

分子量: 45988.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: GP208 / 遺伝子: bioI, CYP107H, BSU30190 / プラスミド: pET24b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P53554, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する

-
糖 , 1種, 8分子

#4: 糖	ChemComp-HTG / heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / ヘプチル1-チオ-β-D-グルコピラノシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 294.408 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₆O₅S / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 4種, 1020分子

#3: 化合物	ChemComp-ZMQ / S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] (9Z)-hexadec-9-enethioate 分子量: 594.741 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₅₁N₂O₈PS
#5: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1010 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.49 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Na HEPES, 0.25 M NaCl, 0.15 M Li2SO4, 19% PEG 4000, 0.2% n-heptyl b-D-thioglucopyranoside, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.98089 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月8日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98089 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 119441 / % possible obs: 91.1 % / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 31 Å² / R_sym value: 0.086 / Net I/σ(I): 10.1
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 16965 / % possible all: 82.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
Coot		モデル構築
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 7.612 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28532	6319	5 %	RANDOM
R_work	0.24088	-	-	-
obs	0.24311	119441	96.84 %	-
all	-	313033	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.278 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.25 Å²	0.05 Å²	-0.02 Å²
2-	-	0.61 Å²	2.6 Å²
3-	-	-	1.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14645	0	402	1010	16057

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.022	15354
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.662	2.015	20818
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.021	5	1824
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.218	24.482	714
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.866	15	2646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.971	15	98
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.049	0.2	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	11478
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	7417
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	10640
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	965
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.202	0.2	129
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.121	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.509	1.5	9439
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.896	2	14900
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.748	3	6559
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.2	4.5	5910
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	304	tight positional	0.02	0.05
1	2	C	304	tight positional	0.02	0.05
1	3	E	304	tight positional	0.02	0.05
1	4	G	304	tight positional	0.02	0.05
2	1	B	1512	tight positional	0.03	0.05
2	2	D	1512	tight positional	0.03	0.05
2	3	F	1512	tight positional	0.02	0.05
2	4	H	1512	tight positional	0.03	0.05
1	1	A	288	medium positional	0.48	0.5
1	2	C	288	medium positional	0.53	0.5
1	3	E	288	medium positional	0.53	0.5
1	4	G	288	medium positional	0.56	0.5
2	1	B	1513	medium positional	0.57	0.5
2	2	D	1513	medium positional	0.53	0.5
2	3	F	1513	medium positional	0.53	0.5
2	4	H	1513	medium positional	0.54	0.5
1	1	A	304	tight thermal	0.03	0.5
1	2	C	304	tight thermal	0.03	0.5
1	3	E	304	tight thermal	0.03	0.5
1	4	G	304	tight thermal	0.03	0.5
2	1	B	1512	tight thermal	0.04	0.5
2	2	D	1512	tight thermal	0.03	0.5
2	3	F	1512	tight thermal	0.03	0.5
2	4	H	1512	tight thermal	0.05	0.5
1	1	A	288	medium thermal	0.22	2
1	2	C	288	medium thermal	0.24	2
1	3	E	288	medium thermal	0.22	2
1	4	G	288	medium thermal	0.23	2
2	1	B	1513	medium thermal	0.26	2
2	2	D	1513	medium thermal	0.24	2
2	3	F	1513	medium thermal	0.25	2
2	4	H	1513	medium thermal	0.3	2

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.366	435	-
R_work	0.326	8723	-
obs	-	8723	96.33 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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