PDB-3eir: Crystal structure of CHBP, a Cif Homologue from Burkholderia pseu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3eir

タイトル

Crystal structure of CHBP, a Cif Homologue from Burkholderia pseudomallei

要素

Putative ATP/GTP binding protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / papain-like fold

機能・相同性

Protein-glutamine deamidase Cif / Cycle inhibiting factor (CIF) / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / protein-glutamine glutaminase activity / protein-glutamine glutaminase / toxin activity / host cell nucleus / extracellular region / Protein-glutamine deamidase Cif

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.101 Å

データ登録者

Yao, Q. / Zhu, Y. / Shao, F.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: A bacterial type III effector family uses the papain-like hydrolytic activity to arrest the host cell cycle
著者: Yao, Q. / Cui, J. / Zhu, Y. / Wang, G. / Hu, L. / Long, C. / Cao, R. / Liu, X. / Huang, N. / Chen, S. / Liu, L. / Shao, F.

履歴

登録	2008年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3eir.cif.gz	207.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3eir.ent.gz	174.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3eir.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3eir_validation.pdf.gz	440.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3eir_full_validation.pdf.gz	448.6 KB	表示
XML形式データ	3eir_validation.xml.gz	23 KB	表示
CIF形式データ	3eir_validation.cif.gz	32.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/3eir ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/3eir	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3eitC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3eit-1 4q7o-d 5ia4-d 2vti-d 3r8l-d 1icf-2 5uab-d 4y54-d 5lpv-d 2vv4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative ATP/GTP binding protein

B: Putative ATP/GTP binding protein

62.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative ATP/GTP binding protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative ATP/GTP binding protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.783, 79.916, 117.416
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative ATP/GTP binding protein / the EPEC effector Cif Homologue 分子量: 31308.439 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 48-328 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 株: K96243 / 遺伝子: YP_111397 / プラスミド: pGEX-6p-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q63KH5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Putative ATP/GTP binding protein / the EPEC effector Cif Homologue

分子量: 31308.439 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 48-328 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: K96243 / 遺伝子: YP_111397 / プラスミド: pGEX-6p-2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q63KH5

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 32% PEG1000, 100mM Sodium Cacodylate, 5% Glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 30780 / Num. obs: 30618 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 42.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 2990 / R_sym value: 0.318 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
SERGUI		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

解像度: 2.101→33.033 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.737 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.254	3075	10.06 %	RANDOM
R_work	0.193	-	-	-
obs	0.199	30558	99.35 %	-
all	-	30758	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 71.007 Å² / k_sol: 0.337 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 161.73 Å² / B_iso mean: 58.918 Å² / B_iso min: 26.73 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	21.291 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-8.547 Å²	0 Å²
3-	-	-	-12.744 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.101→33.033 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3868	0	0	253	4121

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3937
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.947	5331
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	605
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	692
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.873	1453

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.101-2.134	0.37	121	0.263	1149	1270	94
2.134-2.169	0.274	120	0.241	1261	1381	100
2.169-2.207	0.32	140	0.23	1242	1382	100
2.207-2.247	0.32	154	0.237	1193	1347	100
2.247-2.29	0.376	138	0.237	1269	1407	100
2.29-2.336	0.324	148	0.243	1211	1359	100
2.336-2.387	0.312	154	0.227	1242	1396	100
2.387-2.443	0.323	135	0.22	1228	1363	100
2.443-2.504	0.346	114	0.234	1288	1402	100
2.504-2.572	0.283	133	0.229	1231	1364	100
2.572-2.647	0.287	142	0.226	1244	1386	100
2.647-2.733	0.327	150	0.226	1257	1407	100
2.733-2.83	0.286	161	0.224	1216	1377	100
2.83-2.944	0.302	140	0.219	1255	1395	100
2.944-3.077	0.288	135	0.23	1255	1390	100
3.077-3.24	0.284	133	0.212	1275	1408	100
3.24-3.442	0.233	131	0.205	1265	1396	100
3.442-3.708	0.249	153	0.185	1253	1406	100
3.708-4.08	0.246	131	0.161	1273	1404	100
4.08-4.669	0.189	147	0.139	1292	1439	100
4.669-5.877	0.185	150	0.15	1300	1450	100
5.877-33.037	0.224	145	0.174	1284	1429	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	詳細	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9746	-1.0968	0.2582	0.6517	-0.0791	0.5956	-0.0697	-0.2378	-0.2606	0.3972	0.1647	0.175	0.3799	-0.1376	-0.0003	0.3861	-0.0675	0.1083	0.3965	0.012	0.4516	(chain A and resid 31:104)	32.3428	37.8975	59.528
2	2.192	-0.554	0.8784	3.9502	-0.0455	3.3396	0.0872	0.2857	-0.0907	-0.0922	0.0468	-0.18	0.7315	0.7342	0	0.4149	0.1598	0.0521	0.4603	-0.0267	0.2989	(chain A and resid 105:280)	52.2032	32.2232	55.6745
3	1.3251	-0.8143	1.2657	1.2117	1.1919	1.5045	0.2993	0.1465	-0.1476	-0.7021	-0.3475	-0.0696	0.4212	-0.1937	0.0424	0.692	0.0561	0.1363	0.3287	-0.0127	0.3631	(chain B and resid 32:104)	35.5545	36.14	34.7883
4	2.5265	-1.6862	-0.2596	4.1785	1.3833	2.0074	-0.0431	-0.1184	0.2078	-0.3373	-0.0679	-0.2842	0.0853	0.2072	0.0001	0.4018	0.0369	0.1328	0.3742	0.0484	0.3815	(chain B and resid 105:280)	37.2341	56.8223	40.5521

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 31:104)	A	31 - 104
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 105:280)	A	105 - 280
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 32:104)	B	32 - 104
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 105:280)	B	105 - 280

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関連情報:EMDBヘッダ

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