PDB-3eit: the 2.6 angstrom crystal structure of CHBP, the Cif Homologue fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3eit

タイトル

the 2.6 angstrom crystal structure of CHBP, the Cif Homologue from Burkholderia pseudomallei

要素

Putative ATP/GTP binding protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / papain-like fold / apain superfamily / hydrolytic enzyme

機能・相同性

Protein-glutamine deamidase Cif / Cycle inhibiting factor (CIF) / protein-glutamine glutaminase activity / protein-glutamine glutaminase / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / toxin activity / host cell nucleus / extracellular region / Protein-glutamine deamidase Cif

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.56 Å

データ登録者

Yao, Q. / Zhu, Y. / Shao, F.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: A bacterial type III effector family uses the papain-like hydrolytic activity to arrest the host cell cycle
著者: Yao, Q. / Cui, J. / Zhu, Y. / Wang, G. / Hu, L. / Long, C. / Cao, R. / Liu, X. / Huang, N. / Chen, S. / Liu, L. / Shao, F.

履歴

登録	2008年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月20日	Group: Refinement description
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3eit.cif.gz	107.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3eit.ent.gz	84.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3eit.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3eit_validation.pdf.gz	437.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3eit_full_validation.pdf.gz	441.4 KB	表示
XML形式データ	3eit_validation.xml.gz	22.1 KB	表示
CIF形式データ	3eit_validation.cif.gz	28.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/3eit ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/3eit	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3eirC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3eir-1 1icf-2 5ia4-d 5tiu-d 5tr6-d 4i0t-d 5uab-d 4fyo-d 3eay-d 4zp5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative ATP/GTP binding protein

B: Putative ATP/GTP binding protein

63.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative ATP/GTP binding protein

登録者が定義した集合体
31.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative ATP/GTP binding protein

登録者が定義した集合体
31.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.362, 78.003, 115.037
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative ATP/GTP binding protein / the EPEC effector Cif Homologue 分子量: 31589.811 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 48-328 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 株: K96243 / 遺伝子: YP_111397 / プラスミド: pGEX-6p-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q63KH5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 32% PEG1000, 100mM Sodium Cacodylate, 5% Glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.97912 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.56→50 Å / Num. all: 16433 / Num. obs: 16433 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 51.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 26.9
反射シェル	解像度: 2.559→2.625 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 6.4 / Num. unique all: 1179 / R_sym value: 0.278 / % possible all: 75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
SERGUI		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.56→49.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 23.894 / SU ML: 0.247 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.267	1635	10.1 %	RANDOM
R_work	0.203	-	-	-
obs	0.21	16115	98.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 58.74 Å² / B_iso mean: 30.502 Å² / B_iso min: 15.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.56→49.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3853	0	0	70	3923

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	3922
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.11	1.969	5310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.58	5	484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.811	24.355	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.946	15	694
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.97	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	600
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2948
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1699
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.297	0.2	2720
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	165
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.212	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.24	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.401	1.5	2485
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.652	2	3916
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.283	3	1587
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.919	4.5	1394

LS精密化シェル

解像度: 2.559→2.625 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.39	87	-
R_work	0.265	804	-
all	-	891	-
obs	-	-	75.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2977	-1.5386	0.253	5.5308	-1.413	2.7537	-0.0558	-0.0984	0.2448	0.1365	0.1019	0.0745	-0.056	-0.0586	-0.0461	0.0794	-0.0056	0.0132	0.0671	0.0088	0.0212	39.0661	34.5399	64.0379
2	4.6614	-1.4222	0.4337	8.6481	-1.914	6.8617	0.2995	0.1447	-0.1036	-0.2408	-0.0529	0.2177	0.216	-0.1487	-0.2465	0.0308	0.0421	0.0745	0.0697	0.0546	0.0946	21.6302	39.5226	49.9442
3	3.0196	-0.9439	-0.1787	2.747	0.172	4.2011	0.0143	0.0637	0.1779	-0.0075	0.0657	-0.2546	-0.3579	-0.009	-0.08	0.1442	0.0685	0.0444	-0.0017	0.0406	0.0369	44.7432	40.1613	56.7824
4	8.4475	-3.5701	-4.1923	8.3084	2.0605	3.4474	0.2208	0.1949	0.4872	0.2496	-0.3423	-0.3717	0.2979	0.1324	0.1215	-0.0193	-0.0173	0.0198	0.0538	0.0419	0.1473	63.8946	37.1862	55.7769
5	2.4896	-0.1493	0.8982	2.2456	-0.6426	2.3118	0.0422	0.075	0.0891	-0.1357	-0.1709	-0.0562	0.1361	0.1858	0.1287	0.1122	0.0587	0.0206	0.0534	0.0094	0.0505	49.4501	28.7886	54.4754
6	4.4178	-3.3311	0.1149	4.2101	2.3396	3.4691	0.149	0.6437	-0.016	-0.3999	-0.2526	-0.8757	-0.2981	0.02	0.1036	0.2287	0.0606	0.1139	0.016	-0.0396	0.1458	58.624	24.4573	50.679
7	2.6356	-0.9446	0.0225	3.9414	0.4123	1.9622	0.0766	0.5409	-0.1555	-0.662	-0.1379	-0.0223	0.0364	0.1636	0.0613	0.1251	0.0034	-0.015	0.0334	0.0415	-0.0263	52.6986	26.0919	50.0159
8	19.9181	-1.6263	-8.9989	9.7321	-11.3497	19.2786	0.435	-0.9308	0.6723	2.1256	-0.3085	0.1661	-0.7779	-0.2601	-0.1265	0.426	0.0687	0.0088	0.0872	-0.0805	0.0257	37.6125	36.9913	70.2708
9	2.9211	-0.3321	1.016	5.4818	-2.796	3.7365	-0.1014	-0.1248	-0.0284	-0.0771	0.1275	0.05	0.133	-0.1	-0.0261	0.2364	0.0246	0.0077	0.0445	-0.0137	-0.0485	36.8273	42.4579	29.1226
10	2.9986	0.1783	-0.655	6.3269	-2.516	5.8231	-0.0547	0.1434	-0.0474	-0.3374	0.0109	0.181	-0.0271	-0.2365	0.0438	0.1489	0.0283	-0.0566	0.0045	-0.0162	0.0357	32.9336	24.2227	40.3415
11	3.0609	0.111	-1.0651	4.7012	0.5354	6.9136	0.0683	-0.2971	0.0552	0.3146	-0.0465	-0.4995	-0.4018	0.8816	-0.0218	0.0848	0.0239	-0.0135	0.0381	0.0544	-0.0308	44.3012	47.7087	38.5836
12	2.4176	-1.1018	-1.2942	1.2992	1.9457	3.9444	-0.0186	-0.0609	0.423	-0.0435	0.118	-0.0752	-0.4999	0.3411	-0.0994	0.2376	-0.001	0.0133	0.0225	0.0284	0.0936	34.1202	59.6853	41.2713
13	14.913	0.238	-0.7658	4.1489	-1.3452	10.0751	-0.8503	-1.2381	-0.4136	0.4657	0.484	-0.0189	-0.2612	-0.0787	0.3663	0.3786	0.0411	0.027	0.017	-0.0218	0.0842	30.7993	56.4838	53.9843
14	5.1865	2.4428	-0.4874	4.7139	0.5424	5.9898	-0.0718	0.5755	0.1069	-0.448	0.2929	-0.3048	-0.0793	0.6485	-0.2211	0.1391	0.0615	0.0401	0.0352	0.1109	-0.0202	43.1045	49.1468	26.6277

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	79 - 119
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	120 - 151
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	152 - 181
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	182 - 197
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	198 - 249
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	250 - 272
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	273 - 318
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	319 - 327
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	80 - 119
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	120 - 151
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	152 - 185
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	186 - 291
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	292 - 306
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	307 - 327

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)