[日本語] English
万見
- PDB-3eij: Crystal structure of Pdcd4 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eij
タイトルCrystal structure of Pdcd4
要素Programmed cell death protein 4
キーワードANTITUMOR PROTEIN / protein / heat motif / Anti-oncogene / Apoptosis / Cell cycle / Nucleus / Phosphoprotein / RNA-binding / TRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial to mesenchymal transition involved in cardiac fibroblast development / negative regulation of myofibroblast differentiation / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / negative regulation of JUN kinase activity / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / response to alkaloid / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / BMP signaling pathway ...epithelial to mesenchymal transition involved in cardiac fibroblast development / negative regulation of myofibroblast differentiation / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / negative regulation of JUN kinase activity / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / response to alkaloid / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / BMP signaling pathway / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / response to hormone / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to lipopolysaccharide / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / RNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Programmed cell death protein 4 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Loh, P.G.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for translational inhibition by the tumour suppressor Pdcd4
著者: Loh, P.G. / Yang, H.-S. / Walsh, M.A. / Wang, Q. / Wang, X. / Cheng, Z. / Liu, D. / Song, H.
履歴
登録2008年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death protein 4
B: Programmed cell death protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5182
ポリマ－71,5182
非ポリマー00
水1,00956
1
A: Programmed cell death protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7591
ポリマ－35,7591
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Programmed cell death protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7591
ポリマ－35,7591
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.325, 170.325, 66.919
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Programmed cell death protein 4 / Nuclear antigen H731-like / Neoplastic transformation inhibitor protein / Protein 197/15a


分子量: 35758.891 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 157-469 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21star / 参照: UniProt: Q53EL6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.61 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG MME 2000, 0.1M Tris-HCl pH8.5, 0.2M trimethylamine N-oxide (TMAO), 10mM DTT, 10mM sarcosine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 27711 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SnB位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / SU B: 21.915 / SU ML: 0.197 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.438 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27666 1394 5 %RANDOM
Rwork0.23531 ---
obs0.23531 27686 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.577 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20.31 Å2-0 Å2
2--0.62 Å2-0 Å2
3----0.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4362 0 0 56 4418
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0224430
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8061.9935980
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.295546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.36725192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.59715842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4271522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.22213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.23141
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3210.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3560.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2211.52750
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.41924452
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.46531680
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8264.51528
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.298 1976 -
Rfree-0 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.19920.35340.56981.81140.50663.99730.04040.01480.20150.0002-0.09410.09960.0199-0.31560.05370.0572-0.0507-0.04320.1556-0.04170.1744-66.597183.2157-26.9134
22.35490.10221.16721.8009-0.02154.6867-0.17650.31120.19510.0117-0.065-0.1114-0.460.13210.24160.2228-0.1166-0.04930.3080.0350.1358-64.853664.1974-57.3137
32.6684-0.1373-1.00713.5071-1.07384.4025-0.19180.2623-0.1896-0.088-0.0894-0.83750.2370.29410.28120.045-0.09280.04720.2168-0.00130.4231-43.736842.2252-52.8415
43.11940.6848-1.01862.13390.08453.5138-0.0792-0.0768-0.11570.25510.0693-0.05060.14920.06480.00990.2386-0.0326-0.05780.1661-0.00130.085-65.828352.5404-27.2198
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A157 - 306
2X-RAY DIFFRACTION2A324 - 450
3X-RAY DIFFRACTION3B157 - 306
4X-RAY DIFFRACTION4B324 - 450

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る