PDB-3ehf: Crystal structure of DesKC in complex with AMP-PCP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ehf

タイトル

Crystal structure of DesKC in complex with AMP-PCP

要素

Sensor kinase (YocF protein)

キーワード

TRANSFERASE / four-helix bundle / GHL ATPase domain / Kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphoprotein phosphatase activity / protein dimerization activity / protein kinase activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Albanesi, D. / Alzari, P.M. / Buschiazzo, A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structural plasticity and catalysis regulation of a thermosensor histidine kinase
著者: Albanesi, D. / Martin, M. / Trajtenberg, F. / Mansilla, M.C. / Haouz, A. / Alzari, P.M. / de Mendoza, D. / Buschiazzo, A.

履歴

登録	2008年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ehf.cif.gz	223 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ehf.ent.gz	176.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ehf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ehf_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ehf_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	3ehf_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	3ehf_validation.cif.gz	31.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/3ehf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/3ehf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ehhC 3ehjC 3gieC 3gifC 3gigC 3ehg C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mto-d 5fn8-3 5fn8-4 3gl9-d 1npr-d 5me8-d 6yik-d 6gtd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (1) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)
#183 - 2015年3月
フォトトロピン (Phototropin)
類似性 (1)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Sensor kinase (YocF protein)

B: Sensor kinase (YocF protein)

C: Sensor kinase (YocF protein)

D: Sensor kinase (YocF protein)

ヘテロ分子

91.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sensor kinase (YocF protein)

B: Sensor kinase (YocF protein)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Sensor kinase (YocF protein)

D: Sensor kinase (YocF protein)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.800, 44.700, 131.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	C
2	2	D
1	3	A
2	3	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	4	A	A	182 - 240	9 - 67
2	1	SER	SER	4	B	B	182 - 240	9 - 67
1	2	SER	SER	4	C	C	185 - 240	12 - 67
2	2	SER	SER	4	D	D	185 - 240	12 - 67
1	3	MG	MG	5	A	A - F	245 - 501	72
2	3	MG	MG	5	D	D - J	245 - 501	72

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Sensor kinase (YocF protein) / DesK histidine kinase 分子量: 22585.189 Da / 分子数: 4 / 断片: entire cytoplasmic region / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: yocF / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O34757, histidine kinase
#2: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.92 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG8000, MES, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月16日 / 詳細: torodial focusing mirror

放射

モノクロメーター: channel-cut / プロトコル: SAD / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.1→26.7 Å / Num. obs: 15927 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 54.042 Å² / R_merge(I) obs: 0.11

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
3.1-3.2		0.444	7.1	19418	1439	99.4
3.2-3.3		0.399	8.3	16918	1246	99
3.3-3.4		0.298	11.5	15574	1125	99.6
3.4-3.5		0.242	14.4	13895	982	99.1
3.5-4		0.175	19.5	52779	3651	99.5
4-6		0.091	29.7	75236	5196	99.2
6-10		0.059	37.2	24667	1770	98.7
10-20		0.046	44.2	5825	451	98.3
	20	0.058	25.8	339	67	90.5

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set

ID	R cullis acentric	R cullis centric	最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	0	0	3.5	43.73	9775	1116
ANO_1	0.814	0	3.5	43.73	9769	0

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	14.78-43.73	0	98	58
ISO_1	10.76-14.78	0	188	59
ISO_1	8.88-10.76	0	232	53
ISO_1	7.73-8.88	0	302	54
ISO_1	6.93-7.73	0	337	56
ISO_1	6.34-6.93	0	373	58
ISO_1	5.88-6.34	0	414	60
ISO_1	5.51-5.88	0	442	53
ISO_1	5.2-5.51	0	499	59
ISO_1	4.93-5.2	0	472	59
ISO_1	4.71-4.93	0	553	50
ISO_1	4.51-4.71	0	539	57
ISO_1	4.33-4.51	0	591	56
ISO_1	4.18-4.33	0	590	49
ISO_1	4.04-4.18	0	626	46
ISO_1	3.91-4.04	0	683	63
ISO_1	3.79-3.91	0	664	49
ISO_1	3.69-3.79	0	697	58
ISO_1	3.59-3.69	0	740	62
ISO_1	3.5-3.59	0	735	57
ANO_1	14.78-43.73	0.392	98	0
ANO_1	10.76-14.78	0.595	188	0
ANO_1	8.88-10.76	0.549	232	0
ANO_1	7.73-8.88	0.62	301	0
ANO_1	6.93-7.73	0.618	337	0
ANO_1	6.34-6.93	0.669	373	0
ANO_1	5.88-6.34	0.737	413	0
ANO_1	5.51-5.88	0.725	442	0
ANO_1	5.2-5.51	0.814	499	0
ANO_1	4.93-5.2	0.816	471	0
ANO_1	4.71-4.93	0.827	551	0
ANO_1	4.51-4.71	0.875	539	0
ANO_1	4.33-4.51	0.853	591	0
ANO_1	4.18-4.33	0.899	590	0
ANO_1	4.04-4.18	0.961	625	0
ANO_1	3.91-4.04	0.955	683	0
ANO_1	3.79-3.91	0.974	664	0
ANO_1	3.69-3.79	0.997	697	0
ANO_1	3.59-3.69	0.976	740	0
ANO_1	3.5-3.59	0.984	735	0

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	51.262	26.368	15.051	SE	154.98	2.39
2	17.852	24.905	-5.685	SE	138.85	1.46
3	39.187	21.823	12.289	SE	42.23	0.46
4	36.519	24.336	15.306	SE	147.87	0.25
5	29.989	17.487	11.964	SE	155.32	2.05
6	28.352	22.389	12.548	SE	131.66	1.83
7	53.092	23.853	19.406	SE	137.45	1.64
8	58.462	30.44	27.688	SE	53.85	0.43
9	59.896	38.656	31.208	SE	67.91	0.76
10	34.472	35.937	78.383	SE	159.42	1.48
11	38.561	33.433	79.844	SE	145.48	1.47
12	49.907	49.421	111.014	SE	103.73	2.05
13	37.43	41.296	90.183	SE	39.08	0.63
14	32.453	47.931	97.071	SE	114.79	1.67
15	33.392	43.34	100.151	SE	126.15	1.87

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 23982

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
10.13-100	47.7	0.74	505
7.96-10.13	40.7	0.87	503
6.9-7.96	42.4	0.884	512
6.24-6.9	39.4	0.878	513
5.74-6.24	38.1	0.894	579
5.34-5.74	34.2	0.903	606
5.02-5.34	34.4	0.895	640
4.75-5.02	27	0.907	686
4.52-4.75	27.3	0.908	693
4.32-4.52	25.5	0.911	776
4.14-4.32	28.6	0.914	768
3.98-4.14	26.3	0.92	804
3.84-3.98	24.6	0.932	863
3.72-3.84	24.3	0.931	874
3.6-3.72	24.9	0.92	901
3.5-3.6	23.3	0.92	923
3.4-3.5	25.9	0.912	932
3.31-3.4	25.4	0.914	1000
3.23-3.31	27.5	0.903	998
3.16-3.23	29	0.903	1010
3.09-3.16	28.2	0.903	1078
3.02-3.09	30.3	0.897	1058
2.96-3.02	29.6	0.891	1085
2.9-2.96	31	0.882	1130
2.84-2.9	34.5	0.87	1124
2.79-2.84	37.8	0.852	1162
2.7-2.79	44	0.807	2259

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
SHARP		位相決定
直接法	6	位相決定
REFMAC	5.5.0053	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.1→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.901 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.874 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / SU B: 43.355 / SU ML: 0.379 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.488 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Hydrogens have been added in the riding positions atom record contains sum of TLS and residual B anisou record contains sum of TLS and residual U

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.297	816	5.2 %	RANDOM
R_work	0.242	14957	-	-
obs	0.245	15773	99.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 129.07 Å² / B_iso mean: 59.423 Å² / B_iso min: 10.36 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.24 Å²	0 Å²	3.65 Å²
2-	-	-0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3950	0	77	3	4030

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.024	4444
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.654	2.003	5470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.058	5	511
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.231	25.19	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.443	15	775
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.701	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	665
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2832
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.851	1.5	2953
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.984	2	4106
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.677	3	1491
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.771	4.5	1363

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	456	MEDIUM POSITIONAL	0.42	0.5
1	A	456	MEDIUM THERMAL	0.77	2
2	C	406	MEDIUM POSITIONAL	0.39	0.5
2	C	406	MEDIUM THERMAL	0.8	2
3	A	431	MEDIUM POSITIONAL	0.36	0.5
3	A	431	LOOSE POSITIONAL	0.64	5
3	A	431	MEDIUM THERMAL	1.16	2
3	A	431	LOOSE THERMAL	1.8	10

LS精密化シェル

解像度: 3.1→3.177 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.345	52	-
R_work	0.265	1077	-
all	-	1129	-
obs	-	-	99.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.2049	-2.2942	-4.4228	3.5823	0.3073	6.451	-0.0931	-0.5362	-0.3295	0.0093	0.0164	0.4955	0.259	-0.5222	0.0767	0.0996	-0.0349	-0.08	0.1379	0.0027	0.1465	68.572	25.615	4.791
2	7.8967	0.0512	-4.0917	5.182	-0.9562	5.4326	0.3686	-0.1798	-0.0105	-0.2154	-0.4488	0.0085	-0.1215	-0.7918	0.0802	0.664	0.016	0.0573	0.3397	-0.0101	0.1481	55.33	34.869	67.565
3	5.8629	0.8103	2.5149	3.7657	2.0975	10.3718	0.3712	0.2193	0.4244	0.1364	-0.2416	-0.0775	0.3707	1.1153	-0.1296	0.3368	0.1445	-0.0115	0.7901	0.0426	0.4009	27.516	22.868	9.23
4	9.2618	3.6422	-0.0756	5.2057	0.8959	5.8576	-0.0693	0.7978	0.0569	-0.3022	0.0333	0.1374	0.3532	-0.0683	0.0359	0.4029	0.0948	-0.0626	0.7513	-0.0394	0.306	36.235	45.082	101.022
5	17.5009	2.3329	3.0958	4.5643	2.0312	7.9164	0.1	0.4866	-0.4176	-0.8476	-0.1531	0.6086	0.2891	-0.7214	0.0531	0.9421	0.0543	0.1223	1.0061	-0.0526	0.6288	64.918	32.717	37.588

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	182 - 242
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	182 - 242
3	X-RAY DIFFRACTION	2	C	185 - 241
4	X-RAY DIFFRACTION	2	D	185 - 241
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	245 - 501
6	X-RAY DIFFRACTION	4	D	245 - 501
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	251 - 501

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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