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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ehc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a snoal-like polyketide cyclase (atu3018) from agrobacterium tumefaciens str. c58 at 2.12 A resolution | ||||||
![]() | SnoaL-like polyketide cyclase | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | polyketide metabolic process / SnoaL-like polyketide cyclase / Polyketide cyclase SnoaL-like / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of SnoaL-like polyketide cyclase (17741376) from AGROBACTERIUM TUMEFACIENS str. C58 (Dupont) at 2.12 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 124.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 99.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 3 - 127 / Label seq-ID: 3 - 127
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14967.464 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: 17741376, AGR_L_3571, Atu3018 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / ![]() #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 配列の詳細 | THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.08 % |
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結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1.5000M (NH4)2SO4, 12.0000% Glycerol, 0.1M TRIS pH 8.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月4日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.12→29.514 Å / Num. obs: 47190 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.63 % / Biso Wilson estimate: 34.929 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 8.77 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: (1). HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2). A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN ...詳細: (1). HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2). A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. (3). ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. (4). SULFATE (SO4) IONS AND GLYCEROL (GOL) MOLECULE FROM CRYSTALLIZATION SOLUTION WERE MODELED. (5). UNEXPLAINED ELECTRON DENSITIES NEAR RESIDUE 77 OF A/B/C/D CHAINS WERE NOT MODELED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 94.18 Å2 / Biso mean: 38.911 Å2 / Biso min: 16.25 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.12→29.514 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.12→2.175 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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