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- PDB-3eh7: The structure of a putative 4-hydroxybutyrate CoA-transferase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eh7
タイトルThe structure of a putative 4-hydroxybutyrate CoA-transferase from Porphyromonas gingivalis W83
要素4-hydroxybutyrate CoA-transferase
キーワードTRANSFERASE / Citrate lyase / 4-hydroxybutyrate CoA-transferase / Porphyromonas gingivalis / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


acetate CoA-transferase activity / acetate metabolic process
類似検索 - 分子機能
4-hydroxybutyrate coenzyme like domains / Acetyl-CoA hydrolase/transferase C-terminal domain / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Acetyl-CoA hydrolase/transferase, N-terminal / Acetyl-CoA hydrolase/transferase C-terminal domain / Acetyl-CoA hydrolase/transferase, C-terminal domain superfamily / Acetyl-CoA hydrolase/transferase / Acetyl-CoA hydrolase/transferase N-terminal domain / Acetyl-CoA hydrolase/transferase C-terminal domain ...4-hydroxybutyrate coenzyme like domains / Acetyl-CoA hydrolase/transferase C-terminal domain / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Glutaconate Coenzyme A-transferase / Acetyl-CoA hydrolase/transferase, N-terminal / Acetyl-CoA hydrolase/transferase C-terminal domain / Acetyl-CoA hydrolase/transferase, C-terminal domain superfamily / Acetyl-CoA hydrolase/transferase / Acetyl-CoA hydrolase/transferase N-terminal domain / Acetyl-CoA hydrolase/transferase C-terminal domain / Transcription Regulator spoIIAA / NagB/RpiA transferase-like / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxybutyrate CoA-transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Duggan, E. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The structure of a putative 4-hydroxybutyrate CoA-transferase from Porphyromonas gingivalis W83
著者: Cuff, M.E. / Duggan, E. / Gu, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxybutyrate CoA-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4143
ポリマ－48,3431
非ポリマー712
水4,486249
1
A: 4-hydroxybutyrate CoA-transferase
ヘテロ分子

A: 4-hydroxybutyrate CoA-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8286
ポリマ－96,6862
非ポリマー1424
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,x-y,-z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area30850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.704, 72.704, 133.694
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-569-

HOH

詳細authors state that the biological assembly is unknown

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要素

#1: タンパク質 4-hydroxybutyrate CoA-transferase


分子量: 48343.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
株: W83 / 遺伝子: abfT-1, PG_0690 / プラスミド: pmcsg7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7MWD3
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Tris pH8.5, 16% PEG 4K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97922 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月21日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97922 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→44.56 Å / Num. obs: 25521 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 30.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.052→2.105 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.623 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 96.83

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.225 / FOM acentric: 0.241 / FOM centric: 0 / 反射: 27298 / Reflection acentric: 25485 / Reflection centric: 1813
Phasing MAD setR cullis acentric: 2.11 / R cullis centric: 1 / 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å / Loc acentric: 0.2 / Loc centric: 0.1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 25485 / Reflection centric: 1813
Phasing MAD set shell

ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0

解像度 (Å)R cullis acentricLoc acentricLoc centricReflection acentricReflection centric
12.5-501.2310.68835
7.14-12.51.5110.642498
5-7.142.230.90.31051152
3.85-51.290.50.31946201
3.12-3.851.610.30.23121261
2.63-3.123.050.20.14555309
2.27-2.6310.770.106278359
2-2.273.010.108022398
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se34.69711-0.391-0.885-0.010
2Se47.64196-0.762-0.879-0.0680
3Se67.8178-0.524-1.0430.0650
4Se39.51631-0.008-0.6240.0710
5Se39.110250.021-0.5690.1680
6Se39.95364-0.553-0.8970.1110
7Se50.42597-0.623-0.972-0.0140
8Se48.11994-0.348-1.0210.050
9Se31.95347-0.569-1.0840.110
10Se58.574630.011-0.6640.0990
11Se23.29985-0.915-1.108-0.0630
12Se63.61886-0.528-0.7480.1130
13Se52.61732-0.612-1.10.1410
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
12.5-500.3820.53401238835
7.14-12.50.4560.561052242498
5-7.140.4840.554012031051152
3.85-50.4420.488021471946201
3.12-3.850.3990.433033823121261
2.63-3.120.2860.305048644555309
2.27-2.630.1570.166066376278359
2-2.270.0660.069084208022398
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 27298
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
7.78-10061.60.784503
6.14-7.7854.20.887505
5.34-6.1453.70.879513
4.79-5.3458.50.877568
4.38-4.7954.90.918629
4.06-4.3852.50.918675
3.81-4.0654.40.9726
3.59-3.8157.10.891769
3.41-3.59580.888822
3.25-3.4158.50.875864
3.11-3.2557.80.842871
2.99-3.11600.84923
2.89-2.9962.30.847961
2.79-2.8960.90.864975
2.7-2.7967.70.8381043
2.62-2.767.40.8121053
2.55-2.6272.40.8181099
2.48-2.55710.8181113
2.42-2.4871.90.8111124
2.36-2.4274.50.8131196
2.31-2.3676.40.8331192
2.25-2.3179.90.8091241
2.21-2.2578.90.8171229
2.16-2.2181.20.8061283
2.12-2.1683.30.7851313
2.08-2.1280.80.7881286
2.04-2.0886.50.7661327
2-2.0485.80.7411495

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法5位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→44.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / WRfactor Rfree: 0.198 / WRfactor Rwork: 0.165 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.877 / SU B: 9.881 / SU ML: 0.12 / SU R Cruickshank DPI: 0.202 / SU Rfree: 0.163 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.162
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 1299 5.1 %RANDOM
Rwork0.171 ---
all0.173 25521 --
obs0.173 25521 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.73 Å2 / Biso mean: 26.712 Å2 / Biso min: 2.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.85 Å2-0.92 Å20 Å2
2---1.85 Å20 Å2
3---2.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→44.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3060 0 2 249 3311
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223174
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022131
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4131.9674306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9083.0015229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.875414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.86224.453137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.06715556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1121518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2493
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213550
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02611
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7021.52011
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1721.5824
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.28723244
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.18731163
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5334.51054
LS精密化 シェル解像度: 2.052→2.105 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 95 -
Rwork0.228 1709 -
all-1804 -
obs--96.83 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.1235 Å / Origin y: 1.6164 Å / Origin z: 9.1852 Å
111213212223313233
T0.073 Å2-0.0107 Å2-0.0101 Å2-0.0174 Å20.0042 Å2--0.1073 Å2
L1.1646 °20.2656 °20.5011 °2-0.7448 °20.2282 °2--1.3607 °2
S0.1114 Å °-0.1039 Å °-0.1917 Å °0.0591 Å °-0.025 Å °-0.1193 Å °0.1751 Å °-0.113 Å °-0.0863 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 431
2X-RAY DIFFRACTION1A434 - 682

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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