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- PDB-3egz: Crystal structure of an in vitro evolved tetracycline aptamer and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3egz
タイトルCrystal structure of an in vitro evolved tetracycline aptamer and artificial riboswitch
要素
  • Tetracycline aptamer and artificial riboswitch
  • U1 small nuclear ribonucleoprotein A
キーワードRNA / tetracycline / aptamer / riboswitch / antibiotic
機能・相同性
機能・相同性情報


U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-CHLOROTETRACYCLINE / RNA / RNA (> 10) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Xiao, H. / Edwards, T.E. / Ferre-D'Amare, A.R.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural basis for specific, high-affinity tetracycline binding by an in vitro evolved aptamer and artificial riboswitch
著者: Xiao, H. / Edwards, T.E. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2008年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
B: Tetracycline aptamer and artificial riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,25315
ポリマ－32,4822
非ポリマー77113
水2,630146
1
A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
B: Tetracycline aptamer and artificial riboswitch
ヘテロ分子

A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
B: Tetracycline aptamer and artificial riboswitch
ヘテロ分子

A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
B: Tetracycline aptamer and artificial riboswitch
ヘテロ分子

A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
B: Tetracycline aptamer and artificial riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,01260
ポリマ－129,9298
非ポリマー3,08252
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area20160 Å2
ΔGint-383 kcal/mol
Surface area54890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.835, 120.835, 55.279
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-510-

MG

21B-505-

MG

31A-327-

HOH

41B-434-

HOH

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要素

#1: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1 snRNP protein A / U1A protein / U1-A


分子量: 11574.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09012
#2: RNA鎖 Tetracycline aptamer and artificial riboswitch


分子量: 20907.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: In vitro evolved aptamer
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CTC / 7-CHLOROTETRACYCLINE / クロルテトラサイクリン


分子量: 478.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23ClN2O8 / コメント: 抗生剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.72 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.3 mM RNA, 0.33 mM selenomethionine labeled U1A-RBD double mutant, 0.5 mM chlorotetracycline, 50 mM Tris pH 7.5, 5 mM MgCl2, 0.25 mM spermine; 1uL macromolecular complex:1 uL reservoir; 50 ...詳細: 0.3 mM RNA, 0.33 mM selenomethionine labeled U1A-RBD double mutant, 0.5 mM chlorotetracycline, 50 mM Tris pH 7.5, 5 mM MgCl2, 0.25 mM spermine; 1uL macromolecular complex:1 uL reservoir; 50 mM HEPES-KOH pH 7.0, 20 mM MGCl2, 12.5-15% PEG 8000; cryo 30% glycerol, 50 mM HEPES-KOH pH 7.0, 20 mM MGCl2, 15% PEG 8000, 0.5 mM spermine, 0.5 mM chlorotetracycline, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MgCl211
2spermine11
3HEPES-KOH11
4PEG 800011
5glycerol11
6MgCl212
7PEG 800012
8HEPES-KOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9570,0.9797,0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月14日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9571
20.97971
30.97951
反射解像度: 2.2→29.31 Å / Num. obs: 21415 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.008 / Net I/σ(I): 37.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 2156 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
REFMAC5.4.0067精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→29.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 5.694 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.235 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 2156 10.2 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.217 21171 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.97 Å2 / Biso mean: 50.61 Å2 / Biso min: 27.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.12 Å20 Å20 Å2
2--1.12 Å20 Å2
3----2.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数727 1380 45 146 2298
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0212321
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9872.7013461
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2732668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.36590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.52723.63633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.34915140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.365155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02297
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.781.5455
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1431.5181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5192735
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.08131866
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2764.52726
LS精密化 シェル解像度: 2.198→2.255 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.434 158 -
Rwork0.335 1347 -
all-1505 -
obs--97.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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