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万見
- PDB-3ego: Crystal structure of Probable 2-dehydropantoate 2-reductase panE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ego
タイトルCrystal structure of Probable 2-dehydropantoate 2-reductase panE from Bacillus Subtilis
要素Probable 2-dehydropantoate 2-reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / structural genomics / Probable 2-dehydropantoate 2-reductase / panE / UNKNOWN FUNCTION / Cytoplasm / NADP / Pantothenate biosynthesis / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydropantoate 2-reductase / 2-dehydropantoate 2-reductase activity / pantothenate biosynthetic process / NADP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ketopantoate reductase ApbA/PanE / Ketopantoate reductase, C-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA C terminal / Ketopantoate reductase, N-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain ...Ketopantoate reductase ApbA/PanE / Ketopantoate reductase, C-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA C terminal / Ketopantoate reductase, N-terminal domain / Ketopantoate reductase PanE/ApbA / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / N-(1-d-carboxylethyl)-l-norvaline Dehydrogenase; domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-dehydropantoate 2-reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Gilmore, M. / Hu, S. / Maletic, M. / Gheyi, T. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Probable 2-dehydropantoate 2-reductase panE from Bacillus Subtilis
著者: Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Gilmore, M. / Hu, S. / Maletic, M. / Gheyi, T. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2008年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable 2-dehydropantoate 2-reductase
B: Probable 2-dehydropantoate 2-reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7902
ポリマ－68,7902
非ポリマー00
水3,639202
1
A: Probable 2-dehydropantoate 2-reductase

B: Probable 2-dehydropantoate 2-reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7902
ポリマ－68,7902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area25810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.860, 43.658, 83.757
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.260, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細authors state that the biological assembly is unknown

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要素

#1: タンパク質 Probable 2-dehydropantoate 2-reductase / Ketopantoate reductase / KPA reductase


分子量: 34395.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: panE, apbA, ylbQ, BSU15110 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O34661, 2-dehydropantoate 2-reductase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 3k, 0.1M Tris HCl pH 7.0, 0.2M Calcium Acetate monohydrate, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.8 % / Av σ(I) over netI: 24.71 / 数: 340976 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 1.05 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 88896 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.095099.210.0291.1173.8
3.254.0910010.0461.1723.8
2.843.2510010.0581.3813.9
2.582.8410010.0721.163.9
2.392.5810010.0951.0663.9
2.252.3910010.1281.0163.8
2.142.2510010.1770.9573.8
2.052.1410010.2520.9323.8
1.972.0510010.3580.8873.8
1.91.9799.910.5310.8523.8
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 45902 / Num. obs: 45902 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.051 / Χ2: 1.055 / Net I/σ(I): 34.48
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 3.36 / Num. unique all: 8903 / Rsym value: 0.45 / Χ2: 0.852 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
CCP4位相決定
精密化解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / WRfactor Rfree: 0.268 / WRfactor Rwork: 0.211 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8 / SU B: 4.244 / SU ML: 0.127 / SU R Cruickshank DPI: 0.175 / SU Rfree: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 2322 5.1 %RANDOM
Rwork0.204 ---
all0.207 ---
obs0.207 45889 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.8 Å2 / Biso mean: 36.462 Å2 / Biso min: 16.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.42 Å20 Å2-0.65 Å2
2--2.36 Å20 Å2
3----1.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4596 0 0 202 4798
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224688
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3981.956360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3285595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.33124.332217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.65115812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.731526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2728
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023520
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.32056
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3230.53289
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.5429
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2770.372
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2520.516
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1551.52974
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.12824651
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.65931934
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.8094.51703
LS精密化 シェル解像度: 1.897→1.946 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 166 -
Rwork0.243 3020 -
all-3186 -
obs--96.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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