PDB-3efz: Crystal Structure of a 14-3-3 protein from cryptosporidium parvum...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3efz

タイトル

Crystal Structure of a 14-3-3 protein from cryptosporidium parvum (cgd1_2980)

要素

14-3-3 protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / 14-3-3 / cell regulation / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Wernimont, A.K. / Dong, A. / Qiu, W. / Lew, J. / Wasney, G.A. / Vedadi, M. / Kozieradzki, I. / Zhao, Y. / Ren, H. / Alam, Z. ...

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Characterization of 14-3-3 proteins from Cryptosporidium parvum.
著者: Brokx, S.J. / Wernimont, A.K. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Lin, Y.H. / Lew, J. / Vedadi, M. / Lee, W.H. / Hui, R.

履歴

登録	2008年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2008年9月23日	ID: 2IJP
改定 1.0	2008年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2012年2月22日	Group: Database references
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3efz.cif.gz	194.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3efz.ent.gz	154.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3efz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/3efz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/3efz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2npmC 2o8pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3gmq-d 1ktd-1 2wtz-1 5ibm-1 6cpo-2 6bmr-2 4h25-1 5fqf-1 4mcz-d 4u43-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (5)

登録構造単位

A: 14-3-3 protein

B: 14-3-3 protein

C: 14-3-3 protein

D: 14-3-3 protein

ヘテロ分子

124 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 14-3-3 protein

B: 14-3-3 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 14-3-3 protein

D: 14-3-3 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.464, 106.712, 92.513
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.83, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	14-3-3 protein 分子量: 31030.000 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム) 遺伝子: cgd1_2980 / プラスミド: PET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-rosetta-oxford / 参照: UniProt: Q5CSF3
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.11 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M Ammoniuim Formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極			RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT	1	1.5418
シンクロトロン	APS	22-ID		2	0.97625

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RIGAKU RAXIS IV++	1	IMAGE PLATE	2006年9月22日
ADSC QUANTUM 4	2	CCD	2006年7月14日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2	0.97625	1

反射

解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 77311 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / R_sym value: 0.106 / Net I/σ(I): 16.4

反射シェル

解像度: 2.08→2.18 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / R_sym value: 0.93 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.08→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 10.549 / SU ML: 0.146 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26716	4081	5 %	RANDOM
R_work	0.22498	-	-	-
obs	0.22715	77311	99.3 %	-
all	-	77854	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.594 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.52 Å²	0 Å²	-0.1 Å²
2-	-	1.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6947	0	24	420	7391

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	7150
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.246	1.992	9603
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.204	5	887
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.323	25.156	353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.013	15.021	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.058	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	1091
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	3597
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.295	0.2	5027
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	392
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.172	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.176	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.516	1.5	4539
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.801	2	7013
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.587	3	2941
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.44	4.5	2577
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.08→2.135 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.361	273	-
R_work	0.313	5301	-
obs	-	-	92.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	18.6221	-11.5989	-2.0188	14.8562	12.9758	18.2124	0.4473	2.1718	-0.1785	-1.7984	-0.6379	0.618	-0.2403	-0.3535	0.1906	0.4101	-0.0943	-0.016	0.5055	0.1574	0.3909	-21.9935	-5.4051	-57.438
2	1.4733	-0.1514	-0.1597	6.6274	-3.3994	2.892	-0.0114	-0.0163	-0.1248	0.1396	-0.0764	-0.0443	0.0485	0.0434	0.0878	-0.0922	0.0286	0.0557	-0.071	-0.0164	-0.0631	-19.6818	-18.2293	-32.5747
3	4.3577	-0.0472	-0.1705	1.6348	0.0638	2.0615	0.0893	0.3069	0.3366	-0.0569	-0.0656	0.0764	-0.2642	-0.0964	-0.0237	-0.0455	0.0384	0.0292	-0.1074	-0.0153	-0.0124	-33.166	-2.0843	-35.4735
4	5.3288	-1.0617	-0.5204	3.388	-0.2314	2.7939	0.1559	0.3351	-0.3346	-0.1918	-0.1311	0.1753	0.3678	-0.2448	-0.0248	0.0059	0.0138	-0.0314	-0.0059	-0.0747	0.0946	-45.6913	-12.4374	-38.5168
5	0.7305	1.7232	-5.4303	4.0647	-12.8094	40.3669	-0.0469	-1.2775	-1.4293	1.9044	-0.1703	-0.3273	-1.2531	1.9786	0.2172	0.4541	-0.0776	-0.0535	0.6263	0.1317	0.3602	-7.7461	-6.8541	-26.2258
6	6.6206	3.8615	-1.347	9.4909	-2.7584	7.4889	-0.133	0.445	0.5401	-0.5842	0.0134	-0.1416	-0.3678	0.0106	0.1196	-0.0168	0.029	0.0536	0.0052	0.0224	0.0088	-10.4963	-0.2573	-47.6974
7	1.9654	1.4958	-1.3313	4.5504	-2.9142	3.1268	-0.2017	-0.0658	-0.4706	-0.1788	-0.0599	-0.182	0.5286	0.204	0.2616	-0.0203	0.0413	0.0872	-0.0594	-0.017	0.0782	-12.3806	-26.6588	-37.1612
8	2.1665	-0.2402	-0.1821	2.6264	-1.2824	2.3578	-0.0455	0.0871	-0.0189	-0.1476	-0.1508	-0.2254	-0.0436	0.1314	0.1963	-0.0534	-0.0038	0.0283	0.0357	0.0196	-0.0429	2.0991	-8.5916	-49.1477
9	3.551	1.0921	0.3071	10.8847	3.47	3.5298	-0.052	-0.4227	0.048	0.9231	0.0146	-0.8428	-0.081	0.0154	0.0374	0.1065	0.036	-0.1651	0.2902	0.0867	0.1189	11.7791	-4.9889	-34.5797
10	12.0215	-13.1724	-5.4498	14.5631	7.699	25.507	-1.2191	-1.2299	-1.7787	1.7579	1.0282	0.3593	1.6121	1.1621	0.1909	0.5467	-0.0312	-0.0603	0.5724	0.0999	0.3937	11.2303	-12.6043	-27.767
11	11.0571	2.2795	-7.3956	8.179	-10.7723	16.0398	0.3001	0.4626	0.529	-0.1514	0.2078	-0.8823	-0.1254	1.5772	-0.5079	0.5153	-0.0332	0.1436	0.5553	-0.0996	0.4158	-26.0816	11.4024	-9.4029
12	1.8311	-2.7465	-0.8361	6.5166	2.0326	2.3744	0.0416	0.0269	0.0115	-0.0922	-0.0655	0.0295	-0.0269	0.0402	0.0239	-0.0048	0.0062	-0.007	-0.0275	0.0296	-0.1216	-45.5651	22.541	6.7334
13	4.6581	-1.236	0.773	3.1339	0.0424	3.1209	0.1482	0.2913	-0.3125	-0.1038	-0.2207	-0.3106	0.4289	0.441	0.0725	0.0897	0.048	0.019	-0.043	0.0428	-0.0204	-33.3484	6.7728	13.8169
14	3.0116	0.1269	0.5598	4.5497	0.1664	4.8906	0.1225	0.0216	0.3005	0.1751	-0.274	-0.6967	-0.1794	0.5967	0.1515	0.0468	-0.0064	-0.0335	0.0767	0.1036	0.1622	-25.6728	17.4564	22.4309
15	3.6843	0.8911	-0.0141	5.1258	3.2272	10.1199	0.1341	0.0024	-0.3217	-0.0574	-0.2779	0.2782	0.3514	-0.3255	0.1438	0.1474	0.0267	-0.0055	-0.0097	0.0306	-0.0293	-45.5942	6.7049	-6.626
16	0.7086	-0.0048	-0.1921	1.4698	1.9109	3.6135	-0.003	0.1021	0.067	-0.257	-0.089	-0.039	-0.495	-0.037	0.0921	0.1036	0.0427	0.0111	-0.0013	0.0361	-0.0409	-46.3603	23.1197	-11.4877
17	3.3715	-0.1835	-0.0949	5.5399	0.5827	4.9567	0.0446	0.1039	-0.055	-0.061	-0.2078	0.5567	0.0079	-0.627	0.1633	0.0013	0.033	-0.0111	0.2233	-0.0783	0.0187	-58.7583	10.772	-20.406
18	6.2149	0.3645	0.9606	10.0957	-1.0709	10.8114	0.0264	-0.2468	-0.1537	0.6999	-0.1998	0.993	0.1937	-0.9641	0.1733	0.1305	-0.0579	0.067	0.4998	-0.0985	0.2458	-66.5433	6.1663	-13.4224

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	46 - 64
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	65 - 129
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	130 - 215
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	216 - 268
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	30 - 42
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	43 - 72
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	73 - 119
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	120 - 205
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	206 - 246
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	247 - 258
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	45 - 64
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	65 - 130
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	131 - 206
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	207 - 268
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	33 - 72
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	73 - 176
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	177 - 218
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	219 - 254

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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