ソフトウェア 名称 バージョン 分類 ADSCQuantumデータ収集 SHELXS位相決定 REFMAC5.2.0005精密化 HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度 : 1.7→45.33 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.962 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.943 / SU B : 1.555 / SU ML : 0.053 / 交差検証法 : THROUGHOUT / ESU R : 0.08 / ESU R Free : 0.088 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.22202 3755 5 % RANDOM Rwork 0.18056 - - - obs 0.18262 70675 98.95 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso mean : 21.78 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.36 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 0.36 Å2 0 Å2 3- - - -0.71 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.7→45.33 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2916 0 0 751 3667
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 33) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.018 0.022 2969 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.001 0.02 2021 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.639 1.96 3999 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg0.952 3 4944 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.084 5 363 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg35.081 25.563 151 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg13.096 15 543 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg17.775 15 12 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.1 0.2 439 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.008 0.02 3305 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.001 0.02 586 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_refinedX-RAY DIFFRACTION r_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refinedX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_otherX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refined0.245 0.2 637 X-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_other0.02 0.2 1 X-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refined0.259 0.2 17 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_other0.298 0.2 51 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refined0.304 0.2 53 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it1.174 1.5 1815 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_other0.312 1.5 742 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it2.239 2 2920 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it3.3 3 1154 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it5.279 4.5 1079 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restrX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_freeX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_bonded
LS精密化 シェル 解像度 : 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.266 264 - Rwork 0.25 5219 - obs - - 99.69 %