PDB-3ef5: Structure of the RNA pyrophosphohydrolase BdRppH in complex with dGTP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ef5

タイトル

Structure of the RNA pyrophosphohydrolase BdRppH in complex with dGTP

要素

Probable pyrophosphohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Nudix / RNA pyrophosphohydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

8-oxo-dGTP diphosphatase / 8-oxo-GDP phosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA replication / DNA repair / GTP binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Messing, S.A. / Gabelli, S.B. / Amzel, L.M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structure and Biological Function of the RNA Pyrophosphohydrolase BdRppH from Bdellovibrio bacteriovorus.
著者: Messing, S.A. / Gabelli, S.B. / Liu, Q. / Celesnik, H. / Belasco, J.G. / Pineiro, S.A. / Amzel, L.M.

履歴

登録	2008年9月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ef5.cif.gz	68 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ef5.ent.gz	49.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ef5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ef5_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ef5_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3ef5_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	3ef5_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/3ef5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/3ef5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3eesC 3eeuC 3ffuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3d02-d 3ejw-1 3eeu-d 3q87-d 5iu2-2 3gls-2 2fqw-d 3gls-6 4n0q-4 3gls-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (5) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Probable pyrophosphohydrolase

B: Probable pyrophosphohydrolase

ヘテロ分子

36.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.446, 68.448, 92.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

Gel filtration was used to determine the biological assembly.

#1: タンパク質	Probable pyrophosphohydrolase 分子量: 17634.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア) 株: HD100 / 遺伝子: mutT, Bd0714 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q6MPX4, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物	ChemComp-DGT / 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / dGTP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.06 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 4000, Na acetate, pH 7, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X6A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: adsc Q210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→46.37 Å / Num. obs: 15730 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.049 / Χ²: 0.827 / Net I/σ(I): 32.267

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.4-2.49	4.4	0.691	695	0.821	1	40.7
2.49-2.59	4.7	0.583	1126	0.726	1	64.5
2.59-2.7	5.6	0.535	1512	0.904	1	88.3
2.7-2.85	6.5	0.448	1705	0.881	1	96.9
2.85-3.02	7.2	0.233	1729	0.899	1	100
3.02-3.26	7.3	0.147	1763	0.901	1	100
3.26-3.58	7.3	0.071	1753	0.822	1	100
3.58-4.1	7.3	0.04	1750	0.772	1	100
4.1-5.17	7.2	0.028	1799	0.739	1	100
5.17-50	6.7	0.027	1898	0.772	1	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
AMoRE		位相決定

精密化

解像度: 2.6→46.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / WR_factor R_free: 0.3 / WR_factor R_work: 0.244 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.766 / SU B: 23.858 / SU ML: 0.255 / SU R Cruickshank DPI: 0.502 / SU R_free: 0.344 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.473 / ESU R Free: 0.328 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.297	686	5 %	RANDOM
R_work	0.24	-	-	-
obs	0.243	13703	98.32 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.09 Å² / B_iso mean: 58.584 Å² / B_iso min: 46.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.15 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2131	0	62	44	2237

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.021	2256
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.246	1.99	3062
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.326	5	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.206	24.019	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.398	15	392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.665	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	308
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1691
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	882
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	1420
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	78
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.133	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.122	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.439	1.5	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.747	2	2061
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.092	3	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.796	4.5	1001

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.375	40	-
R_work	0.357	844	-
all	-	884	-
obs	-	-	87.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.9922	-0.7383	2.7487	15.0928	5.3802	3.222	0.5028	-0.3728	0.8298	-0.0226	-0.7551	-1.6284	-0.0269	0.9342	0.2524	0.5016	-0.1918	-0.0723	0.6665	0.1174	0.5038	25.82	-14.1664	-11.619
2	4.7721	-2.2064	1.6515	5.8748	-0.5362	4.9248	0.113	-0.0967	0.0368	0.0336	0.0157	-0.2056	0.1705	0.3587	-0.1287	-0.1574	-0.1016	0.0238	-0.0441	0.0245	-0.1798	17.0015	-17.9579	-15.2407
3	10.8664	-0.4812	-4.7346	9.652	-3.5402	3.523	-0.7745	0.3578	1.3372	-0.6696	0.5348	-0.2022	-1.0054	-0.0753	0.2397	0.4532	-0.2208	-0.2619	0.3902	0.1532	0.2182	1.9428	6.7909	-12.2755
4	6.1113	-2.237	0.0081	4.9998	-1.8522	4.6317	0.0202	0.0172	0.1501	-0.1255	0.1111	-0.0315	-0.4139	-0.1694	-0.1312	-0.0288	-0.1033	-0.0301	-0.1694	-0.0263	-0.179	-0.8379	-0.1123	-7.9333

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	20 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	40 - 49
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	90 - 96
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	112 - 118
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	148 - 151
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	22 - 39
7	X-RAY DIFFRACTION	2	A	50 - 89
8	X-RAY DIFFRACTION	2	A	97 - 111
9	X-RAY DIFFRACTION	2	A	119 - 147
10	X-RAY DIFFRACTION	3	B	20 - 21
11	X-RAY DIFFRACTION	3	B	40 - 42
12	X-RAY DIFFRACTION	3	B	47 - 49
13	X-RAY DIFFRACTION	3	B	90 - 96
14	X-RAY DIFFRACTION	3	B	112 - 118
15	X-RAY DIFFRACTION	3	B	148 - 152
16	X-RAY DIFFRACTION	4	B	22 - 39
17	X-RAY DIFFRACTION	4	B	50 - 89
18	X-RAY DIFFRACTION	4	B	97 - 111
19	X-RAY DIFFRACTION	4	B	119 - 147

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