PDB-3eet: Crystal structure of putative GntR-family transcriptional regulator

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3eet

タイトル

Crystal structure of putative GntR-family transcriptional regulator

要素

Putative GntR-family transcriptional regulator

キーワード

transcription regulator / GntR-family transcriptional regulator / Streptomyces avermitilis / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avermitilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.969 Å

データ登録者

Chang, C. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative GntR-family transcriptional regulator from Streptomyces avermitilis
著者: Chang, C. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年9月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3eet.cif.gz	199.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3eet.ent.gz	161.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3eet.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3eet_validation.pdf.gz	437.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3eet_full_validation.pdf.gz	443.3 KB	表示
XML形式データ	3eet_validation.xml.gz	23.8 KB	表示
CIF形式データ	3eet_validation.cif.gz	32.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/3eet ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/3eet	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5hdo-d 5giz-d 6twy-1 3be6-2 5suy-d 4f5u-d 3p31-d 4q3f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC7436

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative GntR-family transcriptional regulator

B: Putative GntR-family transcriptional regulator

60.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative GntR-family transcriptional regulator

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.4 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Putative GntR-family transcriptional regulator

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	87.157, 87.157, 123.752
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

詳細

chain A make dimer with operator y,x,-z+1 chang B make dimer with operator -x+2,-x+y+1,-z

#1: タンパク質	Putative GntR-family transcriptional regulator 分子量: 30205.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avermitilis (バクテリア) 遺伝子: SAV3189, SAV_3189 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q82IF8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.24 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M Na formate,20%PEG3350, 1/400 thermolysin w/w, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月7日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: h+k,-h,l / Fraction: 0.172
反射	解像度: 1.969→50 Å / Num. obs: 74259 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.7 % / B_iso Wilson estimate: 33.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 48.8
反射シェル	解像度: 1.97→1.99 Å / 冗長度: 8.7 % / R_merge(I) obs: 0.665 / Mean I/σ(I) obs: 3.45 / Num. unique all: 987 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.969→36.198 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2182	3728	5.02 %
R_work	0.1761	-	-
all	0.1782	74259	-
obs	0.1782	74259	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.36 Å² / k_sol: 0.328 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.969→36.198 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3688	0	0	215	3903

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.923
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_deg	15.255

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9693-2.0033	0.2879	186	0.2553	3418	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0033-2.0397	0.2903	199	0.2526	3562	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0397-2.0789	0.2684	182	0.2481	3564	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0789-2.1214	0.2829	208	0.239	3504	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1214-2.1675	0.2663	165	0.2301	3563	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1675-2.2179	0.2504	210	0.2186	3486	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2179-2.2734	0.2603	178	0.2432	3474	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2734-2.3348	0.2565	176	0.2172	3590	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3348-2.4035	0.2707	168	0.2174	3563	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4035-2.4811	0.2078	176	0.2089	3557	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4811-2.5697	0.2567	191	0.2167	3535	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5697-2.6726	0.2268	173	0.2222	3512	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6726-2.7942	0.2179	189	0.2125	3554	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7942-2.9414	0.2747	208	0.2091	3496	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9414-3.1256	0.2241	182	0.1976	3540	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1256-3.3668	0.2312	171	0.1798	3582	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3668-3.7053	0.2177	213	0.1607	3494	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7053-4.2407	0.1819	213	0.1276	3500	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2407-5.3401	0.1402	174	0.1085	3564	X-RAY DIFFRACTION	98
5.3401-36.2038	0.2261	166	0.1494	3473	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0539	0.5088	-0.4571	2.6483	-2.4603	2.4901	0.0404	-0.1466	-0.0211	0.0204	-0.4199	-0.2752	-0.1661	0.3124	0.3051	0.2746	0.0232	-0.0159	0.2285	0.0473	0.3075	20.5769	26.1338	79.4046
2	-0.2658	-0.0247	-0.0522	0.703	-0.1144	1.7766	-0.034	-0.235	-0.0496	0.0954	-0.0187	-0.1692	-0.0211	0.6002	0.0855	0.196	0.0103	-0.0145	0.2906	0.0196	0.2888	39.875	49.919	58.877
3	2.6357	0.1759	-1.6656	1.0318	1.6789	-0.0474	0.1368	-0.0576	-0.4768	-0.4171	0.0978	-0.117	-0.0414	-0.0139	-0.1489	0.348	0.0581	0.0202	0.2949	-0.0152	0.3469	37.5382	44.6952	40.709
4	1.7808	-0.0206	-0.2093	1.0898	0.0468	0.7987	0.1592	0.4115	-0.0361	-0.3064	-0.1108	-0.0708	-0.0742	0.0489	-0.0313	0.2944	0.0566	0.0455	0.3159	0.0136	0.2551	34.7626	52.8038	41.2735
5	1.3329	-0.1662	-0.2122	-1.0056	0.2391	0.9477	0.1152	0.0499	-0.0625	0.0126	-0.0667	0.0281	-0.071	-0.0438	-0.0651	0.2133	0.0176	-0.0056	0.1992	-0.0205	0.2533	29.0951	48.1893	51.4369
6	1.2212	-1.1693	-0.6765	2.3709	1.996	2.1888	-0.576	-0.0236	0.043	-1.2259	-0.5733	1.5774	-1.2405	-0.1426	0.6207	0.8189	-0.0388	-0.4737	0.354	-0.0998	0.8848	68.0324	22.1229	-16.8696
7	0.1442	0.2718	-0.6263	0.8179	-0.5135	0.8187	-0.0758	0.183	0.0351	-0.2163	0.2149	0.1302	0.049	-0.47	-0.0855	0.3737	-0.0452	-0.0464	0.4913	-0.0303	0.2861	49.5164	46.1637	2.9206
8	2.1085	1.3896	0.7136	1.3359	1.4366	2.2894	0.237	0.1362	-0.0714	0.2718	0.0904	-0.0278	0.5886	0.2403	-0.2365	0.4425	-0.0018	-0.0281	0.3707	0.0112	0.2997	53.0388	41.3807	22.1463
9	0.6529	0.0666	-0.1363	0.6916	0.5632	2.6227	-0.0505	-0.172	-0.0007	-0.0516	0.0373	0.0224	-0.4445	-0.109	0.034	0.3222	0.011	0.0031	0.3251	-0.0169	0.2383	54.6204	49.3116	20.6933
10	1.0073	0.4916	0.4517	0.2815	0.2007	1.647	0.0428	0.2231	-0.0973	-0.09	0.0823	-0.1002	-0.3025	0.2173	-0.0761	0.316	-0.0297	-0.0155	0.3429	-0.0401	0.2562	60.1897	44.6037	9.8447

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 1-72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 77-103 or resid 239-250)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 104-115
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resid 116-186
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resid 187-238
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resid 1-72
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain B and (resid 77-103 or resid 239-250)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain B and resid 104-115
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain B and resid 116-186
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain B and resid 187-238

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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