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- PDB-3ees: Structure of the RNA pyrophosphohydrolase BdRppH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ees
タイトルStructure of the RNA pyrophosphohydrolase BdRppH
要素Probable pyrophosphohydrolase
キーワードHYDROLASE / Nudix / RNA pyrophosphohydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


8-oxo-dGTP diphosphatase / 8-oxo-GDP phosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA replication / DNA repair / GTP binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Mutator MutT / : / MutY, C-terminal / NUDIX domain / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nudix hydrolase domain profile. ...Mutator MutT / : / MutY, C-terminal / NUDIX domain / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-oxo-dGTP diphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Messing, S.A. / Gabelli, S.B. / Amzel, L.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structure and Biological Function of the RNA Pyrophosphohydrolase BdRppH from Bdellovibrio bacteriovorus.
著者: Messing, S.A. / Gabelli, S.B. / Liu, Q. / Celesnik, H. / Belasco, J.G. / Pineiro, S.A. / Amzel, L.M.
履歴
登録2008年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable pyrophosphohydrolase
B: Probable pyrophosphohydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2692
ポリマ－35,2692
非ポリマー00
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.491, 70.491, 100.481
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細Gel filtration was used to determine the biological assembly.

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要素

#1: タンパク質 Probable pyrophosphohydrolase


分子量: 17634.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア)
株: HD100 / 遺伝子: mutT, Bd0714 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q6MPX4, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: PEG 4000, Na acetate, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: adsc Q210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.7 % / Av σ(I) over netI: 63.36 / 数: 152495 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 1.55 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 22693 / % possible obs: 98.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.095096.610.0362.1377
3.254.0999.410.0412.0487.2
2.843.2510010.0651.9387.1
2.582.8499.910.0991.67.2
2.392.5810010.1561.4487.2
2.252.3999.910.2171.357.1
2.142.2510010.3021.2477.1
2.052.1410010.4691.177
1.972.0598.810.6941.146.2
1.91.9792.110.8651.0473.8
反射解像度: 1.9→33.26 Å / Num. obs: 23316 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Χ2: 1.273 / Net I/σ(I): 63.364
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.9-1.9790.3922880.982100
1.97-2.05100.3323000.858100
2.05-2.14100.21423160.954100
2.14-2.259.90.16622841.318100
2.25-2.399.80.12723131.28699.9
2.39-2.589.90.08223091.11999.9
2.58-2.84100.05523451.124100
2.84-3.2510.20.0423441.323100
3.25-4.0910.60.03423761.70499.9
4.09-50100.03324411.93998

-
位相決定

位相決定手法: 多重同系置換
Phasing MIR解像度: 2.7→50 Å / FOM: 0.49 / 反射: 8125
Phasing MIR der
IDDer set-ID
11
21
31
41
Phasing MIR der site
IDDer-IDBiso (Å)Atom type symbolFract xFract yFract zOccupancy
1141.1236U0.43830.7130.07260.175
1260U0.80390.07690.12170.2666
134.9224U0.28230.93220.03010.0351
2160Hg0.26140.91670.02090.1744
2212.4028Hg0.3360.95270.04370.0516
2360Hg0.80360.41740.10710.0935
2418.1562Hg0.86870.43790.13490.0556
3143.8922Ho0.81570.08360.11890.1036
3239.7193Ho0.42490.70580.06020.0954
3314.5451Ho0.28160.39910.11820.0428
4152.028Sm0.79360.06060.11270.1192
Phasing MIR shell
解像度 (Å)FOM反射
9.74-500.67396
6.14-9.740.68681
4.8-6.140.57844
4.07-4.80.531027
3.59-4.070.471140
3.25-3.590.471257
2.99-3.250.431349
2.79-2.990.391431

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.03位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→33.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.261 / WRfactor Rwork: 0.228 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.795 / SU B: 8.251 / SU ML: 0.122 / SU R Cruickshank DPI: 0.178 / SU Rfree: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1188 5.1 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.223 23229 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.54 Å2 / Biso mean: 40.295 Å2 / Biso min: 25.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å2-0.14 Å20 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2105 0 0 107 2212
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222162
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2981.9592918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0265256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.53324.135104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.79415390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7541512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021640
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.2846
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.21410
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1760.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1920.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6771.51341
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08322043
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6763978
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5814.5875
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 96 -
Rwork0.276 1601 -
all-1697 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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