PDB-3eer: High resolution structure of putative organic hydroperoxide resis...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3eer

タイトル

High resolution structure of putative organic hydroperoxide resistance protein from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961

要素

Organic hydroperoxide resistance protein, putative

キーワード

OXIDOREDUCTASE / CSGID / organic hydroperoxide resistance protein / ORHC / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

response to oxidative stress / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Nocek, B. / Maltseva, N. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: High resolution crystal structure of the organic hydroperoxide resistance protein from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961
著者: Nocek, B. / Mulligan, R. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年9月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3eer.cif.gz	48.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3eer.ent.gz	33.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3eer.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3eer_validation.pdf.gz	439 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3eer_full_validation.pdf.gz	439.1 KB	表示
XML形式データ	3eer_validation.xml.gz	11.2 KB	表示
CIF形式データ	3eer_validation.cif.gz	15.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/3eer ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/3eer	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6d9n-d 2dda-4 5hw3-d 2dda-1 6eb4-2 4htp-1 6ebd-2 3fvh-d 6eci-6 2dda-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP001325

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Organic hydroperoxide resistance protein, putative

ヘテロ分子

16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Organic hydroperoxide resistance protein, putative

ヘテロ分子

A: Organic hydroperoxide resistance protein, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.649, 71.127, 71.629
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2005- ZN
2	1	A-3007- HOH
3	1	A-3021- HOH

#1: タンパク質	Organic hydroperoxide resistance protein, putative 分子量: 15436.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌) 株: N16961 / 遺伝子: VC_A1006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BLD21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KKU4
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	TARGET ID DOES NOT EXIST IN TARGETDB A THE TIME OF PROCESSING.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.02 %
結晶化	温度: 291 K / pH: 8 詳細: 0.2 M ZnAcetate, 0.1 M Imidazole, 20% Peg 3000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月16日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→40 Å / Num. obs: 27234 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 19.7
反射シェル	解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / % possible all: 90.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
CCP4		モデル構築
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
直接法		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.45→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 1.36 / SU ML: 0.031 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.164	1358	5 %	RANDOM
R_work	0.139	-	-	-
obs	0.141	25858	99 %	-
all	-	27216	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 5.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.47 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1009	0	39	182	1230

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	660
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.508	1.975	1465
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.986	3	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.635	5	149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.118	25.61	41
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.36	15	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.242	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	197
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.843	1.5	728
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.255	1.5	292
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.377	2	1147
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.156	3	347
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.316	4.5	313
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.45→1.49 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.271	103	-
R_work	0.215	1717	-
obs	-	-	90.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.199	5.0793	3.9086	4.5944	1.3011	7.9632	-0.0699	0.0041	-0.1503	0.0739	0.0037	-0.1587	-0.2187	0.4068	0.0663	0.0517	0.0005	0.0146	0.0609	-0.0072	0.0287	17.2509	7.7785	32.3302
2	0.3398	0.2739	0.1588	1.0063	-0.2532	1.0208	0.0219	0.021	0.0577	0.0593	0.0282	0.0203	0.0872	-0.064	-0.0502	0.0284	-0.0012	-0.0035	0.0552	0.0029	0.0487	10.3898	-8.6693	24.6132
3	1.3263	0.2732	-1.3608	8.9638	7.2157	7.8679	0.0363	-0.0281	0.0983	0.253	-0.0829	0.2601	0.2415	-0.1307	0.0466	0.0529	-0.01	-0.0146	0.0821	0.0215	0.0567	5.5006	-6.3435	25.1144
4	1.1712	-0.0964	-1.1516	7.5806	8.1822	9.7752	-0.0367	-0.0296	0.1467	0.0915	-0.1445	0.2938	0.1275	-0.1591	0.1812	0.0556	0.0371	-0.0169	0.1409	0.0163	0.0861	2.6408	-3.7487	22.3853
5	3.0422	0.6646	-0.9513	3.0014	1.308	5.8083	0.0284	0.0889	-0.3012	-0.068	-0.0257	0.2171	0.3805	-0.3383	-0.0027	0.0797	-0.025	-0.0211	0.0582	-0.0001	0.0744	7.7003	-13.1635	7.1855
6	0.5621	0.641	0.1108	2.7268	0.1692	0.8014	0.0215	-0.0348	0.0158	0.0095	-0.0549	0.0283	-0.014	-0.0611	0.0334	0.0233	-0.0014	-0.0022	0.0501	0.0007	0.0219	13.6661	5.9328	14.0906
7	5.5731	2.4779	1.6517	10.248	-1.0161	3.1536	-0.0513	-0.1043	0.191	0.4679	-0.0864	-0.1084	-0.5851	0.1403	0.1377	0.1525	-0.0173	-0.0251	0.0371	-0.0345	0.0937	18.6073	26.3739	17.1219
8	0.8676	-0.9297	0.0261	7.7209	0.2238	0.6317	-0.0188	-0.0467	-0.015	0.03	0.0361	0.0915	-0.1067	-0.0466	-0.0172	0.036	0.0051	0.0001	0.0467	0.0017	0.0245	12.7483	13.2058	8.1942
9	4.7816	-1.7081	1.1161	6.5008	-1.888	5.3623	0.0014	0.092	-0.1047	-0.0472	-0.1732	-0.1675	0.3751	0.4174	0.1718	0.058	0.0278	0.0075	0.044	0.0125	0.0196	23.7863	-11.1682	9.9073
10	0.8784	-0.3554	0.2207	2.9102	-0.4735	0.9192	0.0386	-0.0129	0.0335	-0.0172	-0.0786	-0.0116	-0.0945	0.0238	0.04	0.0292	-0.0071	0.0069	0.0487	0.0067	0.0298	18.4076	13.9508	5.1407
11	3.4397	-1.2845	0.1506	4.4693	-1.393	4.0945	0.0316	0.0737	0.1122	0.062	-0.0016	0.0282	-0.1892	0.0341	-0.03	0.033	-0.0127	-0.0121	0.0439	-0.0011	0.0283	24.4159	20.8106	5.614
12	1.5583	1.7312	-1.9661	2.969	-2.5638	2.9263	0.0086	-0.0325	-0.0036	0.1149	-0.0457	-0.0923	-0.0809	0.0929	0.0371	0.0374	-0.0103	-0.0091	0.0539	0.008	0.0381	23.9001	11.6616	15.9681
13	4.2253	-2.5118	-0.5518	4.5821	0.4658	1.9506	0.0394	0.0349	0.073	-0.1428	0.0163	-0.2078	-0.0201	0.177	-0.0557	0.0314	0.0005	0.0045	0.0575	0.0111	0.0437	27.396	3.8388	16.3814
14	1.6394	-4.0378	3.1066	10.36	-7.0074	6.8923	0.1121	0.0995	0.0852	-0.1976	-0.1672	-0.2759	0.3138	0.3173	0.055	0.0509	-0.0033	-0.0017	0.072	-0.0134	0.1043	25.0598	4.9844	6.6824
15	9.5899	-4.1405	4.9155	2.7435	-2.1613	2.5718	-0.0248	0.296	0.1199	0.0653	-0.0684	-0.1617	-0.0662	0.1982	0.0932	0.0729	-0.0316	-0.0111	0.0859	0.024	0.0604	22.4187	14.6234	0.7112

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	12 - 20
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	21 - 28
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	29 - 35
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	36 - 45
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	46 - 70
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	71 - 76
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	77 - 86
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	87 - 98
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	99 - 109
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	110 - 117
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	118 - 126
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	127 - 133
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	134 - 139
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	140 - 145

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)