ソフトウェア 名称 バージョン 分類 ADSCQuantumデータ収集 SHARP位相決定 REFMAC5.4.0073精密化 MOSFLMデータ削減 SCALAデータスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度 : 1.9→36.85 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.965 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.949 / SU B : 5.545 / SU ML : 0.072 / TLS residual ADP flag : LIKELY RESIDUAL / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / σ(I) : 0 / ESU R : 0.127 / ESU R Free : 0.114 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.17692 1268 5.1 % RANDOM Rwork 0.14852 - - - all 0.14999 23650 - - obs 0.14999 23650 99.85 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso mean : 13.576 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.42 Å2 0.21 Å2 0 Å2 2- - 0.42 Å2 0 Å2 3- - - -0.63 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.9→36.85 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 2319 0 18 267 2604
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 16) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.022 0.021 2392 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.001 0.02 1658 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.699 1.946 3236 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg1.41 3 3977 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg5.194 5 288 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg32.857 22.88 125 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg13.291 15 384 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg18.855 15 25 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.105 0.2 339 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.01 0.021 2698 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.002 0.02 540 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it1.024 1.5 1438 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_other0.324 1.5 583 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it1.872 2 2298 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it3.311 3 954 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it5.263 4.5 938
LS精密化 シェル 解像度 : 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.273 81 - Rwork 0.228 1727 - obs - - 98.42 %
精密化 TLS 手法 : refined / Origin x : 26.803 Å / Origin y : 19.544 Å / Origin z : 8.299 Å11 12 13 21 22 23 31 32 33 T -0.0707 Å2 0.0142 Å2 0.0065 Å2 - -0.0443 Å2 -0.0193 Å2 - - -0.0341 Å2 L 0.9943 °2 -0.1017 °2 0.2712 °2 - 0.6082 °2 -0.0681 °2 - - 1.7824 °2 S 0.0054 Å ° 0.0324 Å ° 0.0136 Å ° 0.0521 Å ° 0.0146 Å ° -0.0851 Å ° 0.0029 Å ° 0.1909 Å ° -0.02 Å °