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- PDB-3ee4: R2-like ligand binding Mn/Fe oxidase from M. tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ee4
タイトルR2-like ligand binding Mn/Fe oxidase from M. tuberculosis
要素Probable ribonucleoside-diphosphate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / manganese / iron / diiron / carboxylate / oxidase / R2 / ligand / cavity / monooxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素 / deoxyribonucleotide biosynthetic process / manganese ion binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
R2-like ligand binding oxidase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / MANGANESE (III) ION / MYRISTIC ACID / R2-like ligand binding oxidase / R2-like ligand binding oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Andersson, C.S. / Jones, T.A. / Hogbom, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2009
タイトル: A Mycobacterium tuberculosis ligand-binding Mn/Fe protein reveals a new cofactor in a remodeled R2-protein scaffold
著者: Andersson, C.S.
履歴
登録2008年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ribonucleoside-diphosphate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1244
ポリマ－36,7851
非ポリマー3393
水4,810267
1
A: Probable ribonucleoside-diphosphate reductase
ヘテロ分子

A: Probable ribonucleoside-diphosphate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2498
ポリマ－73,5702
非ポリマー6786
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area6750 Å2
ΔGint-48.8 kcal/mol
Surface area20470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.565, 54.565, 176.651
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-320-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Probable ribonucleoside-diphosphate reductase / MN/FE ligand binding oxidase


分子量: 36785.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: nrdB, Rv0233 / プラスミド: pCR-T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P96416, UniProt: P9WH69*PLUS, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#3: 化合物 ChemComp-MN3 / MANGANESE (III) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 180mM Calcium acetate, 15-18% PEG18000, 0.1M Sodium Cacodylate, pH6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→47 Å / Num. all: 24918 / Num. obs: 24918 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 19.98 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 3548 / Rsym value: 0.362 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.4.0073精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→36.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 5.545 / SU ML: 0.072 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17692 1268 5.1 %RANDOM
Rwork0.14852 ---
all0.14999 23650 --
obs0.14999 23650 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.576 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å20.21 Å20 Å2
2--0.42 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→36.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2319 0 18 267 2604
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0212392
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021658
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6991.9463236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4133977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1945288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.85722.88125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.29115384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8551525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212698
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02540
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0241.51438
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3241.5583
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.87222298
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3113954
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2634.5938
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 81 -
Rwork0.228 1727 -
obs--98.42 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.803 Å / Origin y: 19.544 Å / Origin z: 8.299 Å
111213212223313233
T-0.0707 Å20.0142 Å20.0065 Å2--0.0443 Å2-0.0193 Å2---0.0341 Å2
L0.9943 °2-0.1017 °20.2712 °2-0.6082 °2-0.0681 °2--1.7824 °2
S0.0054 Å °0.0324 Å °0.0136 Å °0.0521 Å °0.0146 Å °-0.0851 Å °0.0029 Å °0.1909 Å °-0.02 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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