PDB-3edp: The crystal structure of the protein lin2111 (functionally unknow...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3edp

タイトル

The crystal structure of the protein lin2111 (functionally unknown) from Listeria innocua Clip11262

要素

Lin2111 protein

キーワード

structural genomics / unknown function / APC88337 / lin2111 / Listeria innocua Clip11262 / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria innocua (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.092 Å

データ登録者

Tan, K. / Gu, M. / Jaurequi, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the protein lin2111 (functionally unknown) from Listeria innocua Clip11262
著者: Tan, K. / Gu, M. / Jaurequi, L. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3edp.cif.gz	196.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3edp.ent.gz	158.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3edp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3edp_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3edp_full_validation.pdf.gz	452.9 KB	表示
XML形式データ	3edp_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	3edp_validation.cif.gz	30 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/3edp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/3edp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5cht-d 3dyt-d 1o6s-d 2omw-d 2omu-d 4xcm-d 4pyg-3 6xhj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC88337

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lin2111 protein

B: Lin2111 protein

ヘテロ分子

55.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.345, 66.620, 100.751
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.03, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Authors state that the biological unit is experimentally unknown. The chains A and B are predicted to form a dimer.

#1: タンパク質	Lin2111 protein 分子量: 27452.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Listeria innocua (バクテリア) / 株: Clip11262 / 遺伝子: lin2111 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q92A11
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.88 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1M Tri-sodium citrate 0.1M Sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月4日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.092→43.4 Å / Num. obs: 75991 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 34.67 Å² / R_merge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 20.6
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.825 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 1888 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.092→43.367 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2424	3838	5.05 %	random
R_work	0.1999	-	-	-
all	0.2021	75991	-	-
obs	0.2021	75991	98.74 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 66.922 Å² / k_sol: 0.395 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6919 Å²	0 Å²	0.0706 Å²
2-	-	10.6469 Å²	0 Å²
3-	-	-	-9.955 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.092→43.367 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3594	0	42	149	3785

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_refined_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_refined_deg	0.879

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.092-2.1185	0.2956	112	0.3069	2192	X-RAY DIFFRACTION	81
2.1185-2.1464	0.3469	150	0.2956	2600	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1464-2.1758	0.3072	110	0.2823	2651	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1758-2.2068	0.3272	164	0.2741	2677	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2068-2.2398	0.3406	129	0.2704	2720	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2398-2.2748	0.2944	151	0.2609	2717	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2748-2.3121	0.2675	150	0.2607	2635	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3121-2.3519	0.2872	145	0.2302	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3519-2.3947	0.3198	120	0.2407	2783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3947-2.4408	0.2735	155	0.221	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4408-2.4906	0.3372	129	0.2367	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4906-2.5447	0.2811	121	0.219	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5447-2.6039	0.2538	164	0.2068	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6039-2.669	0.2114	118	0.1914	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.669-2.7412	0.2312	175	0.1959	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7412-2.8218	0.2519	156	0.2004	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8218-2.9129	0.2638	143	0.1991	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9129-3.017	0.2982	109	0.211	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.017-3.1377	0.2446	128	0.205	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1377-3.2805	0.2211	111	0.2021	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2805-3.4534	0.2733	160	0.1943	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4534-3.6696	0.2338	144	0.1749	2693	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6696-3.9528	0.2005	159	0.1654	2650	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9528-4.3503	0.1767	160	0.1496	2657	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3503-4.979	0.2453	151	0.146	2689	X-RAY DIFFRACTION	99
4.979-6.2699	0.1844	153	0.1782	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2699-43.3766	0.2253	171	0.2181	2640	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0571	1.2682	-0.6304	0.943	-1.2516	1.3344	-0.0855	-0.0818	-0.0693	-0.0221	-0.0731	-0.349	0.1625	-0.1037	0.1258	0.2616	0.0158	0.0246	0.2711	0.0571	0.3048	47.0827	24.7363	-9.2201
2	1.797	0.0756	-0.9362	0.814	-0.1071	1.7089	-0.1627	0.3114	0.0312	-0.1813	0.0265	-0.0555	-0.1771	-0.1457	0.1216	0.2259	-0.0355	-0.0413	0.1836	0.0117	0.162	32.4611	18.8148	12.9904
3	0.524	-1.3669	0.7025	0.7198	-0.8633	1.4302	-0.0801	-0.0454	-0.029	0.0576	0.0339	-0.2058	-0.1847	-0.1571	0.0428	0.2844	0.0091	-0.0428	0.3152	0.0465	0.2597	40.9162	4.8704	58.4549
4	2.021	-0.0346	0.2326	1.2789	0.3147	2.3736	-0.212	-0.2342	-0.0851	0.2045	0.0371	0.0366	0.0716	-0.2669	0.1534	0.2194	0.0234	0.0288	0.2293	0.0081	0.1933	30.3941	11.5914	34.3594

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 4:87
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 93:233
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain B and resid 5:86
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resid 94:233

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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