PDB-3ec4: Crystal structure of Putative Acetyltransferase from the GNAT fam...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ec4

タイトル

Crystal structure of Putative Acetyltransferase from the GNAT family (YP_497011.1) from NOVOSPHINGOBIUM AROMATICIVORANS DSM 12444 at 1.80 A resolution

要素

Putative Acetyltransferase from the GNAT family

キーワード

TRANSFERASE / YP_497011.1 / Putative Acetyltransferase from the GNAT family / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Acetyltransferase (GNAT) family

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Putative Acetyltransferase from the GNAT family (YP_497011.1) from NOVOSPHINGOBIUM AROMATICIVORANS DSM 12444 at 1.80 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2008年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ec4.cif.gz	106 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ec4.ent.gz	83.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ec4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ec4_validation.pdf.gz	414.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ec4_full_validation.pdf.gz	415.7 KB	表示
XML形式データ	3ec4_validation.xml.gz	10.7 KB	表示
CIF形式データ	3ec4_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/3ec4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/3ec4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1c93-d 6i61-d 4txr-d 4p4l-2 3vt7-2 1z4o-2 6azi-d 2ehp-d 2i94-d 3s0p-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 379619

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (3) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Putative Acetyltransferase from the GNAT family

B: Putative Acetyltransferase from the GNAT family

ヘテロ分子

49.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative Acetyltransferase from the GNAT family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative Acetyltransferase from the GNAT family

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.523, 63.984, 143.149
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: ASP / End label comp-ID: THR / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 4 - 227 / Label seq-ID: 5 - 228

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Putative Acetyltransferase from the GNAT family 分子量: 24510.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444 (バクテリア) 遺伝子: YP_497011.1, Saro_1737 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q2G7J6
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.86 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.43 詳細: 33.8% polyethylene glycol 4000, 0.2M sodium acetate, 0.1M TRIS pH 8.43, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97837

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月31日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97837	1

反射

解像度: 1.8→29.21 Å / Num. obs: 38799 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 17.581 Å² / R_merge(I) obs: 0.104 / R_sym value: 0.104 / Net I/σ(I): 5.628

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.8-1.85	3.7	0.505	1.5	10441	2849	0.505	100
1.85-1.9	3.7	0.433	1.8	10154	2746	0.433	99.7
1.9-1.95	3.7	0.343	2.2	9807	2664	0.343	99.7
1.95-2.01	3.7	0.276	2.8	9588	2603	0.276	99.9
2.01-2.08	3.7	0.233	3.3	9267	2509	0.233	99.7
2.08-2.15	3.7	0.204	3.7	8983	2449	0.204	99.9
2.15-2.23	3.7	0.178	4.2	8724	2373	0.178	99.8
2.23-2.32	3.7	0.163	4.5	8316	2252	0.163	99.9
2.32-2.43	3.7	0.146	5	8062	2201	0.146	100
2.43-2.55	3.7	0.132	5.4	7739	2102	0.132	100
2.55-2.68	3.7	0.113	6.3	7339	2009	0.113	99.9
2.68-2.85	3.7	0.099	7.1	6930	1893	0.099	99.9
2.85-3.04	3.6	0.088	7.7	6559	1808	0.088	100
3.04-3.29	3.6	0.075	8.7	6027	1660	0.075	100
3.29-3.6	3.6	0.065	9.9	5625	1557	0.065	100
3.6-4.02	3.5	0.061	10	5082	1433	0.061	100
4.02-4.65	3.6	0.057	10.9	4466	1247	0.057	99.9
4.65-5.69	3.5	0.064	9.2	3791	1085	0.064	99.9
5.69-8.05	3.4	0.072	7.8	2896	858	0.072	99.8
8.05-29.21	3.1	0.064	8.7	1539	501	0.064	97.2

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→29.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.232 / SU ML: 0.086 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.128
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.215	1941	5 %	RANDOM
R_work	0.171	-	-	-
obs	0.173	38743	99.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 63.25 Å² / B_iso mean: 29.719 Å² / B_iso min: 11.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3324	0	20	493	3837

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	3466
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	2376
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.563	1.988	4743
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.004	3	5754
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.845	5	458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.661	21.791	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.072	15	496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.231	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	517
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3963
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	712
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	632
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.222	0.2	2635
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	1833
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.109	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.22	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.162	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.868	3	2351
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.712	3	904
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.613	5	3614
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.988	8	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.116	11	1124

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2784 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
MEDIUM POSITIONAL	0.34	0.5
MEDIUM THERMAL	1.13	2

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	160	-
R_work	0.215	2684	-
all	-	2844	-
obs	-	-	99.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5939	-0.018	-0.0656	0.2641	-0.099	0.8247	0.0063	-0.0647	0.0274	0.0244	-0.0139	-0.0186	-0.0388	0.0783	0.0076	-0.1852	-0.0071	-0.001	-0.1342	-0.0211	-0.2006	17.419	20.35	13.99
2	0.4067	0.0453	-0.0812	0.7513	-0.1108	0.9256	0.0126	-0.006	0.0096	-0.0492	0.0052	-0.0687	-0.1189	0.0311	-0.0178	-0.1556	-0.0107	0.0142	-0.1251	-0.0266	-0.194	0.898	44.15	21.198

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 227	5 - 228
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	4 - 227	5 - 228

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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